Introduction à la bactériologie médicale

Bactériologie Médicale : Antisèches

1. Introduction aux Bactéries

• Définition : Organismes microscopiques, unicellulaires ou en agrégats. Classées comme procaryotes (pas de membrane nucléaire).

• Distinction : Différentes des eucaryotes (champignons, algues, protozoaires) qui ont un noyau structuré. Les procaryotes incluent bactéries et Cyanophycées.

• Classifications historiques :

  • Jusqu'en 1990 : Eubactéries et Archéobactéries.

  • Depuis 1990 (Woese) : Archea est un taxon primaire distinct, car certaines archéobactéries (méthanogènes, thermophiles extrêmes, halophiles extrêmes) diffèrent autant des eubactéries que des eucaryotes.

• Morphologie :

  • Généralement de petite taille (quelques µm de diamètre).

  • Diversité de formes : Coques (Streptococcus), Bâtonnets (Bacillus), Filaments en spirale (Spirillum), incurvés en virgule (Vibrion) ou en hélice (Spirochaeta).

  • Détails visibles uniquement au microscope électronique.

2. Structure et Physiologie Bactérienne

2.1 Cytoplasme

• Chromosome : ADN double brin circulaire, généralement unique et principal.

• Ribosomes : Nombreux.

• Plasmides : Petites molécules d'ADN circulaires, non essentielles pour la multiplication en environnement favorable, mais peuvent conférer des avantages sélectifs (ex: résistance aux antibiotiques, gènes de pathogénicité).

2.2 Membrane Cytoplasmique

• Fonctions Clés :

  • Contrôle les échanges avec le milieu extérieur.

  • Contient le système de transport des électrons et des récepteurs spécifiques.

  • Rôle important dans la réplication et la division du matériel nucléaire.

2.3 Paroi Bactérienne

• Rôle : Structure rigide responsable de la forme bactérienne et de la résistance à la lyse osmotique.

• Exceptions : Absente chez les Mycoplasmes et les Chlamydia.

• Coloration de Gram : Méthode essentielle pour la classification.

  • Bactéries à Gram+ : Paroi épaisse de peptidoglycanes, recouverte de polysaccharides, protéines, acides téichoïques. Reste colorée en violet par le violet de Gentiane après traitement à l'alcool.

  • Bactéries à Gram- : Paroi plus complexe, couche fine de peptidoglycanes, souvent entourée d'une membrane externe contenant des lipopolysaccharides (LPS) composés de lipide A (toxique) et de polysaccharide O (antigénique). Perd la coloration violette après l'alcool et est colorée en rouge/rose par la fuchsine/safranine.

2.4 Capsule

• Définition : Couche épaisse recouvrant la paroi chez certaines bactéries.

• Rôle : Peut jouer un rôle important dans le pouvoir pathogène en empêchant la phagocytose.

• Composition : Généralement polysaccharidique, rarement polypeptidique.

• Biofilms : Base de la formation de biofilms chez certaines bactéries.

2.5 Moyens de Locomotion (Ciliature)

• Flagelles : Structures protéiques permettant le déplacement.

  • Péritriche : Disposés tout autour de la bactérie.

  • Monotriche : Un flagelle à un pôle.

  • Amphitriche : Un flagelle à chaque pôle.

  • Lophotriche : Plusieurs flagelles à un ou deux pôles.

• Pili (Fimbriae) : Rigides et plus courts que les flagelles, de nature protéique. Interviennent dans les interactions avec d'autres bactéries ou cellules eucaryotes.

2.6 Spores

• Formation : Chez certaines bactéries à Gram positif (*Clostridium*, *Bacillus*) en conditions défavorables (pénurie de nourriture, pH/température élevés, dessiccation, désinfectants).

• Résistance : Très résistantes à la dessiccation et à la chaleur. Très longue persistance dans l'environnement.

• Germination : Donnent naissance à des formes végétatives en conditions favorables.

2.7 Multiplicati et Croissance

• Multiplication : Par scissiparité.

• Rythme : Très rapide en conditions favorables (nutriments, conditions physico-chimiques optimales : température, pH, pression osmotique, oxygène).

• Culture :

  • Milieux complexes (extraits/hydrolysats de viande), liquides ou solides (avec gélose).

  • Sur milieu solide : colonies séparées (faible quantité de bactéries) ou nappe confluente (grande quantité).

  • En milieu liquide : dispersion et trouble.

• Cinétique de croissance : Étudiée en milieu liquide (turbidimétrie ou dénombrement CFU).

  1. Phase de latence : Peu de multiplication.

  2. Phase de croissance exponentielle : Multiplication maximale. Équation : (temps de doublement ~30 min pour pathogènes humains).

  3. Phase stationnaire : Nombre constant, milieu s'épuise.

  4. Phase de décroissance : Déclin du nombre de bactéries, épuisement du milieu.

2.8 Besoins Nutritifs

• Essentiels : Eau, source de carbone, ions minéraux (K⁺, Mg²⁺, phosphates), azote, soufre, oligoéléments (Fe, Co²⁺, Mn²⁺, Zn²⁺) et facteurs de croissance.

• Types :

  • Autotrophes : Capables de synthétiser tous leurs constituants.

  • Hétérotrophes : Nécessitent l'apport de certains constituants (ex: acide aminé, enzyme).

• Transport : Passif ou actif (via perméases) à travers la membrane cytoplasmique.

2.9 Conditions Physico-Chimiques

• Température :

  • Majorité pathogènes : 37°C (optimale).

  • Psychrophiles (*Listeria*) : Se multiplient à de basses températures (proches de 0°C).

  • Thermophiles : Se multiplient à des températures > 45°C.

  • Mésophiles : 10°C à 45°C.

  • Non sporulées tuées à > 60°C.

• pH :

  • Pla plupart : Proche de la neutralité (pH 7).

  • Acidophiles : Croissent à pH bas (jusqu'à 1).

  • Alcalinophiles : Croissent à pH élevés.

• Pression Osmotique :

  • Résistance grâce à la paroi.

  • Forte concentration de NaCl ou sucre peut inhiber la croissance.

  • Halophiles : Adaptées au milieu marin, nécessitent une concentration minimale de sel.

• Oxygène :

  • Aérobies strictes : Nécessitent O₂.

  • Anaérobies strictes : Ne peuvent cultiver qu'en absence d'O₂.

  • Aéro-anaérobies facultatives : Croissent avec ou sans O₂ (les plus fréquentes en pathologie).

  • Micro-aérophiles : Nécessitent une faible pression d'O₂.

2.10 Métabolisme

• Oxydatif/Respiratoire : Dégradation complète du glucose via cycle de Krebs, O₂ comme accepteur final d'électrons. Système de transport dans la membrane cytoplasmique.

• Fermentatif : Dégradation incomplète du glucose, production de composés organiques (acides organiques).

3. Génétique Bactérienne

3.1 Bactériophages (Phages)

• Définition : Virus attaquant les bactéries.

• Structure : Molécule d'acide nucléique (ADN ou ARN) entourée d'une capside protéique. Composé d'une tête et d'une queue.

• Réplication : Incapables de réplication autonome, parasitent une cellule hôte.

• Types d'infection :

  • Phages virulents : Lyse de la bactérie et libération de nouveaux virions (cycle lytique). Ex: Phage T2, T4.

  • Phages tempérés : Pas de lyse immédiate, persistance dans le génome bactérien (prophage), transmis aux générations suivantes (lyogénie). Avantage stratégique pour le phage. Ex: Phage lambda.

3.2 Modifications Génétiques

• Importance : Cruciale en bactériologie médicale (pouvoir pathogène, sensibilité aux antibiotiques).

• Mécanismes :

  • Mutations : Rares ( à ), mais transmises verticalement.

    • Types : Substitution d'un nucléotide, délétions, insertions.

    • Peuvent être réversibles.

  • Transposons ("gènes sauteurs") : Éléments génétiques mobiles.

    • Séquences d'ADN avec séquences répétitives inverses.

    • Peuvent s'insérer dans chromosome ou plasmide sans homologie.

    • Induisent délétions, insertions, réarrangements.

    • Portent souvent des gènes de résistance aux antibiotiques.

  • Transfert Horizontal de Matériel Génétique :

    • Transformation : Transfert de fragments d'ADN bactérien libre (après lyse) et intégration par recombinaison. Se fait entre espèces apparentées (Ex: *Neisseria*, *Streptococcus*, *Haemophilus*).

    • Transduction : Transfert d'ADN bactérien par un bactériophage.

      • Phage injecte son acide nucléique.

      • Phage virulent lyse ; Phage tempéré lysogénie (intégration dans le génome).

    • Conjugaison : Transfert unidirectionnel d'ADN plasmidique d'une bactérie donatrice à une receveuse via un accouplement (pili sexuels chez Gram-, adhésines chez Gram+).

      • Mécanisme le plus fréquent dans la nature.

      • Les plasmides conjugatifs peuvent transférer en bloc des gènes de résistance aux antibiotiques (transfert horizontal).

4. Antibiotiques

• Découverte : Pénicilline par Fleming (1928), redécouverte (fin XIXe siècle par Duchesne).

• Définition : Substance naturelle (microorganismes) ou synthétique capable d'empêcher la croissance (bactériostatique) ou de tuer (bactéricide) les bactéries, sans toxicité pour les cellules hôtes.

• Origine : Champignons inférieurs, certaines bactéries, certains végétaux supérieurs.

• Diversité : >10 000 molécules, ~100 efficaces (1/4 pénicillines).

• Mécanismes d'action (5 principaux) :

  • Inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne.

  • Inhibition de la synthèse des protéines.

  • Inhibition de la synthèse des acides nucléiques.

  • Altération de la membrane cytoplasmique.

  • Activité antimétabolite ou antagonisme compétitif.

• Toxicité Sélective : Cibles non présentes chez l'hôte.

• Principales Familles :

  • β-lactamines : Les plus utilisées (large spectre, bonne tolérance). Inactivation de la synthèse de la paroi.

    • Pénicillines (Pénicilline G/V/M, ampicilline, amoxicilline, imipénème, acide clavulanique, etc.).

    • Céphalosporines (céfalotine, céfotaxime, ceftriaxone, latamoxef, etc.).

    • Monobactames (aztréonam).

  • Aminosides : gentamicine, tobramycine, amikacine.

  • Tétracyclines : tétracycline, oxytétracycline, doxycycline.

  • Chloramphénicol et dérivés (Phénicoles) : chloramphénicol.

  • Macrolides/Lincosamides/Streptogramines : érythromycine, lincomycine, pristinamycine.

  • Polypeptides : bacitracine, polymyxine B, colistine.

  • Sulfamides et associations : sulfamides, triméthoprime.

  • Nitrofuranes : furanes.

  • Quinolones : acide nalidixique, ciprofloxacine.

  • Divers : rifampicine, vancomycine, métronidazole.

5. Résistance Bactérienne aux Antibiotiques

• Résistance Naturelle : Caractéristique propre à une espèce bactérienne (ex: Mycoplasmes non sensibles aux β-lactamines car absence de paroi).

• Résistance Acquise : Apparue chez une souche spécifique, absente chez la souche sauvage.

• Mécanismes d'acquisition :

  • Inactivation de l'antibiotique par enzyme :

    • Bêta-lactamases : Inactivent les β-lactamines.

    • Enzymes inactivant les aminosides, chloramphénicol, macrolides, lincosamides.

  • Efflux actif de l'antibiotique hors de la cellule.

  • Synthèse d'une enzyme alternative non inhibée par l'antibiotique.

  • Modification de la cible de l'antibiotique.

  • Imperméabilité ou diminution de la perméabilité de la membrane bactérienne.

6. Antiseptiques

• Définition : Substance qui tue ou prévient la croissance de bactéries, virus, champignons sur les surfaces externes du corps.

• Distinction Antibiotiques : Les antibiotiques agissent à l'intérieur du corps uniquement contre les bactéries.

• Utilisation : Désinfection de plaies, brûlures, coupures.

• Spécificité : Pas d'antiseptique "à tout faire", chaque produit a indications et contre-indications. Mauvaise utilisation peut causer intoxication.

• Familles :

  • Colorants : Éosine aqueuse, solution de Milian. Inconvénient : salissants.

