Pneumocystoses, candidoses et cryptococcoses

Chapitre 1 : Les Pneumocystoses

I. Agent pathogène

A. Généralités

• L'agent: Pneumocystis carinii (P.carinii), un micro-organisme eucaryote unicellulaire.

  • Forme trophozoïte/végétative :

    • Amiboïde, irrégulière.

    • Noyau, grandemitochondrie, filopodes pour l'ancrage.

  • Forme kystique/prékystique :

    • Sphérique, ovoïde.

    • Jusqu'à 8 noyaux (corps intrakystiques) dans 3 enveloppes.

• Nombre d'espèces : Ubiquitaire (mammifères, jamais oiseaux).

  • Non-zoonose : spécificité d'hôte étroite (ex: P.carinii humain n'infecte que l'humain).

  • Transmission aérienne (aéroporté).

• Nomenclature : Nommé selon l'hôte (ex: P. carinii sp.f. hominis pour l'homme, aussi appelé P. jirovecii).

B. Transmission, réservoir et taxonomie

• Transmission :

  • Aérienne (principalement).

  • Suspectée transplacentaire/materno-fœtale (démontrée chez le lapin, puis l'homme).

• Réservoir et forme infectante :

  • Traces d'ADN de Pneumocystis peuvent être trouvées dans l'air (hôpitaux).

  • Forme infectante et réservoir humain inconnus.

  • Contraction fréquente dans la petite enfance (anticorps maternels).

  • Sevrage peut entraîner une pneumocystose (manque d'anticorps).

• Taxonomie : Initialement controversée (Protozoaires ou Champignons).

  Arguments Protozoaires	Arguments Champignons
  Sensibilité à la Pentamidine (antiprotozoaire).	Paroi de chitine et -glucanes (affinité colorants mycètes).
  Résistance à l'Amphotéricine B (pas d'ergostérol).	Crêtes mitochondriales lamellaires.
  Antigène majeur de surface(MSG) variable (non trouvé chez les champignons connus à l'époque).	Nature des acides gras (proche de S.pombe, S.cerevisiae).
  	Séquençage génomique le classe parmi les Ascomycètes (Archiascomycètes).

C. Cycle de vie des Pneumocystis Carinii

• Débute par formes trophozoïtes (haploïdes ou diploïdes).

• Élaboration de 3 couches formes pré-kystiques formes kystiques.

• Méiose et mitose kyste contient 8 noyaux corps intrakystiques.

• Sortie des corps intrakystiques (laisse une "cicatrice" visible) futurs trophozoïtes.

• Impossible de cultiver en continu (paroi non régénérée en laboratoire).

D. Caractères morphologiques

• Trophozoïtes :

  • Uninucléé, 2 à 8 m.

  • Membrane cellulaire amiboïde.

• Prékyste :

  • 3 à5 m, ovoïde.

  • Différents stades (précoce, intermédiaire, tardif) selon le nombre de noyaux et l'épaisseur de la paroi.

• Kyste :

  • 4 à 6 m, ovoïde.

  • 8 corps intrakystiques individualisés.

  • Présence d'une "cicatrice" (relargage des corps intrakystiques).

II. Infections fongiques

A. Contamination

• Voies : Aérienne, interhumaine, transplacentaire (possible).

• Facteurs favorisants :

  • Affaiblissement des défenses immunitaires (nourrissons dénutris, greffés, VIH+).

  • Sévérité liée au degré de susceptibilité de l'hôte.

B. Physiopathologie

• Tropisme pulmonaire (alvéoles).

• Micro-organisme via filopodes s'ancre aux pneumocytes (type I > type II).

• Prolifération et obstruction de la lumière alvéolaire.

• Absence d'échanges gazeux insuffisance respiratoire (suffocation).

• Les corticoïdes altèrent le surfactant et peuvent favoriser l'infection.

C. Aspects cliniques

• Début insidieux ou brutal : fièvre, dyspnée, toux non productive.

• Progression vers l'insuffisance respiratoire aiguë.

• Évolution sans traitement souvent mortelle.

• Radiographie : opacités alvéolo-interstitielles bilatérales ("verre dépoli").

• Diagnostic non suffisant par radiographie seule.

D. Anatomopathologie

• Lumière alvéolaire remplie de parasites (exsudats en "nid d'abeille").