  • Alcools : Alcool à 70° (plus efficace que 90°). Inconvénients : dessèche la peau, pique, inflammable, ne pas appliquer sur muqueuses. Ex: alcool camphré (attention aux convulsions chez l'enfant à forte dose).

  • Halogénés :

    • Iode et dérivés : Bétadine, alcool iodé. Pour plaies superficielles. Inconvénients : ne pas associer au mercure, éviter chez femme enceinte/enfants en cas d'allergie.

    • Chlorés : Dakin Cooper, Amukine. Pour peau et muqueuses. Inconvénients : irritants.

  • Biguanides : Biseptine, Septéal, Hibitane. Pour peau et muqueuses. Inconvénients : ne pas utiliser dans lavages d'oreilles, inactivé par le savon.

  • Dérivés d'ammonium quaternaire : Hexomédine, Hexaseptine. Pour peau et muqueuses. Inconvénients : éviter usage fréquent sur muqueuses (alcool).

  • Dérivés chlorés/cationiques (ex: Septivon) : Ne pas utiliser avec eau très chaude (formation de composés toxiques).

  • Dérivés métalliques : Mercryl laurylé. Pour affections cutanées infectées. Inconvénients : ne pas associer à l'iode.

  • Oxydants : Eau Oxygénée (H₂O₂), Permanganate de Potassium (KMnO₄). Effet hémostatique, nettoyant. Inconvénients : desséchants.H₂O₂ est caustique, KMnO₄ colore la peau/linge.

7. Méthodes de Stérilisation et Désinfection

• Prévention des infections : Désinfection et stérilisation.

• Asepsie : Absense de micro-organismes. Empêche la contamination.

• Antisepsie : Destruction des micro-organismes sur un organisme, surface ou objet.

• Stérilisation : Destruction de tous les micro-organismes et toxines par procédés physiques (chaleur, radiations) ou chimiques (antiseptiques). Un objet stérile est exempt de germes vivants.

• Désinfection : Destruction des micro-organismes sur un lieu, objet, partie externe du corps. Ne conduit pas forcément à la stérilisation.

• Procédés de Stérilisation :

  • Agents Physiques :

    • Chaleur :

      • Facteurs clés : température, temps d'exposition, pénétration.

      • Chaleur Humide :

        • Autoclavage : vapeur d'eau sous pression (sécurité). Température fonction de pression (1 kilo = 120°C). Durée selon objet.

        • Ébullition : urgence. Addition de borate/carbonate de soude (2%) élève à 104-106°C. Durée : 20-30 min.

      • Chaleur Sèche :

        • Étuve de Poupinel : 175°C pendant 45 min à 1 heure (plus élevée et longue que chaleur humide).

        • Flambage : bec Bunsen (1-2 min) ou alcool brûlant.

      • Tyndallisation : Chauffage discontinu (60-100°C pdt 30 min-1h, répété 3-4 jours), pour substances altérables.

      • Pasteurisation : Chauffage sous point d'ébullition (temps variable), pour liquides alimentaires, respecte propriétés nutritives.

    • Radiations : Ultraviolettes (les plus utilisées), détruisent micro-organismes par ionisation/résonance altérant protéines. Stérilisation de l'air (salles d'op., chambres).

  • Agents Chimiques : Corps gazeux (formol, oxyde d'éthylène) ou produits en solution (chloroforme, cyanure de mercure).

• Désinfection : Procédés pour détruire micro-organismes pathogènes disséminés par un malade.

  • Concerne : malade, excrétas, instruments, linge, locaux.

  • Moyens : formol (vapeur), rayons UV, ozone, crésylol sodique, sulfate de cuivre, eau de javel.

8. Bactériologie Spéciale : Genres et Espèces Clés

8.1 Genre Staphylococcus

• Découverte : Pasteur (1880), Ogston (1883), Rosembach (1884).

• Caractéristiques :

  • Bactéries à Gram (+), sphériques (cocci), en grappes de raisins.

  • Immobiles, non sporulées, généralement non capsulées.

  • Aérobies et anaérobies facultatives.

  • Catalase (+).

  • Métabolisme respiratoire ou fermentatif (acidifient le glucose sans gaz).

  • Température optimale : 37°C. Isolement sur milieu ordinaire ou Chapman.

  • Parfois producteurs de pigments (orange, jaune, doré), peuvent être β-hémolytiques sur gélose au chocolat.

• Habitat : Très répandus (Micrococcaceae).

  • Commensaux chez l'homme et l'animal (peau, muqueuses, rhinopharynx, rarement intestin).

  • Saprophytes dans sol, eaux, poussières, aliments (laitages, conserves salées).

• Pouvoir Pathogène : Très étendu.

  • Bactéries pyogènes (causent suppurations) :

    • Superficielles : furoncles, anthrax, panaris, abcès sous-cutanés.

    • Profondes : abcès pulmonaires, ostéomyélite, pleurésies purulentes, pyélonéphrites.

  • Septicémies.

  • Production d'entérotoxines causant des intoxications alimentaires (produits carnés, laitiers).

8.2 *Staphylococcus aureus* (Staphylocoque Doré)

• Importance : Espèce la plus importante médicalement (infections communautaires et nosocomiales).

• Dissémination : Très répandu chez l'homme et l'animal.

• Morphologie : Cocci à Gram (+), en amas, diplocoques ou courtes chaînettes.

• Transmission : Interhumaine directe (contact, manu-portée, nez) ou indirecte (aliments, vêtements).

  • Épidémies nosocomiales possibles.

  • Colonisation néonatale après accouchement.

• Manifestations Cliniques : Très variées.

  • Infections cutanées :

    • Superficielles : Impétigo, onyxis, folliculite.

    • Profondes : Furoncles, hidrosadénite, anthrax, staphylococcies malignes de la face.

  • Infections profondes : (isolées ou en septicémie)

    • Osseuses : ostéomyélite, mastite, arthrites septiques.

    • Pleuropulmonaires : fréquentes et graves chez nourrissons, rares chez adultes (post-grippe).

    • Urogénitales : pyélonéphrites, abcès du rein.

    • Neuroméningées : méningites (post-neurochirurgicales).

    • Endocardites : valvaire artificielle, cœur droit (toxicomanes).

  • Septicémie à *S. aureus* : Fréquente, grave, métastases septiques.

  • Toxi-infections alimentaires : Ingestion d'entérotoxines préformées (A à E, H). Symptômes (vomissements, diarrhée, déshydratation, pas de fièvre) rapides (< 3h). Évolution bénigne sauf chez nourrissons/personnes âgées.

  • Entérocolites aiguës : Prolifération de *S. aureus* antibiorésistant et producteur d'entérotoxines, après antibiothérapie.

  • Syndrome de choc toxique : Fièvre, hypotension, rash maculaire érythémateux, desquamation, diarrhée. Hémocultures stériles.

• Facteurs de Virulence : (Toxines et enzymes diffusibles)

  • Toxines : α, β, γ, δ-toxines (hémolysines), entérotoxines.

  • Enzymes :

    • Coagulase libre : Hydrolyse le plasma, rôle clé dans pathologie.

    • Fibrinolysine (staphylokinase).

    • Autres : lipases, phosphatases, hyaluronidases, nucléases.

• Antigènes : Pariétaux, de type, de surface, capsulaires.

• Génétique : Mutations peuvent affecter caractères antigéniques/métaboliques, virulence, résistance aux antibiotiques (AB) et métaux lourds.

• Diagnostic Biologique : Isolement de la bactérie à partir des lésions ou hémoculture.

• Traitement :

  • Antibiothérapie : Guidée par antibiogramme.

  • Résistance aux pénicillines A et G fréquente.

  • Sensibilité aux pénicillines M, céphalosporines (souches communautaires).

  • Sensibilité aux macrolides, synergistines, fluoroquinolones (souches communautaires).

  • Souches hospitalières : Souvent multi-résistantes (méthicillo-résistantes ou méti-R). Souvent seuls les glycopeptides sont actifs.

• Prévention : Respect strict des règles d'hygiène, en particulier le lavage des mains (pour infections nosocomiales).

8.3 Streptococcaceae (Genre Streptococcus et Enterococcus)

• Généralités : Cocci à Gram (+), ovales ou ronds, en chaînettes. Non sporulés, non mobiles.

• Caractéristiques : Aéro-anaérobies facultatifs. Nécessitent milieux riches.

• Biochimie : Catalase (-) (contrairement aux staphylocoques). Ne réduisent pas les nitrates. Fermentent les glucides (homofermentaires, produit principal : acide lactique dextrogyre).

• Genres : *Streptococcus*, *Leuconostoc*, *Pediococcus*, *Aerococcus*.

• Habitat :

  • Gorge, amygdales, pharynx (Streptocoques non groupables).

  • Flore normale de l'intestin (Streptocoques du groupe D, Enterococcus).

  • Peuvent devenir pathogènes (ex: endocardite infectieuse).

  • Streptocoques groupe A : pathogènes stricts (angines, porteurs sains).

• Historique : Biltroth et Ehrlich (1887), Fehleisen (1883), Rosembach (1884).

• Classification : Basée sur 3 caractères principaux :

  • Capacité d'hémolyse des érythrocytes (sur gélose au sang).

    • β-hémolyse : Hémolyse totale (zone claire).

    • α-hémolyse : Hémolyse partielle (zone verdâtre, floue).

    • γ-hémolyse : Non hémolytique.

  • Présence d'antigènes polysaccharidiques spécifiques de groupe (Classification de Lancefield).

  • Réactions biochimiques spécifiques.

• Antigènes Extracellulaires : Réagissent avec les anticorps de la -globuline humaine (20 anticorps différents connus).

• Toxines : (Produites par les β-hémolytiques du groupe A)

  • Streptolysine O (SLO) : Lyse cellules eucaryotes (leucocytes, PN, plaquettes). Procaryotes ne sont pas sensibles (pas de cholestérol dans membranes).

  • Streptolysine S (SLS) : Produite par 95% des streptocoques. Activité lytique sur toutes les cellules eucaryotes et procaryotes (différent de SLO). Non immunogène.

  • Toxines érythrogènes : Éruption érythémateuse (scarlatine), activité mitotique.

  • Hyaluronidases, DNases (dépolymérisation liaisons phosphodiester), Streptokinases/Fibrinolysines (activent plasminogène).

• Hémolyse :

  • β-hémolyse : zone d'hémolyse totale (3-4 mm).

  • α-hémolyse : zone floue et granuleuse.

  • Absence d'hémolyse.

8.4 *Streptococcus pneumoniae* (Pneumocoque)

• Découverte : Frankel et Weichselbaum (1886), Pasteur (1880).

• Génétique : Avery, Mac Leod et Mac Carthy (1944) ont montré que l'ADN est le facteur transformant.

• Caractéristiques : Cocci à Gram (+) encapsulé, non mobile, aérobie facultatif.

• Morphologie : Diplocoque (plus souvent) ou cellules isolées, rarement courtes chaînettes.

• Fragilité : S'autolyse facilement en culture.

• Habitat : Hôte spécifique humain.

  • Commensal des voies aériennes supérieures (rhino-pharynx).

  • Taux de colonisation : 40-60% chez enfants, 6% chez adultes sans enfant, 20-30% chez adultes avec enfants.

  • Rarement chez l'animal.

• Transmission : Interhumaine, voie aérienne.

• Pathologie : 1ère cause de mortalité par infection communautaire dans pays développés.

  • Fréquent en saison froide. 30-70% porteurs sains dans le pharynx.

  • Peut infecter sinus, oreilles moyennes (otites), mastoïdes, méningites, conjonctivites purulentes.

  • Cause des pneumonies (infections voies aériennes basses).

  • Bactériémies : arthrite, péritonite, péricardite, pleurésie, endocardite.

• Facteurs de Virulence :

  • Capsule polysaccharidique : action anti-phagocytaire.

  • Adhésines : colonisation.

• Diagnostic Biologique :

  • Prélèvements sur sites d'infections. Isolement par culture.

  • Hémocultures en cas de syndrome infectieux sévère.

  • Examen direct (LCR, expectoration) : diplocoques à Gram (+).

• Traitement :

  • Préventif : Vaccin (antigènes capsulaires). Recommandé chez sujets âgés, insuffisants respiratoires/cardiaques (peu efficace chez enfants).

  • Curatif : Pénicilline G, aminopénicillines.

  • Résistance croissante : choix guidé par antibiogramme.

  • Céphalosporines, macrolides, fluoroquinolones, synergistines, glycopeptides sont efficaces.

  • Résistance fréquente au cotrimoxazole, tétracyclines, érythromycine.

8.5 *Streptococcus pyogenes* (Streptocoque du groupe A)

• Classification : Streptocoque β-hémolytique, groupe A de Lancefield.

• Habitat : Essentiellement chez l'homme (pharynx, peau). Nombreux porteurs sains.

• Transmission : Voie aérienne, contact direct.

• Pathologie :

  • Infections bénignes : Angines, impétigo.

  • Infections cutanées : Impétigo, érysipèle (dermo-épidermite rapide et sévère), surinfection de plaies/brûlures, lymphangites.

  • Infections graves (rares) : Endométrites (post accouchement), pneumonies, cellulite, fasciste nécrosante ("gangrène streptococcique").

  • Syndrome de choc toxique streptococcique, septicémie.

8.6 Enterococcus (Entérocoques)

• Caractéristiques : Cocci ovoïdes à Gram (+), en paires ou courtes chaînettes. Aéro-anaérobies facultatifs, homofermentaires. Catalase (-).

• Culture : Croissance sur milieux hostiles :

  • 10°C et 45°C.

  • Présence de 6,5% NaCl et pH 9,6.

  • Hydrolyse de l'esculine en présence de 40% de bile.

  • Production de pyrrolidonyl arylamidase (PYR).

• Habitat : Commensaux du tube digestif (homme et animaux), muqueuses génitales. Accessoirement oropharynx et peau.

• Espèces clés : *E. faecalis* et *E. faecium* (>90% des isolats).

• Pathologie :

  • Infections urinaires.

  • Bactériémies.

  • Endocardites bactériennes.

  • Suppurations intra-abdominales (souvent avec autres bactéries).

  • Infections nosocomiales.

• Diagnostic : Isolement et identification après culture.

• Traitement :

  • Peu sensibles aux pénicillines. Résistance naturelle aux céphalosporines.

  • Synergie pénicillines + aminosides possible si faible résistance aux aminosides.

  • Résistance aux glycopeptides apparaît.

  • Antibiogramme essentiel.

8.7 Genre Neisseria

• Famille : Anciennement Neisseriaceae, maintenant remaniée.

  • Neisseriaceae Emend : *Neisseria*, *Kingella*.

  • Branhamaceae : *Branhamella* (coques et bâtonnets).

  • Moraxellaceae : *Moraxellae*, *Acinetobacter*.

• Caractéristiques : Cocci à Gram (-) en paires (diplocoques), immobiles (sauf *N. elongata*). Aéro-anaérobies facultatives.

• Biochimie : Catalase (+) et Oxydase (+).

• Espèces Pathogènes : *N. meningitidis* et *N. gonorrhoeae*.

8.7.1 *Neisseria meningitidis* (Méningocoque)

• Caractéristiques : Bactérie fragile, exige milieux riches et CO₂ enrichi.

• Sérogroupes : 13 sérogroupes capsulaires polysaccharidiques : A, B, C, W135, X, Y (les plus fréquents). A prédominant en Afrique, B plus fréquent en France.

• Habitat : Hôte exclusif de l'homme. Rhinopharynx. Nombreux porteurs sains.

• Transmission : Voie aérienne.

• Pathogénie : Franchise la barrière muqueuse après infection pharyngée (souvent asymptomatique), gagne les méninges par voie hématogène, ou cause septicémie.

• Pathologies :

  • Méningite cérébro-spinale : Enfant et jeune adulte. Urgence médicale.

    • Trépied méningitique : Céphalées, vomissements, raideur méningée (signe de Kerning), fièvre, photophobie, arthralgies.

    • Nourrisson : hypotonie, trouble comportement, convulsion, hyperthermie.

    • Sans traitement : mortelle. Avec traitement : guérison sans séquelles (majorité).

    • Purpura fulminans (Waterhouse Friderichsen) : forme foudroyante, haute mortalité.

  • Septicémie : Fièvre, altération EG, purpura, cyanose, arthralgies. Évolution rapide vers choc et décès. Mortalité élevée.

  • Autres : Angine érythémateuse, infections respiratoires, infections vénériennes (rares: urétrites, proctites).

• Diagnostic Biologique :

  • Ponction lombaire (liquide céphalo-rachidien) : examen microscopique et culture.

  • Prélèvements rhinopharyngés, ano-génitaux (porteurs sains).

  • Hémoculture, prélèvement lésions purpuriques, liquide articulaire, aspiration trachéale.

  • Biochimie : oxydase (+), gamma glutamyl-transférase (+). Acidifie glucose et maltose.

• Traitement :

  • Antibiothérapie précoce : Pénicilline (30 MU/j adulte, 8 MU/j enfant) ou ampicilline (12-15 g/j adulte, 200-300 mg/kg/j enfant) IV continue pendant 15 jours.

8.7.2 *Neisseria gonorrhoeae* (Gonocoque)

• Découverte : Neisser (1879). Agent de la blennorragie ou gonococcie (infection vénérienne).

• Caractéristiques : Bactérie fragile. Culture sur milieu riche, spécifique, sous CO₂ enrichi.

• Habitat : Strictement adapté à l'homme. Muqueuses des voies génitales.

• Transmission : Presque uniquement par voie sexuelle.

• Facteurs Favorisants : Urbanisation, voyages, promiscuité, saisons (été), rapports sexuels non protégés, contraception hormonale.

• Asymptomatique : Formes souvent asymptomatiques chez la femme (80%), favorisant la transmission. Vulnérabilité biologique de la femme (grande surface de contact).

• Pathogénie : Invasion cellules muqueuses réaction inflammatoire. Dissémination sanguine possible.

• Manifestations Cliniques :

  • Gonococcie (blennorragie) :

    • Homme : Urétrite antérieure aiguë (écoulement de pus, dysurie, "chaude pisse"). Incubation 1-15 jours. Complications : orchite, épididymite, prostatite, rétrécissement urètre.

    • Femme : Symptômes peu apparents (80% asymptomatiques). Pertes purulentes (leucorrhées), urétrite, bartholinite. Complications : salpingite (stérilité, GEU), inflammations pelviennes, péri-hépatite.

  • Infections extragénitales :

    • Pharyngée : asymptomatique ou amygdalite.

    • Anales : 4% des cas, souvent asymptomatiques, parfois ténesme, proctite.

    • Oculaires : rares.

  • Infections disséminées : 1-3% des gonococcies. Bactériémies/septicémies, arthrites septiques.

  • Nouveau-né : Conjonctivites (lors accouchement), pouvant entraîner ophtalmite purulente et cécité.

• Diagnostic Biologique :

  • Prélèvement : écoulement urétral (homme), endocol, cul de sac postérieur, méat urinaire, glandes de Bartholin/Skène (femme), anus, pharynx, peau, liquide articulaire, hémoculture.

  • Culture rapide. Examen direct : diplocoques à Gram (-) intra et extracellulaires.

• Traitement : (Selon recommandations CDC)

  • Urétrite aiguë/Cervicite : Ceftriaxone 250mg IV (dose unique) + Doxycycline 250mg/j pdt 7j (pour *Chlamydia*). Spectinomycine ou ciprofloxacine alternatives. Amoxicilline (3g) + Probenecid (1g) si faible production de β-lactamases.

  • Salpingite : Céfoxitine 2g IV toutes les 6h pdt 48h + Doxycycline 20mg/j per os pdt 10-14j.

  • Infection disséminée : Ceftriaxone 1g/j ou Céfotaxime 3g/j pdt 7j.

  • Pas de vaccin disponible.

8.8 Enterobacteriaceae (Entérobactéries)

• Caractéristiques : Bacilles à Gram (-), mobiles (ciliature péritriche) ou immobiles, non sporulés.

• Métabolisme : Aérobies et anaérobies facultatives. Cultivent bien sur milieux ordinaires.

• Biochimie : Fermentent le glucose (avec ou sans gaz). Nitrate réductase (+). Oxydase (-) (permet distinction avec Pseudomonas, Vibrio). Catalase (+) (sauf *Shigella dysenteriae* sérotype I).

• Comparaison : Différentes de *Pseudomonas* (aérobies stricts, oxydatif), *Vibrio/Aeromonas* (oxydase +, péritriches).

• Habitat : Tropisme digestif. Certaines isolées du sol, végétaux (*Enterobacter agglomerans*, *Erwinia*).

• Structures : Fimbriae (pili communs), pili sexuels (conjugaison). Certaines capsulées (*E. coli* type K, *Klebsiella*) donnent des colonies muqueuses.

• Culture : Croissent sur milieux complexes (bouillon ou gélose ordinaire) à 37°C, 18h.

  • Formes S ("Smooth") : Colonies lisses, bombées, brillantes, humides. Bouillon trouble homogène.

  • Formes R ("Rough") : Colonies rugueuses, sèches, irrégulières, mates. Bouillon grumeleux.

  • Colonies muqueuses (*Klebsiella*, *E. coli*, *Salmonella Paratyphi B*).

  • Colonies naines.

• Antigènes :

  • Antigènes O : Lipopolysaccharidiques (LPS) de la paroi, thermostables, résistants alcool/acide.

  • Antigènes H : Flagellaires (protéine flagelline), chez souches mobiles.

  • Antigènes K : Capsulaires (polysaccharidiques), enveloppent antigène O.

  • Antigène Kunin : Commun à toutes les entérobactéries (intérêt taxonomique).

8.8.1 Genre Escherichia (*Escherichia coli*)

• Habitat : Espèce dominante de la flore aérobie du tube digestif (homme et animaux). Généralement commensale.

• Pathologies :

  • Infections urinaires : Plus souvent en cause (*E. coli* pathogènes urologiques).

  • Méningites et septicémies : Essentiellement chez le nourrisson (souches avec antigène K, semblable au méningocoque B).

  • Infections intestinales :

    • Entérite épidémique du nourrisson.

    • Syndrome cholériforme.

    • Syndrome dysentérique.

• Facteurs de Virulence :

  • Capsule K : Polysaccharidique (80 variétés). Rend la phagocytose difficile, inhibe le complément. K1 (semblable méningocoque B) est peu immunogène. Majorité des infections néonatales dues à *E. coli* K1.

  • Adhésines : Permettent l'adhésion aux GR ou cellules épithéliales. La plupart sont des fimbriae.

  • Toxines : Hémolysine, entérotoxines (thermolabile LT ou thermostable ST), *Shiga-like toxin* (SLT ou STx).

• Souches Entéropathogènes :

  • EPEC (*E. coli* entéro Pathogène) : Adhèrent aux cellules épithéliales par fimbriae, effacement des microvillosités. Sécrètent protéines via un système de sécrétion.

  • ETEC (*E. coli* entéroToxigène) : Adhésines + 2 entérotoxines. Causes fréquentes de diarrhées dans pays en développement (enfants, voyageurs).

  • ECEH (*E. coli* entéroHémorragique) : Adhèrent fortement, libèrent Shiga-like toxin (STx). Ingestion d'aliments contaminés (souvent animaux). Colite hémorragique. Syndrome hémolytique et urémique (SHU) chez l'enfant (diffusion de STx).

  • EIEC (*E. coli* entéroInvasif) : Proches de *Shigella dysenteriae*. Capacité d'envahir cellules du côlon. Diarrhée liquide.

  • EAggEC (*E. coli* entéroAgrégatif) : Adhèrent et forment agrégats (fimbriae). Augmentent sécrétion de mucus. Diarrhées prolongées (pays en développement).

  • DAEC (*E. coli* adhérant Diffusément) : Adhèrent aux cellules intestinales de façon diffuse. Causes possibles de diarrhées.

• Traitement :

  • Sensibles aux AB actifs sur Gram (-) (souches sauvages).

  • Résistance acquise fréquente (production de bêta-lactamases). Antibiogrammes nécessaires.

  • 1ere intention : cotrimoxazole, fluoroquinolones (sauf enfants), céphalosporines de 3ème génération (courte durée).

8.8.2 Genre Shigella

• Définition : Entérobactéries responsables de la dysenterie bacillaire et de diarrhées. Immobiles.

• Espèces (4) : *S. dysenteriae*, *S. flexneri*, *S. sonnei*, *S. boydii*. *S. dysenteriae* et *S. flexneri* sont les plus pathogènes.