• Colorations :

  • Gomori-Grocott (champignon marron/noir).

  • Hémalun-éosine-safran (difficile de distinguer kystes roses sur cellules roses).

• Lésions extra-pulmonaires :

  • Peuvent survenir chez les patients VIH+ traités à la Pentamidine (échappement via macrophages).

  • Ganglions lymphatiques, rate, moelle osseuse, foie, rein.

III. Diagnostic biologique et traitements

A.Diagnostic de certitude

• Mise en évidence du parasite dans les poumons (alvéoles).

• Prélèvements :

  • Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA) : invasif.

    • Coloration au bleu d'orthotoluidine (kystes bleu-violet).

    • Coloration au Gomori-Grocott (kystes brun/noirâtre).

    • Coloration May Grunwald Giemsa (kystes et trophozoïtes, noyaux violet soutenu).

  • Crachat induit : moins invasif, mais moins de matériel associé à la PCR.

  • PCR : technique de référence pour augmenter la sensibilité.

• Immunomarquage (anticorps monoclonaux) ou immunofluorescence.

• Diagnostic indirect (présomption) :

  • Recherche d'antigènes -(1,3)-D-glucanes (non spécifique de Pneumocystis, mais de champignons).

B. Traitements de la pneumocystose humaine

• Connaître la durée, les molécules, et le mode d'action.

• 1ère intention :

  • COTRIMOXAZOLE (Triméthoprime + Sulfaméthoxazole) : 21 jours, IV.

  • Peut être associé à la Clindamycine et Primaquine si intolérance.

• 2ème intention (si intolérance au cotrimoxazole) :

  • ISÉTHIONATE DE PENTAMIDINE : 21 jours, IV lente.

  • Nombreux effets secondaires, risque d'échappementextrapulmonaire.

• Autres composés possibles :

  • ATOVAQUONE (aussi pour toxoplasmose).

  • DAPSONE (+/- TRIMETHOPRIME).

  • ECHINOCANDINES (Caspofungine) : inhibe la synthèse des -glucanes de la paroi.

C. Prophylaxie

• Selon les défenses immunitaires du patient (ex. VIH+ avec CD4 ).

• Prophylaxie primaire :

  • Cotrimoxazole (quotidien) : aussi actif contre la toxoplasmose.

  • Dapsone.

  • Iséthionate de pentamidine (mensuel en aérosol, risque PPC extra-pulmonaire).

• Prophylaxie secondaire : Cotrimoxazole, Pyriméthamine-Sulfadiazine.

LES CANDIDOSES

I. Agents pathogènes

A. Généralités

• Champignons levuriformes, Ascomycètes (Saccharomycetales).

• Colonies blanchâtres, lisses sur milieu de Sabouraud.

• 81 espèces, 11 pathogènes pour l'homme.

• Espèces les plus fréquentes :

  • Candida albicans : le plus virulent et fréquent.

  • Candida glabrata : émergent (prophylaxie).

  • Candida tropicalis, parapsilosis (peau), dubliniensis (proche C. albicans).

  • Candida krusei : résistant naturellement aux azolés.

  • Candida auris : nosocomial, multi-résistant.

• Organismes saprophytes et commensaux (40-60% porteurs sains intestin).

• Opportuniste : devient nuisible si défenses immunitaires diminuées.

• Habitat :

  • C. albicans : muqueuses digestives ou vaginales.

  • C. glabrata : muqueuses uro-génitales et digestives.

  • C. auris : pas flore normale, acquis en milieu de soins (nosocomial).

  • Autres Candida : ubiquitaires (peau, sol).

B. Structure et organisation cellulaire

• Structure générale : Paroi, membrane plasmique, organites (noyau, mitochondries, vacuole).

• La paroi :

  • ~30% du poids sec.

  • Composée de sucres : chitine, -glucanes (48-60%, cibles des échinocandines), mannoprotéines.

  • Mannanes : favorisent l'adhésion (1ère étape pathogénicité).

• La membrane plasmique : Contient de l'ergostérol (contrairement à Pneumocystis).

  • Sensible à l'Amphotéricine B (crée des canaux, fuite ionique).

C. Caractères morphologiques

• Culture : Milieu de Sabouraud (pH 6,2, avec antibiotiques).

• Macroscopique : Colonies blanchâtres, crémeuses, glabres.