• Habitat : Bactéries spécifiques de l'homme (pathogènes stricts). Tube digestif. Porteurs sains possibles (selles).

• Transmission : Voie digestive (main), indirecte (aliments/eaux souillées).

• Pathologies :

  • Dysenterie bacillaire : Forme la plus sévère (*S. dysenteriae* sérotype I).

    • Incubation 1-2 jours.

    • Douleurs abdo, fièvre, selles afécales (muco-sanguinolentes).

  • Syndrome diarrhéique : Forme chronique. Épisodes de diarrhées (parfois sanglantes). Possibilité de SHU.

  • Épidémies dans collectivités à mauvaises conditions sanitaires.

  • Localisation : gros intestin. Passage dans sang rare.

• Mécanisme d'action : Envahissent le côlon (partie distale), réaction inflammatoire, ulcérations.

• Toxine : *S. dysenteriae* produit une toxine de Shiga (polypeptidique, chaîne A et 5 chaînes B). Empêche synthèse protéique, mort cellulaire. Impliquée dans SHU.

• Diagnostic : Isolement de la bactérie dans les selles (coproculture) sur milieux sélectifs (*Salmonella-Shigella*).

• Traitement :

  • Réhydratation (symptomatique). Antibiothérapie.

  • Souches sauvages sensibles aux AB sur Gram (-). Résistance acquise nécessite antibiogramme.

  • Cotrimoxazole, pénicilline A, fluoroquinolone (déconseillée chez enfants).

8.8.3 Genre Salmonella

• Problème de santé publique mondial (pays en développement).

• Catégories :

  • Salmonelles typhiques/typhoïdiques.

  • Salmonelles non typhiques.

• Classification historique : Kauffman (par sérotype).

• Nouvelle Taxonomie (biologie moléculaire) : Une seule espèce, *Salmonella enterica*.

  • 7 sous-espèces (*enterica*, *salamae*, *arizonae*, *diarizonae*, *houtenae*, *bongori*, *indica*).

  • Sous-espèce I (*S. enterica subsp. enterica*) : 99,5% des souches pathogènes.

  • Subdivisées en sérovars (sérotypes) basés sur antigènes O, H, Vi.

• Antigènes :

  • O : Somatique, oligosaccharidique.

  • H : Flagellaire, protéique.

  • Vi (k) : Capsulaire, polysaccharidique.

• Habitat : Intestin (homme, animaux vertébrés).

  • Typhiques/Paratyphiques (*S. Typhi*, *S. Paratyphi A, B, C*) : Strictement humains.

  • Non typhiques : Ubiquitaires (homme, animal, environnement : sols humides, eaux, aliments).

  • Contamination alimentaire fréquente (charcuteries, poissons fumés, fromages).

• Transmission : Ingestion d'eaux et d'aliments contaminés.

• Manifestations Cliniques : 3 aspects.

  • Fièvres Typhoïdes et Paratyphoïdes (formes septicémiques) :

    • Dues à *S. Typhi* et *S. Paratyphi A, B* (rarement C).

    • Départ lymphatique. Incubation 7-10 jours.

    • Troubles digestifs, obnubilation (typhus).

    • Complications : hémorragies, perforations intestinales. Mortalité 10-20% sans traitement.

  • Gastro-entérites :

    • Diarrhées et vomissements associés à fièvres.

    • Début 12-48h après ingestion. Guérison en quelques jours.

    • Causes principales de diarrhées bactériennes.

  • Formes Extra-digestives : (Nombreuses)

    • Infections urinaires, pulmonaires, osseuses (ostéomyélite chez drépanocytaires), spondylodiscites, artérielles (personnes âgées), méningées (nourrissons).

    • Arthrities réactionnelles post-digestives.

• Diagnostic :

  • Direct (culture et isolement) : Indispensable pour épidémiologie et antibiogramme.

    • Hémoculture, coproculture, culture autres produits (urines, pus).

    • Biologie moléculaire (PCR).

  • Sérodiagnostic de Widal et Félix : Méthode indirecte (recherche agglutinines O et H). Utile pour fièvres typhoïdes/paratyphoïdes.

• Traitement :

  • Curatif : Antibiogramme essentiel (pas de résistance naturelle, résistances acquises fréquentes).

    • AB actifs *in vitro* (aminosides) peuvent être inactifs *in vivo* (localisation intracellulaire).

    • AB de choix : bonne concentration dans ganglions lymphatiques.

    • Pays en développement : Chloramphénicol, cotrimoxazole (coût).

    • Pays développés : Fluoroquinolones, céphalosporines de 3ème génération (hautes posologies).

    • Ampicilline : bonne élimination biliaire, moins bonne concentration.

    • Fluoroquinolones déconseillées chez enfants/nourrissons.

    • Entérites/Toxi-infections : formes sévères traitées (nourrisson, vieillard). Sinon, traitement symptomatique.

  • Préventif :

    • Vaccination : TAB (bactéries entières, mal toléré), TYPHIM Vi, TYPHERIX (polyosides capsulaires de *S. Typhi*, protection 60-72%).

    • Hygiène collective : Contrôle eau potable, assainissement, qualité alimentaire.

    • Hygiène individuelle : Détection porteurs sains (cuisiniers).

8.8.4 Genres *Citrobacter*, *Levinea*, *Klebsiella*, *Enterobacter*, *Hafnia*, *Serratia* (KEHS)

8.8.4.1 *Citrobacter* et *Levinea*

• Caractéristiques : Utilisent citron comme seule source de carbone.

• Classification : *Citrobacter freundii* (espèce type), *C. koseri* (*Levinea malonalytica*, *C. diversus*).

• Habitat :

  • *Citrobacter* : commensaux tube digestif (homme, animaux). Isolées urines, sécrétions respiratoires, sang (rarement pathogènes, sauf immunodéprimés).

  • *Levinea* : bactéries environnementales, pathogènes opportunistes. Infections urinaires/pulmonaires. Méningo-encéphalites néonatales.

• Traitement :

  • Résistance naturelle aux aminopénicillines et C1G, souvent étendue à d'autres β-lactamines.

  • Carbapénèmes généralement actifs. Aminosides et fluoroquinolones souvent efficaces.

  • *Levinea* : résistent à l'ampicilline et carboxypénicillines.

8.8.4.2 KEHS (pour *Klebsiella*, *Enterobacter*, *Hafnia*, *Serratia*)

• Caractéristiques communes : Fréquemment responsables d'infections hospitalières. Réaction de Voges-Proskauer (VP+) (produisent acétyl-méthyl-carbinol).

8.8.4.3 *Klebsiella*

• Caractéristiques : Entérobactéries immobiles, capsulées. Fortes colonies muqueuses, luisantes sur milieux solides. Antigènes K capsulaires (marqueurs épidémio).

• Espèces : *K. pneumoniae* (pneumobacille de Friedlander, espèce type), *K. oxytoca*.

• Habitat : Très répandu (eaux, sols). Commensales du tube digestif (animal, homme), oropharynx.

• Pouvoir Pathogène :

  • Infections respiratoires (*K. pneumoniae*).

  • Infections urinaires.

  • Bactériémies.

  • Infections neuro-méningées (post-traum/chir).

  • Plus fréquentes en milieu hospitalier (réanimation).

• Traitement : Antibiothérapie adaptée par antibiogramme.

  • Résistance naturelle aux amino- et carboxypénicillines (pénicillinase constitutive).

  • β-lactamases à spectre étendu (BLSE) rendent résistantes à toutes les β-lactamines (sauf céphamycines, carbapénèmes).

8.8.4.4 *Enterobacter*

• Espèces : *E. cloacae* (espèce type), *E. aerogenes*.

• Habitat : Environnement, commensaux du tube digestif.

• Pouvoir Pathogène : Pathogènes opportunistes, surtout hospitaliers.

  • Infections urinaires, bactériémies, méningites, suppurations diverses.

• Traitement :

  • *E. cloacae* : Résistance naturelle aux pénicillines A et C1G. Souvent poly-résistance (production de céphalosporinase déréprimée).

  • Autres espèces : Plus sensibles, sauf si acquisition de résistances plasmidiques (BLSE par *E. aerogenes*).

8.8.4.5 *Hafnia*

• Caractéristiques : Seule bactérie digestive humaine/animale. Ressemble à *Salmonella* (caractères biochimiques voisins), distinction par bactériophages spécifiques.

8.8.4.6 *Serratia*

• Caractéristiques : Entérobactéries VP+. Très protéolytiques, liquéfient la gélatine, produisent une lipase.

• Espèces : *Serratia marcescens* (espèce type, seule fréquemment isolée chez l'homme). D'autres espèces environnementales.

• Identification : Biovars et sérovars utiles pour épidémiologie. Certains produisent pigment rouge.

• Pouvoir Pathogène : Longtemps considérée saprophyte, maintenant pathogène opportuniste. Causes d'infections nosocomiales (urinaires, pulmonaires, cutanées, bactériémiques).

• Traitement :

  • Résistance naturelle aux AB polypeptidiques.

  • Souvent multirésistantes, expliquant isolément fréquent à l'hôpital.

8.8.5 Genre *Yersinia*

• Découverte : Yersin (1894), identification bacille peste. Nom officialisé par Van Loghem (1944), puis 1974.

• Espèces : *Y. pestis*, *Y. enterocolitica*, *Y. pseudotuberculosis*.

• Caractéristiques Générales : Bacillaires/coccobacillaires (Gram -).

• Mobilité : Immobiles à 37°C, mobiles (< 30°C) grâce à flagelles péritriches (sauf *Y. pestis*).

• Métabolisme : Aéro-anaérobies facultatives. Croissance lente.

• Biochimie : Oxydase (-), Catalase (+). Fermentent glucose sans gaz. Réduisent nitrates. ONPG (+). Uréase (+) (sauf *Y. pestis*).

• Antigènes : Possèdent l'antigène commun des entérobactéries (Ag de Kunin).

• Tropisme : Tissus lymphoïdes.

• Habitat : Divers espèces animales (rongeurs). Ni capsulés, ni sporulés.

8.8.5.1 *Yersinia pestis*

• Agent de : La peste (maladie des rongeurs, transmissible à l'homme).

• Caractéristiques : Bacille court, immobile. Température de croissance optimale : 28°C.

• Habitat : Rat (habitat naturel).

• Transmission :

  • Puce du rat (à l'homme, bubonique).

  • Interhumaine par voie aérienne (épidémies, pulmonaire).

  • Persistance et multiplication dans le sol.

• Pathologies Humaines :

  • Peste bubonique (ganglionnaire) :

    • Succède à piqûre d'ectoparasite infecté.

    • Incubation 2-5 jours. Adénopathie inflammatoire, syndrome toxi-infectieux grave.

    • Atteinte ganglions circulation sanguine. Mortalité 65-70% sans traitement.

  • Peste pulmonaire :

    • Inhalation du bacille. Incubation courte (qq heures).

    • Début brutal. Mortalité ~100% sans traitement.

  • Peste septicémique.

• Diagnostic : Recherche de bactérie dans :

  • Ponctions ganglionnaires, hémoculture, crachats.

  • Laboratoire doit être prévenu.

• Traitement : Urgence.

  • Streptomycine (de choix), ou autre aminoside. Tétracyclines.

  • β-lactamines déconseillées.

  • Chloramphénicol, sulfamides actifs.

  • Pas de souche résistante à streptomycine signalée.

  • AB a bouleversé le pronostic.

• Prévention :

  • Maladie à déclaration obligatoire. Isolement des malades.

  • Vaccination des personnes exposées. Éradication des rats.

8.8.5.2 *Yersinia enterocolitica*

• Habitat : Intestin de nombreuses espèces animales (porc).

• Types :

  • Souches "adaptées" : Uniquement chez organismes malades ou porteurs sains (homme, micromammifères). Certains biotypes spécifiques.

  • Souches "non adaptées" : Largement répandues dans environnement (eaux, sol, légumes, micromammifères, oiseaux).

• Transmission : Ingestion d'aliments contaminés (origine animale).

• Manifestations Cliniques :

  • Infection digestive :

    • Diarrhée fébrile (2 semaines sans TTT), surtout chez l'enfant.

    • Aspect de syndrome pseudo-appendiculaire.

    • Peut être suivie d'arthrites réactionnelles ou érythème noueux.

  • Septicémies (rares) : Terrains spécifiques (immunodéprimés, surcharge en fer, transfusion de sang contaminé).

• Diagnostic : Isolement bactérie (selles, sang). Sérologie peu fiable.

• Traitement : Céphalosporines de 3ème génération et fluoroquinolones généralement actives.

  • Production de β-lactamases qui inactivent pénicillines et C1G (résistance).

8.8.5.3 *Yersinia pseudotuberculosis*

• Habitat : Homme, animaux malades (ganglions, fèces, sang), porteurs sains (homme, rongeurs). Milieu extérieur (sol).

• Transmission : Contact direct avec individu ou animaux infectés.

• Pathologies Humaines :

  • Septicémies graves (formes généralisées).

  • Formes localisées : oculaires, pulmonaires (portes d'entrée spécifiques).

  • Adénite mésentérique : Avec symptomatologie appendiculaire (forme la plus répandue). Peut être suivie d'érythème noueux.

  • Contamination par voie digestive. Incubation silencieuse (~2 semaines).

  • Les germes traversent paroi intestinale (iléon), provoquent chancre d'inoculation envahissement ganglions mésentériques.

• Pathologie Vétérinaire : Rôle important.

• Traitement :

  • Sensible aux AB actifs sur bacilles à Gram (-).

  • Formes bénignes (érythème noueux secondaire). Antibiothérapie indispensable dans formes septicémiques.

  • AB de choix : Streptomycine.

  • Autres actifs : tétracyclines, néomycine, gentamicine, kanamycine, colistine.

  • β-lactamines : peu d'effet.

8.8.6 Genre *Helicobacter* (*Helicobacter pylori*)

• Caractéristiques : Bacilles à Gram (-), incurvés (C, V, S), mobiles (4-6 flagelles polaires).

• Métabolisme : Micro-aérophiles, croissance difficile. Oxydase (+).

• Autres espèces : *H. mustelae*, *H. cinaedi*, *H. fenneliae*, *H. heilmanii*.

• Habitat : *Helicobacter pylori* est spécifiquement humain (seul réservoir connu). Estomac et duodénum.

• Transmission : Contact direct entre individus, souvent pendant l'enfance. Voie orale-orale (salive) ou fécal-orale.

• Facteurs favorisants : Mauvaise hygiène, bas niveau socio-économique, mauvaise qualité eau potable.

• Pathologies :

  • Facteur causal des ulcères duodénaux et gastriques.

  • Rôle indirect dans adénocarcinome et lymphome gastrique.

  • Coresponsabilité dans dyspepsies non ulcéreuses et reflux gastro-œsophagien.

• Diagnostic :

  • Méthodes Invasives (biopsie muqueuse gastrique via endoscopie) :

    • Analyse anatomo-pathologique (colorations spéciales).

    • Recherche uréase par test rapide.

    • Isolement par culture et identification biochimique (méthode de choix).

    • Amplification génique (PCR).

  • Méthodes Non Invasives :

    • Test respiratoire à l'uréase.

    • Sérologie.

• Traitement :

  • Inhibiteur de la pompe à protons + association d'antibiotiques.

  • Clarithromycine (macrolide) + métronidazole ou amoxicilline.

  • Résistances acquises possibles.

8.9 *Listeria monocytogenes*

• Découverte : Murray (1926).

• Caractéristiques : Petits bacilles à Gram (+), aéro-anaérobies facultatifs.

• Morphologie : Courtes, bouts arrondis, parfois incurvés. Isolés ou en courtes chaînes (palissade, lettres).

• Mobilité : Mobiles à 20°C.

• Culture : Facile sur milieux usuels. Se multiplie lentement à +4°C (psychrophile).

• Biochimie : Catalase (+), Oxydase (-). Fermente glucose (acide lactique).

• Habitat : Saprophyte, ubiquitaire. Sols humides, eaux, végétaux, lait/dérivés, charcuteries, poissons fumés.

• Transmission :

  • Homme : Aliments contaminés.

  • Transmission materno-fœtale possible.

• Pathologie (Listériose) : Peu fréquente mais grave. Formes sporadiques > épidémiques.

  • Listériose fœto-maternelle :

    • Femme enceinte : État fébrile pseudo-grippal. Avortement (début grossesse), accouchement prématuré (plus tardif).

    • Enfant : Septicémie généralisée (avec/sans méningite). Infections pulmonaires/conjonctivales rares. Infection tardive : méningite comparable adulte (pronostic moins sombre).

  • Listériose de l'adulte :

    • (Âgé, immunodéprimé, hémopathies malignes, cancers, immunosuppresseurs, diabétiques, cirrhotiques).

    • Formes neuro-méningées : méningo-encéphalite, encéphalopathies.

• Diagnostic :

  • Nouveau-né : liquide gastrique, sang, LCR, prélèvements périphériques.

  • Mère : placenta, liquide amniotique.

  • Adulte : LCR, sang, matières fécales (isolement indique portage).

  • Recherche anticorps anti-listériolysines (surtout chez mère si cultures négatives).

• Traitement : Curatif ou préventif.

  • Curatif : Sensible aux AB actifs sur Gram (+).

    • AB principaux : β-lactamines (aminopénicillines, ex: ampicilline) + aminosides.

    • Résistance naturelle aux céphalosporines de 3ème génération (mauvaise activité).

    • Sensible cotrimoxazole, rifampicine (même si résistances ont été décrites).

  • Préventif : Surveillance bactériologique aliments, enquêtes épidémiologiques.

8.10 Genre *Bacillus* (*Bacillus anthracis*)

• Caractéristiques : Bâtonnets à Gram (+), généralement mobiles, sporogènes. Gros bacilles.

• Habitat : Milieu naturel : le sol.

• Espèces : Une vingtaine. *Bacillus anthracis* (le plus important médicalement).

8.10.1 *Bacillus anthracis*

• Agent de : Le charbon (bactéridie charbonneuse).

• Caractéristiques : Gros bacille trapu, bouts carrés. Facile à isoler sur milieu ordinaire.

• Pathogénie : Très pathogène (homme, animal).

• Contexte : Peste presque disparue, mais potentiel de bio-terrorisme (USA 2002). Spores : arme biologique potentielle.

• Transmission :

  • Contact avec animaux malades (herbivores) ou sous-produits (spores).

  • Porte d'entrée cutanée (pustule maligne) septicémie.

  • Forme pulmonaire : inhalation de spores. Évolution rapidement fatale sans traitement.

• Facteurs de Virulence :

  • Capsule : Polymère d'acide D-glutamique, inhibe la phagocytose.

  • Toxine complexe : Protéique (3 protéines), codée par un plasmide.

• Diagnostic : Isolement au niveau lésion ou hémoculture.

• Traitement : Antibiothérapie (Pénicilline sensible).

8.10.2 *Erysipelothrix rhusiopathiae*

• Caractéristiques : Bacille à Gram (+).

• Habitat : Très répandu dans règne animal (commensal ou pathogène). Agent du rouget du porc.

• Transmission : Manipulation de viandes/poissons (activités pro). Infections humaines rares.

• Pathologie Humaine :

  • Voie cutanée : érysipéloïde (lésion).

  • Rares cas : septicémie, endocardite.

• Diagnostic : Isolement sur milieu enrichi (gélose au sérum/ascite).

• Traitement : Antibiothérapie (Pénicillines, Macrolides sensibles).

8.11 Spirochètes (Genre *Treponema*)

• Caractéristiques générales : Bactéries souples, hélicoïdales (spirale), mobiles.

• Mobilité : Appareil locomoteur interne : fibrilles axiales (flagelles périplasmiques) entre l'enveloppe et le cylindre protoplasmique.

• Genres Pathogènes (3 principaux) : *Treponema*, *Borrelia*, *Leptospira*. *Spirillum* (moindre importance).

8.11.1 *Treponema pallidum*

• Espèces / Sous-espèces :

  • *T. pallidum subsp. pallidum* : agent de la syphilis vénérienne.

  • *T. pallidum subsp. endemicum* : agent de la syphilis endémique non vénérienne (bejel).

  • *T. pallidum subsp. pertenue* : agent du pian.

  • *T. pallidum subsp. carateum* : agent du caraté (pinta).

8.11.1.1 *Treponema pallidum subsp. pallidum* (Tréponème Pâle)

• Agent de : La syphilis.

• Caractéristiques : Spécifiquement humaine.

• Transmission : Presque toujours vénérienne. Possible transplacentaire, exceptionnellement transfusion sanguine.

• Co-infection : Souvent associée à autres IST.

• Évolution Clinique : Incubation silencieuse (~3 semaines). 3 stades classiques.

  • Syphilis primaire :

    • Chancre (ulcération incolore, indurée) au point d'inoculation (2-3 semaines post-contact).

    • Localisation : organes génitaux (pénis, grandes lèvres, col utérin), extra-génitales (anorectale, labiale, buccale).

    • Accompagnée d'adénopathie satellite. Guérison spontanée (1-2 mois) sans traitement.

  • Syphilis secondaire :

    • ~2 mois après contact.

    • Lésions cutanées et muqueuses (éruption diffuse : paumes, plantes, plaques muqueuses).

    • Localisations viscérales (méninges). Syndrome infectieux, polyadénopathies.

    • Disparition spontanée (1-2 ans).

  • Syphilis latente : Asymptomatique et non contagieuse (après disparition signes secondaires). Diagnostic sérologique seul possible. Peut durer des années.

  • Syphilis tertiaire :

    • Après des années.

    • Lésions graves : cardio-vasculaires (aortite, anévrysme), cutanées (gommes), neurologiques (abcès, paralysie générale).

• Syphilis Congénitale : Transmission materno-fœtale si mère syphilitique évolutive. Atteinte septicémique du fœtus mort fœtale ou manifestations de syphilis congénitale.

• Syphilis Endémique : En Afrique, Antilles. Contact dans enfance. Pas de complications viscérales tardives.

• Antigènes (Structure Complexe) : 4 groupes.

  • Cardiolipine : Phosphatidyl glycérol de la membr. plasmique. Commun à tous tréponèmes. Associé à protéines tréponémiques, devient antigénique. Anticorps = réagines.

  • Antigène du groupe tréponémique : Commun à tous tréponèmes. Utilisé dans réactions de floculation du complément.

  • Antigène spécifique de *T. pallidum* : Induit anticorps réagissant en immunofluorescence.

  • Antigènes du test de Nelson : Antocorps très spécifiques de *T. pallidum*.

• Diagnostic Biologique :

  • Recherche directe (lésions primaires/secondaires, congénitale) :

    • Microscope à fond noir.

    • Coloration Fontana-Tribondeau.

    • Immunofluorescence directe.

  • Sérologie (systématique) : Complète recherche directe.

    • Ancienne : BW (Bordet-Wassermann), maintenant abandonnée (manque de sensibilité).

    • Groupe 1 (Antigène cardiolipidique) : KLINE, VDRL, RPR.

    • Groupe 2 (Antigène tréponémique) : TPHA, FTA, ELISA.

• Traitement :

  • Pénicilline (Pénicilline G, Benzathine pénicilline G, Procaïne pénicilline G).

• Prévention : Pas de vaccin.

  • Dépistage précoce, traitement (y compris partenaires).

  • Dépistage sérologique prénuptial et pendant grossesse.

8.12 Genre *Clostridium*

• Caractéristiques : Bacilles à Gram (+), sporulés, anaérobies stricts.

• Identification : Utilisation des propriétés des spores : résistance à 70°C/10min, éthanol 95%/45°C.

• Distinction : Permet de les différencier des bacilles à Gram (+) anaérobies stricts non sporulés (*Eubacterium*, *Propionibacterium*).

• Classification schématique (4 groupes) : (Basée sur propriétés protéiques et fermentation glucides)

  • Groupe A : *C. botulinum* (A, B, F), *C. sporogenes*, *C. sordellii*. Protéolytiques et glucidolytiques.

  • Groupe B : *C. histolyticum*. Protéolytique, non glucidolytique.

  • Groupe C : *C. perfringens*, *C. botulinum* (C, D, E, G). Glucidolytiques, faiblement protéolytiques.

  • Groupe D : *C. tetani*. Non glucidolytique ni protéolytique.

• Habitat : Telluriques (sol). Isolées dans intestin et selles (homme, animaux). Indicateurs de contamination (eaux, aliments).