• Microscopique :

  • Levures (blastospore) : ovalaire/oblongue, 3à 10 m.

  • Multiplication par bourgeonnement (asexuée, clonale).

• Différentes formes morphologiques :

  • Blastospore (forme levure).

  • Pseudo-filament : chaînettes de cellules associées, séparées par des cloisons (produit par tous les Candida sauf C. auris).

  • Filament vrai (tube germinatif) : extension cellulaire, pas de cloison (uniquement C. albicans et C. dubliniensis).

    • Rend ces espèces plus virulentes (difficulté de phagocytose, surface de contact accrue).

    • Permet le diagnostic différentiel.

  • Chlamydospores : spores de résistance (uniquement C. albicans et C. dubliniensis), test diagnostique long.

D. Physiopathologie des mycoses

1. Adhésion : Adhérence des levures aux muqueuses via les sucres pariétaux (1ère étape, sans cela pas de pathogénicité).

2. Colonisation : Multiplication des levures, synthèse d'enzymes/toxines (nécessite destruction flore bactérienne, par ex. antibiothérapie).

3. Pénétration : Formation de filaments vrais (C. albicans, C. dubliniensis) qui pénètrent les cellules ou les jonctions.

4. Invasion : Siatteint le sang (candidémie), diffusion vers d'autres organes (profonde).

5. Candidémie : Présence de Candida dans le sang candidose disséminée (atteinte de plusieurs organes).

II. Infections fongiques

A. Origine de la contamination

• Essentiellement endogène (portage sain).

  • Digestif (C. albicans), cutané (C. parapsilosis), génito-urinaire (C. glabrata).

• Intensification de la colonisation :

  • Antibiothérapie longue, nutrition parentérale (cathéters), chimiothérapie, radiothérapie, greffes.

  • Rupture barrière cutanée (brûlés, cathétérisme).

• Contamination exogène : par manuportage (personnel soignant).

B. Facteurs favorisants

• Facteurs intrinsèques (liés à l'hôte) :

  • Physiologiques :

    • Âge : nouveau-nés (peau fine), personnes âgées (prothèses, sécheresse buccale, poly-médication).

    • Femme enceinte (3ème trimestre, déséquilibre hormonal candidose vaginale).

  • Locaux : FrotteMents, microlésions, macération, hypersudation.

  • Terrains : Altération barrière cutanéo-muqueuse (brûlures, chimio), tabagisme, héroïnomanie, dénutrition.

  • Professions exposées : Sportifs, éleveurs, pâtissiers, nettoyeurs.

  • Pathologiques : Immunodépression (VIH, cancer, diabètedéséquilibré).

• Facteurs extrinsèques :

  • Antibiothérapie large spectre et prolongée.

  • Corticothérapie, immunosuppresseurs, chimiothérapie, neuroleptiques.

  • Actes chirurgicaux (nutrition parentérale, chirurgie digestive/cardiaque, transplantation).

  • Risque nosocomial : candidémies représentent 10-15% des septicémies nosocomiales, 40% de mortalité.

C. Aspects cliniques des candidoses

• Multiples et variables.

• Infections superficielles : peau, ongles, muqueuses (réactions inflammatoires locales).

• Colonisation : présence de Candida sanssymptômes sur sites non stériles.

• Infections invasives : dissémination hématogène, atteinte de deux foyers profonds.

D. Candidoses profondes

• Les candidémies :

  • Espèce la plus fréquente : C. albicans (~50%), mais émergence de non-albicans (parapsilosis, glabrata, krusei).

  • Origines : endogène (digestif+++) ou exogène (cathéter, traumatisme vasculaire).

  • Symptômes : pauvres, non caractéristiques (fièvre intermittente à syndrome septique grave).

  • Lésions cutanées (papules érythémateuses) et myalgies témoin de dissémination.

• Candidoses viscérales aiguës :

  • Suite à une candidémie, localisation dans foie, rate, reins, poumons, cœur (endocardites).

  • Examen du fond de l'œil (atteinte rétinienne) est un examen facileà réaliser.

• Candidoses chroniques disséminées :

  • Spécifiques des patients sous chimiothérapie (formation d'abcès hépatiques, spléniques).

  • Symptômes : fièvre, douleurs abdominales, amaigrissement, hépatosplénomégalie.