• Morphologie : Bacilles Gram (+), contiennent acide mésodiamino pimélique. Mobiles (ciliature péritriche) ou immobiles. Endospores ovales/sphériques (peuvent déformer bactérie).

• Métabolisme : Anaérobies stricts (certaines poussent avec peu d'O₂ sans sporuler). Catalase (-). Produisent acides organiques, alcools.

• Pouvoir Pathogène : Lié à toxines extrêmement nocives et/ou activités enzymatiques. Toxinogènes.

• Maladies : Intoxications alimentaires, gangrène gazeuse, entérite nécrosante, tétanos, botulisme, colite pseudo-membraneuse.

• Traitement : Sérum antitoxique essentiel (neutralise toxine). Antibiothérapie si germes au point d'inoculation.

8.12.1 *Clostridium botulinum*

• Agent de : Le botulisme (neuro-intoxication). Bacille du botulisme (spore subterminale).

• Toxine : Résistante au suc gastrique (nocive par voie digestive), mais sensible à la chaleur (cuisson évite intoxication).

• Conditions de contamination : Ingestion d'une quantité suffisante de toxine produite si spore survit dans l'aliment et produit la toxine sous forme végétative.

• Source de contamination : Viande (abattage en digestion, souillure par contenu intestinal).

• Facteurs favorisant production de toxine :

  • Mauvaise conservation, stérilisation insuffisante (< 100°C).

  • Salure insuffisante, température ambiante, (aliments hydratés).

  • Anaérobiose dans aliments, présence de glucides, pH > 4.5.

• Formes de botulisme : Intoxication et toxi-infection.

• Action de la toxine : Système nerveux périphérique (diffère toxine tétanique CNS).

  • Diminution activité nerf vague, nerfs de contraction vésicale, organes sécrétoires, oculomoteurs, motoneurones.

  • Empêche transmission cholinergique (acétylcholine) en inhibant sa libération (bloque activation par Ca²⁺).

  • 3 étapes : fixation, internalisation, inhibition de libération neurotransmetteurs.

• Sensibilité humaine : Types A, B, E (plus sensibles). C, D faiblement. F, G rares.

• Traitement :

  • Symptomatique : Hospitalisation en réanimation (prévenir arrêt respiratoire, intubation, respiration assistée), prévention infections (désinfection).

  • Spécifiques : Sérothérapie spécifique (polyvalente puis monovalente) neutralise toxine circulante (ne mobilise pas la toxine fixée). Chlorhydrate de guanidine réduit manifestations neurologiques.

8.12.2 *Clostridium tetani* (Bacille du Tétanos)

• Agent de : Le tétanos (toxine-infection redoutable).

• Caractéristiques : Bacille à Gram (+) sporulé, anaérobie strict. Libère neurotoxine.

• Classification : Non protéolytique, non glucidolytique.

• Habitat : Sol (spore persiste indéfiniment). Rare en zones non habitées. Intestin et déjections (homme, chevaux, bovidés).

• Pathogénie :

  • Spores introduites par blessure, plaie, piqûre.

  • Transformation en bacilles dans zone lésée (favorisé par hémorragie, hématome, autres bactéries).

  • Produit 2 exoprotéines : hémolysine (tétanolysine) et neurotoxine (tétanospasmine).

• Manifestations Cliniques :

  • Incubation variable (3-30 jours, souvent 3-15 jours). Souvent silencieuse.

  • Symptôme inaugural : Trismus (contracture masséters).

  • Généralisation des contractures : faciès sardonique, muscles vertébraux, nuque, tronc.

  • Ventre "de bois", membres (sup en flexion, inf en extension). Rachis en opisthotonos.

  • Maladie non fébrile.

  • Formes spéciales : tétanos céphalique, localisé, post-abortum, ombilical (néonatal), post-infection.

• Prévention :

  • Vaccination (la meilleure). Absence de vaccination ou rappels anciens.

  • Sérothérapie préventive (associée à vaccination).

• Traitement : Centres spécialisés, réanimation.

  • Spécifique :

    • Traitement porte d'entrée.

    • Antibiothérapie (Pénicilline G, 4 MUI/j adulte, 5-7j).

    • Sérothérapie curative (immunoglobulines IM : 500U).

    • Vaccination (le tétanos n'est pas immunisant).

  • Symptomatique :

    • Isolement sensoriel, sédatifs (barbituriques, benzodiazépines).

    • Réanimation respiratoire, hydro-électrolytique, nutritionnelle. Traitement anticoagulant.

8.13 Mycobactéries

• Famille : Mycobacteriaceae, genre unique *Mycobacterium*.

• Terminologie : "*Bâtonnet-champignon*", peut former extensions filamenteuses (rares).

• Caractéristiques Communes :

  • Bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) : Ne se décolorent ni par acides, ni par alcool après coloration (Ziehl-Neelsen, fluorochrome).

  • Aérobies, croissance plus ou moins lente.

  • Propriétés tinctoriales dues aux acides mycoliques dans paroi.

  • Culture sur milieux spécifiques (ex: milieu de Löwenstein-Jensen).

• Espèces Pathogènes :

  • *Mycobacterium tuberculosis* : tuberculose.

  • *M. leprae* : lèpre.

  • Nombreuses espèces opportunistes : mycobactéries atypiques.

8.13.1 *Mycobacterium tuberculosis* (Bacilles de la Tuberculose)

• Espèces humaines : *M. tuberculosis* (la plus fréquente), *M. bovis*, *M. africanum*.

• Découverte : Koch (1882).

• Croissance : Lente (3-4 semaines sur solide). Temps de génération ~20 heures.

• Habitat : Infecte essentiellement l'homme. Tropisme pulmonaire.

• Transmission : Essentiellement par voie aérienne.

  • Homme : réservoir naturel et agent de transmission.

  • Malades avec caverne pulmonaire : principaux disséminateurs par gouttelettes (Pfügge).

  • Favorisée par promiscuité. Facteurs de risque : sidéens, toxicomanes, sans-abris.

  • 1/3 population infectée, 3-5% développent tuberculose pulmonaire. 10 millions décès/an.

• Pathologie :

  • Primo-infection tuberculeuse (tuberculose primaire) :

    • Inhalation foyer infectieux pulmonaire (chancre d'inoculation).

    • Peut s'accompagner d'adénopathie (ganglions trachéo-bronchiques).

    • 90% des cas résolution. Distinction infection vs maladie.

  • Tuberculose pulmonaire : (voir ci-dessus)

  • Tuberculose extra-pulmonaire :

    • Par dissémination hématogène (aiguë ou chronique).

    • Atteint séreuses (pleurésie, péricardite, péritonite, méningite), appareil génito-urinaire, ganglions lymphatiques, ostéo-articulaire.

    • Plus fréquente chez personnes VIH+.

• Diagnostic Biologique :

  • Examen direct et culture : Conditions d'hygiène rigoureuses.

    • Prélèvements pulmonaires : crachats (matinaux, 5-10 ml), tubage gastrique. Répéter pour augmenter chances. Aspiration bronchique.

    • Prélèvements extra-pulmonaires : selon localisation (urines, sang, tissus, liquides pleuraux/péritonéaux, pus, liquides articulaires).

    • Cultures : milieux solides ou liquides.

  • Intradermoréaction à la tuberculine (IDR) :

    • Administration intradermique de tuberculine (protéines de *M. tuberculosis*).

    • Réponse positive : infection par mycobactérie, réponse immune T-dépendante. Ne détermine pas moment d'infection.

• Traitement (Antibiothérapie) :

  • Bactéries résistantes à plupart des AB usuels.

  • Association de 3-4 médic. en début de traitement (prévient émergence résistance).

  • Schéma thérapeutique classique :

    • 2 premiers mois : Rifampicine, Isoniazide, Pyrazinamide, Éthambutol.

    • 4 derniers mois : Rifampicine, Isoniazide.

  • Meningite, localisations osseuses, immunodéficience (VIH) : traitement prolongé.

• Prévention :

  • Vaccination BCG (Bacille de Calmette et Guérin) :

    • Souche atténuée de *M. bovis*. Obligatoire dans certains pays.

    • Protection ~80% formes graves (méningite), 50% formes communes.

  • Éviter les conditions de promiscuité.

8.13.2 *Mycobacterium leprae* (Bacille de Hansen)

• Agent de : La lèpre.

• Caractéristiques : Pathogène strict de l'homme. Non cultivable *in vitro* (réplicable chez l'armadillo).

• Prévalence : Surtout Afrique et Asie. Forte régression.

• Pathologie : Lésions de la peau et des nerfs périphériques.

• Sites de multiplication : Macrophages de la peau, cellules de Schwann.

• Aspects cliniques : Variables selon réponse immune.

  • Forme lépromateuse (évolutive) : Nombreux BAAR dans lésions cutanées. Réponse lépromine négative.

  • Forme tuberculoïde : Bacilles rares. Réponse lépromine positive.

• Diagnostic : Injection intradermique de lépromine (préparation bactéries tuées).

• Traitement : Antibiothérapie (sulfones (dapsone), rifampicine, clofazimine).

8.14 Genre *Vibrio* (*Vibrio cholerae*)

• Caractéristiques générales : Bacilles à Gram (-), isolés, droits ou incurvés, courts (1.5-3.0 µm), parfois coccobacillaires.

• Mobilité : Mobiles (flagelles polaires gainés). Généralement monotriches, parfois multitriches.

• Ciliature mixte : Possible en milieux solides (flagelles polaires et latéraux). Accompagné de *swarming*.

• Métabolisme : Chimio-organotrophes, anaérobies facultatives. Métabolisme respiratoire et fermentatif.

• Biochimie : Ne fixent pas l'azote, non dénitrifiants. Pas d'exigences nutritives particulières.

• Culture : Croissance abondante sur milieux peptonés simples. Température 18-38°C, pH optimal 6-9.

• Halophile/Halotolérante : Certaines espèces.

• Espèce pathogène principale : *Vibrio cholerae*.

8.14.1 *Vibrio cholerae*

• Agent de : Le choléra. Espèce type du genre *Vibrio*.

• Culture : Facile sur milieu usuel. Grande variété d'antigènes O.

• Réservoir : Homme (malade ou porteur sain), eaux contaminées (rivières, étangs, estuaires, zooplancton), aliments frais (lait, poisson).

• Transmission :

  • Ingestion d'eau ou d'aliments contaminés (eau d'arrosage/lavage, coquillages, zooplancton infecté).

  • Mains de porteur de la bactérie ("maladie des mains sales").

  • Favorisée par promiscuité, bas niveau socio-économique, mauvaises conditions hygiène/habitat.

  • Zones sèches : interhumaine. Zones humides : mixte (interhumaine et hydrique).

• Pathogénie :

  • Franchit barrière gastrique multiplication dans intestin.

  • Adhère aux entérocytes (iléon) via antigènes d'attachement.

  • Entérotoxine (Cholera toxin, CT) libérée : protéine oligomérique thermolabile (type A-B).

  • CT augmente AMP cyclique dans entérocytes fuite d'eau et électrolytes dans lumière intestinale.

  • Cause perte massive de liquide et électrolytes : jusqu'à 20L/jour, selles isotoniques ("eau de riz").

• Variabilité antigénique : Souches *V. cholerae* O:1 et non O:1.

• Manifestations Cliniques :

  • Maladie strictement humaine. Incubation : quelques heures à 5 jours.

  • Formes graves (O:1) :

    • Début brutal : douleurs épigastriques/abdom., malaise, diarrhée importante, risque déshydratation aiguë.

    • Selles "eau de riz", sans odeur. Vomissements, pas de fièvre.

  • Formes bénignes : Diarrhées simples (1-20/j), douleurs abdo, sans vomissement. Déshydratation modérée/nulle.

  • Formes atypiques : Chez l'enfant (pseudo-méningées). Adulte âgé/débilité : "choléra sec" (mort avant diarrhée). Formes typhoïdiques possibles.

  • Mortalité : 1-5% avec traitement, >50% sans.

  • Infections à *V. cholerae* non O:1 : Gastroentérites, diarrhées simples/cholériformes. Manifestations extra-digestives (immunodéprimés). Infections plaies/oreilles (contact eau de mer).

• Diagnostic : Culture à partir des selles.

• Traitement :

  • Préventif : Mesures d'hygiène, vaccins anticholériques, chimioprophylaxie.