E. Candidoses superficielles

• Candidoses digestives :

  • Muguet : enduit blanchâtre, crémeux (langue, gencives). Facteurs de risque : âge, immunodépression.

  • Candidoses atrophiques : muqueuse rouge, inflammatoire (langue rouge luisante).

  • Stomatite sous dentier : peu symptomatique (goût métallique, picotements), liée au port de prothèses mal ajustées.

  • Perlèche : fissuration commissures labiales (souvent Candida + S. aureus).

  • Œsophagiennes : brûlures, dysphagie (fréquentes chez sidéens).

  • Anales : prurit, brûlures (associées à intertrigo périanal).

• Candidose génito-urinaire :

  • Vulvo-vaginite : très répandue chezla femme (déséquilibre hormonal). Prurit intense, leucorrhées (aspect lait caillé).

  • Balanite (homme) : sillon balano-préputial (prurit, érythème).

  • Urinaires : rares, limitées auméat (cystites possibles chez diabétiques).

• Candidoses cutanées et unguéales :

  • Intertrigo (grands et petits plis) : lésions érythémateuses, prurigineuses, avecenduit blanchâtre (macération).

  • Périonyxis : atteinte du bourrelet péri-unguéal (douleur, tuméfaction).

  • Onyxis : suite au périonyxis, décoloration de l'ongle (jaune-verdâtre).

• Formes particulières : candidose des héroïnomanes : injection IV d'héroïne souillée fièvre, myalgies, folliculite, recherche de localisation profonde (fond d'œil).

II. Diagnostic ettraitements de Candida sp.

A. Diagnostic de certitude

• Isolement des levures et implication dans la pathogénicité des lésions.

• Prélèvement (avant tout traitement antifongique) :

  • Lésionscutanées/muqueuses : grattage (curette) ou écouvillons.

  • Ongles : poussière d'ongle, morceaux d'ongle (nécessite éclaircissement kératine).

  • Produits biologiques : sang (hémocultures), LBA, LCR,urines, selles.

  • Biopsies : une partie pour histologie (fixateur), une pour culture (sans fixateur).

• Examen direct (ED) :

  • Observe levures bourgeonnantes, pseudo-filaments,filaments vrais.

  • À l'état frais ou après coloration (bleu lactique, Gram, MGG).

  • Après éclaircissement (potasse, chloral-lactophénol).

  • Histologique (HES, PAS, Gomori-Grocott).

• Culture et identification :

  • Milieu non sélectif : Sabouraud (pH acide).

  • Milieu sélectif : Sabouraud + antibiotiques (kanamycine) +/- cycloheximide (pourdermatophytes).

  • Milieu chromogénique : substrat spécifique coloration différente selon l'espèce (ex: CHROMagar Candida).

    • C. albicans (vert), C. tropicalis (bleu), C. krusei (rose duveteux), C. glabrata (violet), C. auris (rose-beige).

• Tests complémentaires :

  • Test de blastèse (tubegerminatif) : met en évidence filaments vrais (C. albicans, C. dubliniensis).

  • Tests d'assimilation des sucres (Auxanogramme, Zymogramme, galeries Api).

  • Recherche d'antigènes spécifiques de paroi (immunomarquage).

  • MALDi-TOF, PCR.

B. Diagnostic de présomption

• Diagnostic sérologique : pour mycoses profondes/systémiques.

  • Immunoprécipitation (co-électrosynérèse, Ouchterlony, immunoélectrophorèse).

  • Immunofluorescence indirecte (IFI).

  • Hémagglutination indirecte (HAI).

  • ELISA (peu commercialisé).

• Recherche des antigènes circulants :

  • Antigènes de la paroi (mannanes, -(1,3)-D-glucanes) : non spécifiques de Candida, mais indiquent présence champignon.

  • Dépistage rapide chez patients à risque (hémato-oncologie).

C. Traitement et prophylaxie

• Candidoses cutanées : Antifongiques locaux (imidazolés, polyènes) 2 à 4 semaines.

• Onychomycoses : Topiques (Ciclopiroxilamine, Amorolfine) jusqu'à repousse saine. Traitement oral (fluconazole) si échec ou atteintes multiples.

• Candidoses oropharyngées et œsophagiennes :

  • 1ère intention : locaux (Nystatine, Amphotéricine B en bain de bouche, Miconazole).

  • 2ème intention (immunodéprimés, échappement) : azolés (Fluconazole, Voriconazole).