  • Curatif :

    • Réhydratation massive (parentérale ou orale).

    • Antibiothérapie orale : Tétracyclines (de choix), cotrimoxazole, fluoroquinolones.

    • Résistances : support plasmidique. Résistances aux tétracyclines/sulfamides signalées. Souches O:139 résistantes au cotrimoxazole/streptomycine/furazoline (mais pas tétracyclines). Souches El Tor résistantes colistine/polymyxine.

    • Antibiogramme recommandé.

• Autres Vibrions : *V. parahaemolyticus*, *V. alginolyticus*, *V. vulnificus*.

8.15 Genre *Pseudomonas* (*Pseudomonas aeruginosa*)

• Caractéristiques générales : Bacilles à Gram (-), mobiles (ciliature polaire), rarement immobiles, non sporulés.

• Métabolisme : Chimio-organotrophes, aérobies stricts (métabolisme respiratoire). Oxydase (+).

• Respiration nitrate : Certaines espèces utilisent nitrate en anaérobiose (synthèse nitrate réductase).

• Culture : Facile sur milieux usuels. Bâtonnets fins et droits (0.5-1.3 µm). Mobilité vive en aérobiose.

• Dépendance O₂ : Rendement de croissance strictement dépendant de concentration O₂ dissous (agitaiton).

• Famille : Pseudomonadaceae (5 genres : *Pseudomonas*, *Comamonas*, *Xanthomonas*, *Frateuria*, *Zoogloea*). Très répandues dans nature.

8.15.1 *Pseudomonas aeruginosa* (Bacille Pyocyanique)

• Agent de : Infections opportunistes. Espèce type du genre.

• Découverte : Gessard (1882). Nom pyocyanique, du grec "pus" et "bleu foncé", pour ses pigments.

• Habitat : Saprophyte dans eau, sol humide, végétaux. Commensal du tube digestif (homme, animaux).

• Capacité : Extraordinaire survie et multiplication dans variés liquides, supports (surtout humides).

• Pathogène Opportuniste : Impliquée dans les infections nosocomiales.

• Culture : Facile en aérobiose (37°C ou 30°C). Odeur aromatique.

• Transmission :

  • Milieu (direct ou indirect par matériel lavé/rincé à l'eau du réseau).

  • Interhumaine (sujet colonisé).

  • Pression de sélection des AB en milieu hospitalier augmente risque de colonisation.

• Diagnostic :

  • Isolement et identification sur milieux de culture.

  • Contexte clinique aide à distinguer infection vs colonisation.

  • Oxydase (+). Cultive à 37°C et 41°C, pas à 4°C.

  • Aspect des colonies (3 types) :

    • L : larges, contour régulier.

    • Sm : petites, mates, bombées, bord circulaire.

    • M (muqueuses) : bombées, opaques, visqueuses (spécifique infections urinaires chroniques, pulmonaires).

• Pigments : Caractéristique pour identification. Fluorescents ou non.

  • Pyoverdine : Jaune-vert fluorescent, soluble dans eau, insoluble chloroforme. Inhibition par ions Na+, favorisé par milieux pauvres en fer.

  • Pyocyanine : Soluble eau et chloroforme. Spécifique de *P. aeruginosa*. Indicateur de pH : rouge (pH 3), bleu (neutre/alcalin). Diminué par excès P et Na+.

• Facteurs de Virulence : Protéines et substances toxiques pour homme/animal/plantes.

  • Enzymes : protéases, phospholipases.

  • Toxines protéiques.

  • Virulence multifactorielle.

• Pouvoir Pathogène : Peu virulente normalement, mais redoutable si défenses immunitaires faibles/altérées.

  • Infections pulmonaires (primaires/secondaires à septicémie, pneumopathies).

  • Ostéoarticulaires (10% ostéites, 20% arthrites septiques).

  • Oculaires (ulcérations cornéennes, fontes purulentes de l'œil).

  • ORL (otites externes, oreille des plongeurs, otites post-op).

  • Méningites (post-neurochirurgicales).

  • Cutanées (onyxis - ongle vert, infections interdigitales, intertrigo, ecthyma gangrenosum).

  • Bactériémies (14% nosocomiales, 25% Gram (-)), septicémies (mortalité >50%).

  • Endocardites (1% des cas, tricuspides chez toxicomanes).

  • Entérites (épidémies pouponnières, post-AB large spectre, typhlite/colite nécrosante, entérite hydrique).

• Traitement : Antibiothérapie adaptée.

  • Résistance naturelle à de nombreuses β-lactamines.

  • Souches sauvages sensibles aux uréido-pénicillines, certaines céphalosporines de 3ème génération (cefsulodine, ceftazidime, céfépime), imipénème.

  • Sensible aux aminosides et fluoroquinolones.

  • Acquisition de résistances croissante.

• Prévention : Mesures d'hygiène (lutte contre infections hospitalières).

8.15.2 Autres germes de l'environnement (infections nosocomiales)

• *Xanthomonas (Stenotrophomonas) maltophilia*, *Burkholderia cepacia*, *Acinetobacter baumannii*, *Chryseobacterium*, *Aeromonas*, *Alcaligenes*, *Sphingomonas*.

8.16 Genre *Mycoplasma*

• Caractéristiques : Plus petites formes de vie autonome connues.

• Particularité : Dépourvues de paroi (non colorables par Gram). Eubactéries (Achea), Mollicutes.

• Structure : Limitées par seule membrane cytoplasmique.

• Culture : Milieux spécifiques, croissance lente.

• Espèces Pathogènes Humaines (3) : *Mycoplasma pneumoniae*, *Mycoplasma hominis*, *Mycoplasma genitalium*.

8.16.1 *Mycoplasma pneumoniae*

• Habitat : Muqueuses des voies respiratoires.

• Transmission : Interhumaine, voie aérienne.

• Pathologie : Pneumonie atypique, à agglutinines froides.

  • Incubation longue (12-35 jours).

  • Le plus souvent : pharyngite ou bronchite.

  • Fréquente en saisons froides, enfants >5 ans, adolescents, jeunes adultes.

  • Pneumopathies graves chez personnes âgées ou immunodéprimées.

  • Accompagnée parfois de :

    • Manifestations cutanées éruptives (érythème polymorphe, Steven-Johnson).

    • Manifestations ORL, sanguines (anémie hémolytique), cardiaques, articulaires, pancréatiques.

    • Manifestations neurologiques/méningées (Guillain-Barré, méningite aseptique). Septicémies rares.

• Diagnostic :

  • Mise en évidence de la bactérie : Sécrétions pharyngées de préférence. Éviter expectorations (contamination). Brossages endo-bronchiques, lavages alvéolaires.

  • Amplification génique (PCR).

  • Culture difficile, peu pratiquée.

  • Sérologie : Recherche d'agglutinines froides (non spécifique). Mesure des anticorps anti-*M. pneumoniae* (augmentation indique infection récente).

• Traitement : Antibiothérapie.

  • Éviter β-lactamines (résistance naturelle due à l'absence de paroi).

  • Sensible aux tétracyclines, fluoroquinolones, macrolides.

8.16.2 Mycoplasmes génitaux (*M. hominis*, *M. genitalium*, *Ureaplasma urealyticum*)

• Caractéristiques : Commensaux des voies génitales, rôle pathogène difficile à attribuer.

• Pathologies :

  • Hommes : Urétrites non gonococciques (dûes à *M. genitalium*, *U. urealyticum*).

  • Femmes : *M. hominis*, *U. urealyticum* (surtout activité sexuelle).

    • Vaginites non spécifiques.

    • Salpingites (stérilité).

    • Fièvres du post-partum (endométrite), bactériémies.

    • Pyélonéphrites.

• Diagnostic Biologique : Culture, sérologie, amplification génique.

  • Prélèvement pour culture : mettre aussitôt dans milieu de transport.

  • Interprétation : tenir compte du caractère commensal.

8.17 Genre *Rickettsia* (*Rickettsia prowazekii*)

• Caractéristiques : Bacilles à Gram (-), intracellulaires obligatoires. Petite taille (comparable gros virus).

• Classification : 2 groupes.

  • Groupe typhus : *Rickettsia* du typhus épidémique et murin.

  • Groupe boutonneux pourpré : Fièvres éruptives. 20 espèces (ex: *R. rickettsii*, *R. prowazekii*, *R. conorii*).

8.17.1 *Rickettsia prowazekii*

• Habitat : Essentiellement humaine.

• Transmission : Interhumaine par les poux de corps. Épidémies en conditions de promiscuité (guerres), mauvaise hygiène.

• Pathologie : Agent du typhus exanthématique.

  • Incubation ~1 semaine.

  • Syndrome infectieux sévère, suivi d'éruption maculo-papuleuse.

  • Régression en 2 semaines (cas favorables). Mortalité élevée sans traitement.

• Diagnostic :

  • Mise en évidence de la bactérie : Culture (laboratoires spécialisés), sang ou lésions cutanées. Ensemencement de cultures cellulaires. PCR.

  • Sérologie : Réaction d'agglutination de Weil-Felix. Immunofluorescence indirecte (préférable).

• Traitement :

  • Curatif : Tétracyclines (première intention). Chloramphénicol, rifampicine actifs.

  • Préventif : Maladie à déclaration obligatoire. Lutte contre les poux.

8.18 Genre *Chlamydia* (*Chlamydia trachomatis*)

• Caractéristiques : Bactéries avec plusieurs particularités. Intracellulaires obligatoires.

• Particularité : Dépourvues de paroi (impossible de se multiplier sur milieux artificiels). Réplication uniquement dans cellules animales (forment inclusions intracellulaires).

• Famille : Chlamydiaceae. 4 espèces : *C. trachomatis*, *C. pneumoniae*, *C. psittaci*, *C. pecorum*. 3 premières importantes chez l'homme.

8.18.1 *Chlamydia trachomatis*

• Biovars : 3 biovars. 2 spécifiquement humains : trachoma, LGV (lymphogranulomatose vénérienne). Sous-divisions en sérovars.

• Habitat : Biovars humaines uniquement chez l'homme.

• Transmission :

  • Trachome (conjonctivite) : mains, mouches.

  • Infections génitales : relations sexuelles.

  • Mère nouveau-né (accouchement).

• Pathologies :

  • Infections oculaires (trachome) :

    • Conjonctivite endémique en zones intertropicales. Lié à malnutrition, sous-dévelop., manque hygiène. Surtout enfants.

    • 500 millions infectés, 1ère cause de cécité.

    • Bénigne, mais infections multiples destruction cornée.

  • Infections génitales :

    • Hommes : Principale étiologie des uréthrites non gonococciques ou post-gonococciques. Incubation 2 semaines. Complications : épididymites. Infection inapparente possible.

    • Femmes : Cervicite souvent discrète. Complications : salpingites, péritonites (PID, périhépatite). Infertilité tubaire, grossesses extra-utérines.

    • Nouveau-né : Conjonctivite ou pneumopathie.

    • Arthrite réactionnelle (rare).

    • Lymphogranulomatose vénérienne : Forme particulière. Lésion initiale génitale/rectale (souvent inaperçue) adénite suppuration fistulisation.

• Diagnostic :

  • Méthode de référence : Culture cellulaire et identification biochimique.

  • Immunologique : détection antigènes.

  • Techniques de détection des anticorps.

• Traitement :

  • Très sensible aux tétracyclines et macrolides.

  • Rifampicine, fluoroquinolones actifs.

  • Traitement du partenaire essentiel en cas d'infection génitale.

8.19 Genre *Haemophilus* (*Haemophilus influenzae*)

• Caractéristiques : Coccobacilles à Gram (-), polymorphes, immobiles, non sporulés.

• Métabolisme : Aéro-anaérobies facultatifs.

• Exigences : Nécessitent facteurs de croissance présents dans le sang (Facteur V, Facteur X).

8.19.1 Facteurs de Croissance et Culture

• Facteur V (NAD ou NADP) : Thermolabile.

• Facteur X (Hémine) : Thermostable.

• Milieux adaptés : Doivent contenir Facteur X et/ou Facteur V.

  • Base : bouillon ou gélose enrichis.

  • Sang frais : ne convient pas (Facteur V intradlobulaire, DNase).

  • Sang chauffé (75°C) ou "sang cuit" : apporte Facteurs X et V (hémine thermostable, DNase détruite, NAD résiste). Gélose au sang cuit = gélose chocolat.

  • Extrait Fildes : digestion peptique de sang de mouton (X et V), milieux transparents.

  • Phénomène de satellitisme : Culture possible sur gélose au sang frais à côté de *Staphylococcus aureus* (fournit V).

  • Extrait de levure : source de Facteur V.

  • Concentrations finales X et V : 0.5 - 25 mg/ml.

  • Milieux sélectifs : antibiotiques (bacitracine, vancomycine).

8.19.2 Espèces et Habitat

• Classification : Basée sur exigences en facteurs de croissance et caractères biochimiques.

• Espèces : *H. parainfluenzae*, *H. influenzae*, *H. haemolyticus*, *H. ducreyi* (agent chancre mou).

• Habitat : Flore des muqueuses (homme, mammifères, oiseaux). Pas dans la nature.

  • Homme : pharynx, bouche, plaque dentaire, intestin (moindre), appareil urogénital.

8.19.3 Pouvoir Pathogène

• *Haemophilus influenzae* : de loin la plus impliquée chez l'homme, surtout l'enfant.

• Autres espèces (parainfluenzae, haemolyticus) : commensales, opportunistes. Infections ORL, septicémies (immunodéprimés), endocardites.

• *Haemophilus aegypticus* (bacille de Weeks) : Conjonctivites.

8.19.4 *Haemophilus influenzae* (Bacille de Pfeiffer)

• Historique : Cru responsable de la grippe ("influenza") avant découverte virus grippal.

• Caractéristiques : Coccobacille polymorphe, Gram (-), immobile, non sporulé. Parfois capsulé. Nécessite Facteurs X et V.

• Biochimie : Catalase (+), Oxydase (+). Fermente glucose, maltose, ribose, xylose (pas lactose/saccharose). 8 biotypes (I à VIII), Biotype I le plus fréquent.

• Antigènes :

  • Souches capsulées : polysaccharide capsulaire (6 sérovars a-f, sérovar b le plus fréquent). Identifiés par réactions immunologiques.

  • Autres structures de surface : Pili (adhésines), oligosaccharides du LPS (core central), protéines de surface. Pas de spécificités O.

• IgA protéases : Produit une enzyme clivant les IgA (paralyse défenses locales des muqueuses).

• Facteurs de Virulence : Polysaccharide capsulaire, pili (adhésines), IgA protéases.

• Pouvoir Pathogène : Bactérie pyogène, infections variées (plus sévères chez enfant/fragiles).

  • Infections invasives (bactériémie) : Souches capsulées (sérovar b, biotype I).

  • Enfant :

    • Méningites : Souvent précédées d'infections respiratoires/ORL. Septicémie. Nourrisson 3-30 mois.

    • Épiglottite : Enfants 2-7 ans. Début brutal, signes septicémie, détresse respiratoire.

    • États septicémiques fébriles (arthrite, otite, ostéite, pneumonie).

  • Infections non invasives (sans bactériémie) : Souches non capsulées.

    • Otites moyennes aiguës, ORL, broncho-pulmonaires, conjonctivites.

  • Nouvel-né : Infection généralisée sévère (contamination accouchement).

  • Adulte : Souches non capsulées.

    • Respiratoires : broncho-pneumonies (post-bronchite chronique), pneumonies (parfois bactériémie).

    • Méningites : rares, sujets âgés.

    • Autres : articulaires, osseuses, ORL, oculaires, génito-urinaires.

    • Infections puerpérales : localisation vaginale cause infection nouveau-né.

• Épidémiologie : Était 1ère cause méningite enfant (3-mois), maintenant rare (vaccin). 2ème cause otites moyennes aiguës.

• Habitat : Hôte exclusif humain. Transmission interhumaine. Enfants contaminés (>2 mois).

  • Portage fréquent. Nourrissons sensibles aux souches capsulées (pas d'anticorps).

  • Adultes : anticorps protègent de généralisation. IgA sécrétoires protègent muqueuses.

  • Colonisation muqueuse pharyngée/respiratoire (favorisée par infection virale) inflammation locale.

  • Si défenses faibles/souche virulente envahissement ganglions propagation bactériémique.

• Diagnostic Bactériologique :

  • Examen direct (morphologie évocatrice).

  • Culture rapide (germes fragiles) sur gélose au sang cuit (gélose chocolat) ou milieux sélectifs. Incubation 36°C. Colonies petites, blanc-grisâtres, luisantes (capsulées).

  • Identification : morphologie, exigences Facteurs X et V (test de satellitisme, disques imprimés X/V/X+V).

  • Biochimie (uréase, ornithine décarboxylase, indole) pour biotypes.

  • Sérotypage (agglutination sur lame avec sérums spécifiques).

  • Diagnostic rapide : détection antigènes solubles (LCR, sérum, urines) par particules de latex + anticorps spécifiques.

• Traitement (Antibiothérapie) :

  • Émergence de souches résistantes à l'ampicilline (bêta-lactamase). Résistances associées aux tétracyclines, chloramphénicol, kanamycine.

  • Sensibilité aux pénicillines A + inhibiteur bêta-lactamases, céphalosporines 2ème/3ème génération, quinolones fluorées, gentamicine.

  • Rares souches résistantes au cotrimoxazole. Lincosamides inactifs, macrolides inefficaces.

  • Antibiogramme et recherche bêta-lactamase systématiques.

• Prévention (Vaccination) :

  • Polysaccharides capsulaires comme vaccin. PRP (polyribosyl-ribitol-phosphate) du sérotype b peu immunogène seul.

  • Vaccins conjugués : PRP associé à protéines (anatoxine diphtérique PRP.D, protéine OM méningocoque PRP.OMP, anatoxine tétanique PRP-T).

  • En France : PRP.T (HIB ou Act-HIB).

  • Recommandé chez nourrissons (3-12 mois) : 3 injections + rappel an 1. Associé à autres vaccins (hexavalent).

  • Réduction significative des méningites à Haemophilus.

8.20 Petits Bacilles à Gram Négatif Fermentaires Exigeants (Groupe HACEK)

• Caractéristiques : Fermentent glucose. Croissance lente, difficile sur milieux enrichis (gélose au sang). Taxonomie mal codifiée.

• Groupes : Voisins des Haemophilus (*Cardiobacterium hominis*, *Eikenella corrodens*, *Actinobacillus actinomycetemcomitans*), des Pasteurella (*Capnocytophaga*), des Neisseria (*Kingella*).

• Habitat : Commensaux des voies respiratoires, bouche, tube digestif. Pas dans la nature.

• Pathologie : Infections diverses, endocardites (post-infections dentaires, porteurs de prothèses valvulaires).

• Groupe HACEK : *Haemophilus aphrophilus*, *Actinobacillus*, *Cardiobacterium*, *Eikenella*, *Kingella*.

• Identification : Morphologie. Caractères bioch./enzymatiques (oxydase, catalase, indole, nitrate-réductase).

• Traitement : Assez sensibles aux AB (Pénicilline-Aminoside). Traitements longs (plusieurs semaines).

8.21 Genre *Bordetella* (*Bordetella pertussis*)

• Espèces :

  • *Bordetella pertussis* (agent coqueluche).

  • *Bordetella parapertussis* (coqueluches atténuées).

  • *Bordetella bronchiseptica* (animaux, syndromes para-coquelucheux chez l'homme).

  • *Bordetella avium* (oiseaux).

  • *Bordetella holmesi*.

• Habitat : *B. pertussis* et *B. parapertussis* sont des hôtes exclusifs de l'homme.

8.21.1 *Bordetella pertussis* (Bacille de Bordet-Gengou)

• Caractéristiques : Coccobacille à Gram (-), isolé, diplobacilles, courtes chaînettes. Fragile.

• Métabolisme : Aérobie strict. Oxydase (+). Métabolisme respiratoire.

• Culture : Exigeante, sur milieux spéciaux (sang frais, milieu de Bordet-Gengou).

  • Colonies "gouttelettes de mercure" (petites, luisantes, bombées).

  • Aspect se modifie avec subcultures (phase I à IV), perte de capsule.

• Facteurs de Virulence (Constituants antigéniques) :

  • Toxine pertussique (PTX) : Thermolabile, protéique, exotoxine. Maj. antigène d'immunité anticoagulucheuse.

    • Effets biologiques : Facteur promoteur de lymphocytose (LPF), Facteur histamino-sensibilisant (HSF), Facteur activant îlots de Langerhans (INF).

  • Hémagglutinine filamenteuse (FHA) : Sur fimbriae, rôle crucial dans adhésion aux cellules ciliées respiratoires.

  • Agglutinogènes protéiques de surface : Classent les souches en sérotypes.

  • Pertactine : Protéine d'adhésion aux cellules hôtes.

  • Adénylate-cyclase-hémolysine : Enzyme perturbant cellules hôtes, altère pouvoir bactéricide PN/macrophages.

  • Toxine dermonécrotique : Protéique, nécrose au point d'injection.

  • Cytotoxine trachéale : Glycoprotéine, inhibe synthèse ADN.

  • Endotoxine lipopolysaccharidique : Faibles effets.

  • Riche équipement antigénique excellent adjuvant d'immunité.

• Pouvoir Pathogène (Coqueluche) :

  • Affection aiguë des voies respiratoires supérieures.

  • Phase catarrhale (toux sèche) période des quintes ("chant du coq"), sans fièvre.

  • Convalescence longue.

  • Adultes : penser à coqueluche devant toux sèche >21 jours.

• Pathogénie :

  • Pénétration par voie aérienne. Fixation par fimbriae (FHA) aux épithéliums ciliés (trachée, bronches).

  • Toxine pertussique, adénylate-cyclase, cytotoxine trachéale paralysent cils.

  • Multiplication en surface (pas d'invasion muqueuse, pas de bactériémie).

  • Libération toxines réaction inflammatoire locale, infiltrat lymphocytaire (LPF), perturbation cellulaire (adénylate-cyclase).

  • Hypersécrétion de mucus, toux (débris tissulaires, bactéries).

  • Densité bactérienne diminue pendant quintes (lyse/élimination), mais toxines entretiennent perturbations.

• Habitat naturel et Transmission :

  • Strictement humain, transmission exclusivement interhumaine.

  • Touches tous âges, mais plus fréquente chez enfants <6 ans (peu immunisés).

  • Guérison = immunité.

• Diagnostic Biologique :

  • Identification basée sur caractères culturaux (tests biochimiques classiques souvent négatifs, sauf oxydase).

  • Recherche sur frottis par immunofluorescence directe (si conjugué spécifique).

  • Recherche adénylate-cyclase dans prélèvements nasopharyngés (fiable, rapide, mais isotopique).

  • PCR : détection séquences ADN.

  • Diagnostic indirect (sérologie) : Tardif.

    • Anticorps agglutinants : facile, peu sensible, utile pour vaccinal.

    • ELISA (suspensions bact. inactivées) : peu spécifique.

    • Western-Blot : spécifique, long, coûteux.

    • Préparations antigéniques purifiées (adénylate cyclase hémolysine, toxine pertussique) pour ELISA/WB sensibles et spécifiques (réactifs non commercialisés).

  • Signes biologiques non spécifiques : hypoglycémie (AF), hyperlymphocytose (LPF).

• Traitement (Antibiothérapie) :

  • Sensible aux macrolides, sulfamides, tétracyclines, aminosides.

  • Résistant aux β-lactamines.

  • AB ont peu d'effets sur durée/intensité des quintes (utilisés si surinfection).

• Prévention (Vaccination) :

  • Premier vaccin : suspension de bacilles tués (à germes entiers).

  • Souvent associé (anatoxines antidiphtérique/antitétanique, vaccin antipoliomyélitique, anti-*H. influenzae* b, anti-hépatite B) = vaccin hexavalent.

  • Administré tôt (coqueluche redoutable nourrisson) : 3 injections (2, 3, 4 mois) + rappel (16-18 mois). Recommandé pour primo-vaccination nourrisson.

  • Inconvénient : mauvaise réputation, accidents rares.

  • Vaccins acellulaires (abactériens) : Toxine ou hémagglutinine filamenteuse. Mieux tolérés, mais moindre immunité. Réservés aux rappels ultérieurs (11-13 ans), ou alternative rappel 16-18 mois.

  • Chimioprophylaxie : Érythromycine ou josamycine pour "sujets contacts".