• Candidoses génitales :

  • 1er épisode : local (ovules, gels).

  • Récidivantes : systémique (Fluconazole) 6 mois.

• Candidosesinvasives :

  • Monothérapies : Fluconazole (non neutropénique), Caspofungine (neutropénique).

  • Bithérapies (localisations spécifiques : endocardite, SNC, endophtalmie) : Amphotéricine B (liposomale) + 5-fluorocytosine.

  • Amphotéricine B : agit sur l'ergostérol, très néphrotoxique (max 10 jours).

• Prophylaxie :

  • Surveillance chez immunodéprimés.

  • Éviter antifongiques systémiques (risque de résistance).

  • Corriger facteurs de risque (diabète, hygiène).

  • Chez la femme : éviter antibiothérapie, fortes doses d'œstrogènes, vêtements serrés, stress.

  • Savon à pH neutre.

LES CRYPTOCOCCOSES

I. Agents pathogènes

A. Généralités

• Classification: Basidiomycotina.

• Cycle de reproduction :

  • Sexuée (Filobasidiella) : basidiospores.

  • Asexuée (Cryptococcus) : la forme qui nous intéresse.

• Agent : Champignon levuriforme.

• 7 espèces pathogènes (2 complexes) :

  • Complexe Cryptococcus neoformans :

    • C. deneoformans (sérotype D).

    • C. neoformans var. grubii (sérotype A) : VIH+ immunodéprimés.

  • Complexe Cryptococcus gattii :

    • C. neoformans var. gattii (sérotypes B/C) : sujets immunocompétents (zones tropicales, eucalyptus).

B. Habitat

• Complexe neoformans : Sol enrichi en fientes d'oiseaux ou guano de chauve-souris (azote, urée).

• Complexe gattii : Sol, certains arbres (eucalyptus),fèces de koala.

• Répartition géographique : Cosmopolite pour les deux complexes.

C. Mode de contamination

• Aérienne : Inhalation massive de spores aéroportées ou poussières infestantes. Porte d'entrée principale : voie pulmonaire.

• Cutanée (plus rare) : Blessure, rupture de la barrière cutanée (sujets immunodéprimés).

• Aucun cas de transmission interhumaine (sauf greffon).

• Répartition selon l'hôte :

  • C. gattii : immunocompétents.

  • C. neoformans : immunodéprimés (VIH+ ou non).

• Opportuniste : très présent lors de la pandémie du SIDA, régression avec trithérapie.

• Principal facteur de risque : infection par le VIH (fait passer un patient VIH+ au stade SIDA si CD4 < 100/mm).

• Hors SIDA : corticothérapie, néoplasies, transplantations, cirrhose, diabète.

D. Caractères morphologiques

• Macroscopique : Colonies légèrement ocres, lisses surSabouraud.

• Microscopique : Levure encapsulée (5-7 m).

  • Capsule visible en encre de Chine (halo clair).

  • La capsule est essentielleà la virulence, elle ne remplace pas la paroi.

II. Infection fongique

A. Physiopathologie

• Période de latence : plusieurs années.

• Porte d'entrée : poumons (souvent asymptomatique).

• Faiblesse immunitaire passage dans la circulation sanguine système nerveux central (SNC) méningo-encéphalites (70% des cas).

B. Aspects cliniques et diagnostic

• Formation d'une méningo-encéphalite cryptococcique (dissémination hématogène).

• Pronostic : lié à l'atteinte du SNC et à la dissémination.

• Méningo-encéphalite :

  • Symptômes : fièvre modérée, céphalées (>70%), vertiges, troubles humeur/mémoire, convulsions, raideur nuque.

  • Sujets VIH- : signes pulmonaires plus évocateurs.

  • Diagnostic sur LCR :

    • Clair, paucicellulaire.

    • Examen direct en encre de Chine : levures encapsulées (halo).

    • Recherched'Ag polysaccharidiques capsulaires (glucuronoxylomannane soluble) dans LCR/sérum.

• Pneumopathie :

  • Rarement décelée, souvent asymptomatique ousignes non spécifiques (toux, douleur thoracique).

  • Radiologie : pneumopathie interstitielle polymorphe.

  • Diagnostic par examen direct, biopsie, culture sur LBA (levures encapsulées).

• Atteintes cutanées :

  • Conséquence d'une dissémination hématogène ou porte d'entrée cutanée.

  • Manifestations : papules indolores, ombiliquées ou ulcérées.

  • Siège : visage, extrémités.

• Bilan d'extension systématique : rechercher d'autres localisations (très important).

III. Diagnostic et traitement

A. Conduite à tenir en cas de découverte de C. neoformans

• Bilan d'extension :

  • Ponction lombaire (LCR) : examen en encre de Chine, culture, recherche Ag polysaccharidiques.

  • Recherche d'Ag circulant dans tout produit biologique.

  • Hémoculture.

  • Imagerie pulmonaire si symptômes.

• Recherche de signes de mauvais pronostic en cas de méningite : troubles comportement/conscience, déficit moteur, œdème papillaire, hypoglycorachie LCR, pression > 250 mm H2O.

B. Diagnostic formel

• Mise en évidence et isolement du cryptocoque.

• Prélèvement et examen direct : LCR (après centrifugation culot), urines, sang, biopsies, LBA.

• Culture :

  • Sur Sabouraud sans cycloheximide.

  • 3-7 jours à 35°C (pas 37°C).

  • Une seule colonie suffit pour diagnosticde certitude.

  • Sur milieux sélectifs : Niger (mélanine colonies marrons), CGB (gattii bleu).

• Autres techniques : MALDi-TOF, PCR, test à l'uréase(+).

C. Diagnostic de présomption

• Anatomopathologie : Biopsies (Gomori-Grocott, Muci-Carmin, bleu Alcian, PAS).

• Détection des antigènes circulants :

  • Recherche du glucuronoxylomannane (GXM) : composant essentiel de la capsule.

  • Permet le suivi du traitement et la détection d'échappements/rechutes.

  • Techniques : agglutination (latex), ELISA.

  • Pas de -D-glucanes dans la paroi de Cryptococcus.

D. Traitement

• Cryptococcose neuroméningée (immunodéprimé) :

  • Traitement d'attaque (15 jours) : Amphotéricine B (IV) + 5-fluorocytosine (per os ou IV).

    • 5-fluorocytosine aide l'Amphotéricine B (qui ne passe pas la BHE) à atteindre les méninges.

  • Traitement de consolidation (8 semaines) : Fluconazole (fortes doses).

  • Traitement d'entretien/maintenance (6 mois à 1 an ou plus) : Fluconazole (doses moindres), jusqu'à remontée des CD4.

  • Amphotéricine B est néphrotoxique.

• Cryptococcose pulmonaire ou cutanée localisée :

  • Traitement de consolidation d'emblée (6 semaines) : Fluconazole (fortes doses).

  • C. gattii et C. deuterogatti peuvent être moinssensibles au Fluconazole autres triazolés.

Autres champignons levuriformes d'intérêt médical :

• Trichosporon beigelii : Colonies blanchâtres muqueuses, aspect cérébriforme. Pseudomycélium, mycélium vrai, arthrospores, blastospores.

• Rhodotorulla : Levure jaune saumonée (souvent sur joints de salle de bain). Quasiment pas de pseudomycélium. Rarement pathogène.

• Saccharomyces :Peut provoquer des infections en cas d'excès (ulcères).

• Geotricum : Aspect poudreux. Filament vrai (même avec cloisons), arthrospores. Atteinte de type onyxis.

CARACTÈRES GÉNÉRAUX DES ASPERGILLUS, PAECILOMYCES ET PENICILLIUM

I. Caractéristiques générales

• Champignons filamenteux.

• Macroscopique : filaments aériens, aspect poudreux ou cotonneux.

• Microscopique :

  • Aspergillus : tête aspergillaire (conidiophore avec vésicule terminale supportant phialides).

  • Paecilomyces et Penicillium : forme de pinceaux (phialides supportées par métules).

II. Les anamorphes et leurs télémorphes

• Multiplication = cycle asexué (mitoses)  / Reproduction = cycle sexué

• Anamorphe = stade asexué d’un mycète

• Téléomorphe = stade sexué d’un mycète (rare en labo) (ana et télé pas tjrs le même nom)

• Holomorphe = ensemble des deux stades

• Champignon parfait = cycle complet (on connait les 2 formes)

• Champignon imparfait = on ne connait qu’une seule forme (asexuée ++)

III. Cycle  (champignon = 2 cycles de vie)

• Cycle asexué

• Cycle sexué : conidie à filament, ou différenciation entre gamète mâle et femelle

• Asques (=cell reproductrices) avec 8 ascopores, nus ou dans cléistothèces (=protect°)

• Chez Aspergillus cléistothèces pas systématique

• Certains ascospores ornementés (+ pour imagerie ou micro à balayage électronique)

IV. Aspergillus, Paecilomyces et Penicillium : quelles différences ?

• Conidiophore : Structure portant la conidie.

• Chez les Aspergillus :

  • Conidiophore se termine par une vésicule.

  • Les phialides (qui émettent les conidies) sont directement sur la vésicule (unisérié) ou via une métule (bisérié).

• Chez les Paecilomyces et Penicillium:

  • La métule porte les phialides.

  • Les phialides s'organisent en pinceaux.

• Différence entre Paecilomyces et Penicillium :

  • Paecilomyces : phialide à long col, conidies ovoïdes/fusiformes (jamais sphériques), en chaînettes longues et divergentes. Couleurs vives (jamais vertes).

  • Penicillium : phialide à col pluscourt, conidies ovoïdes/sphériques/ellipsoïdes, en chaînettes courtes et serrées. Toujours de couleur verte.

• Ce sont des conidies sèches aéroportées.

V. Habitat

• Cosmopolite : saprophytes du sol, aéroportés (contaminants majeurs de l'atmosphère, aliments).

VI. Rôles pour l'homme

• Bénéfiques : Industrie fromagère, production d'antibiotiques, acides organiques.

• Nuisibles : Contaminants alimentaires (mycotoxines), contaminants des climatisations, pathogènes humains.

ASPERGILLOSES

I. Agent pathogène

• Rappels :

  • Champignons du genre Aspergillus, filaments septés (Ascomycètes).

  • Environ 180 espèces, 70 formes sexuées connues.

  • Large gamme de pH (4 à neutre), température (6°C à > 45°C), activité eau (0,7 à 1).

  • Agents d'intérêt médical : A. fumigatus (le plus fréquent), A. flavus, A. niger, A. nidulans, A. terreus.

• Habitat naturel : Débris de toute nature (sols, compost, climatiseurs, terreau). Très présent dans l'atmosphère (3ème champignon majoritaire dans l'air).

• Morphologie :

  • Stipe (conidiophore) porté par une cellule podale, aboutit à une vésicule.

  • Ensemble (vésicule, métules, phialides,conidies) forme la tête aspergillaire.

  • Unisériée (phialides directement sur vésicule) ou bisériée (via métule).

  • Différencier espèces par forme vésicule, agencement phialides, couleur conidies.

  • Cellules de Hülle (sclérotes) possibles.

• A. fumigatus (unisérié strict) :

  • Macroscopique : filaments aériens courts (hyalomycètes), poudreux au centre, vert intense puis gris-fumé.

  • Microscopique : tête unisériée stricte, phialides sur toute la vésicule (en forme d'ampoule/massue), conidiophore lisse/court. Conidies petites(2-3 m), vertes, globuleuses, échinulées.

II. Pathologie et facteurs de virulence

• Facteurs physiques :

  • Taille des conidies (2-3 m pour A. fumigatus) pénétration broncho-alvéolaire profonde.

  • Paroi sèche aéroportée.

  • Inhalation massive nécessaire (1 inhalation/40 = 7 conidies).

  • Cils et expulsion évitent pénétration (fumeur à risque).

• Adhérence et colonisation :

  • Adhérence indispensable (étape clé pour pathogénicité).

  • Reconnaissance : Interactions non spécifiques (hydrophobicité) et spécifiques (mannoprotéines récepteurs hôte).

  • Colonisation : Formation de filaments (entrave phagocytose, adaptation parasitisme via pénétration intercellulaire).

• Sécrétion de protéases (ex: exoprotéase 33 kDa) : Dégradent cellules cibles, fragilisation et envahissement.

• Production de toxines : Perturbent synthèse cytokines, immunosuppresseurs.

• Survie et multiplication : Se développe à haute température, peut modifier mannoprotéines (leurre système immunitaire).

III. Infections fongiques

• Épidémiologie :

  • Conidies aéroportées organecible le poumon.

  • Métiers/hobbies à risque (cultivateurs, meuniers, compost).

  • Contamination directe (traumatisme, acte chirurgical).

  • Conditions indispensables : charge importante de spores, voies aériennes lésées,immunodépression, contexte allergique.

  • Gravité liée au terrain (sujet immunodéprimé, neutropénique).

  • Taux de mortalité élevé dans services d'hématologie.

• Aspects cliniques et diagnostiques :

  • Aspergilloses immunoallergiques :

    • Asthme aspergillaire (IgE spécifiques, pas d'infection pulmonaire).

    • Alvéolite allergique extrinsèque (hypersensibilité semi-retardée, Ac précipitants).

    • Aspergillose broncho-pulmonaire allergique (ABPA) : hypersensibilité immédiate (IgE) et semi-retardée (Ac). Colonisation mycélienne (A. fumigatus). Dyspnée asthmatiforme, toux expectorante. Évolution vers chronicité avec destruction bronchique.

  • Aspergillomes (intra-cavitaires) :

    • Masse mycélienne ("truffe") uniquedans cavité préformée (communique avec arbre aérien).

    • Symptômes : hémoptysie (60%, facteur gravité++), altération état général, toux chronique, perte de poids.

    • Évolution : 10% décès, 25% stabilisation, 60% dégradation (chirurgie).

    • Diagnostic : imagerie (opacité arrondie avec croissant clair gazeux), sérologie (Ac anti-aspergillus), examen mycologique expectorations.

  • Aspergilloses sinusiennes :

    • Unilatérale, souvent étiologie dentaire ou sinusite bactérienne. Non invasife (sinusien) ou invasive (proximité cerveau chez immunodéprimés).

    • Symptômes : sinusite chronique, céphalées, rhinorrhée.

  • Aspergillose pulmonaire semi-invasive (nécrosante chronique) :

    • Terrain : défaillance partielle et chronique (plus de 40 ans, éthylisme, diabète, cancer).

    • Symptômes : fièvre, amaigrissement, toux, douleur thoracique, hémoptysie.

  • Aspergillose pulmonaire invasive (API) :

    • Forme pulmonaire aiguë, rapide.Immunodéprimés sévères (neutropénie, leucémie, transplantés).

    • Symptômes : envahissement pulmonaire et vaisseaux (pneumopathie, fièvre, toux, hémoptysie).

    • Évolution fréquemment mortelle. Diagnostic précoce fondamental.

    • Diagnostic : fièvre persistante sans antibio/atv, radiographie (micro-foyers, signe de halo), anatomopathologie (filaments, pas de têtes).

  • Aspergilloses profondes :

    • Non disséminées : touche un seul organe suite à acte chirurgical (ex: ostéomyélite, endocardite). Hémocultures souvent négatives. Souvent diagnostiqué post-mortem.

    • Disséminées : au moins deux organes distants atteints (25% des aspergilloses). Immunodéprimés (neutropéniques). Contamination aérienne poumon dissémination hématogène (cerveau, foie, reins, cœur). Ou cutanée (brûlés).

    • Mortalité des aspergilloses invasives : ~40% actuellement (diagnostic précoce).

  • Otomycose :

    • Atteinte bénigne du conduit auditif (lésions préexistantes). Bouchon de cérumen mycélien (A. niger).

    • Symptômes : prurit chronique, baisse ou perte d'audition, douleur.

    • Examen otoscopique : têtes aspergillaires visibles (conduit aéré).

  • Onyxis aspergillaire :

    • Atteinte sous-unguéale distale (95%).

    • Diagnostic : examen direct, culture (pure, répétée).

    • Ne peut être confondue avec une levure (présence de filaments à l'examen direct).

IV. Comment identifier les mycètes filamenteux d'intérêt médical

A. Démarche d'identification

• Pourquoi identifier ? Ubiquitaire, rôle en dermatologie, opportunistes potentiels.

• Quand identifier ?

  • Immunodéprimé : systématique, même 1 colonie, signalé en urgence.

  • Non-immunodéprimé (broncho-pulmonaire, ORL, oculaire) : signaler abondance.

  • Brûlés : surveillance flore microbienne cutanée.

  • Dermato-mycologie (squames, cheveux, ongles) : distinguer pathogène de contaminant.

• Schéma d'orientation :

  • 1ère étape : filament septé ou non (zygomycètes = mortelle en 7j).

  • 2ème étape : aspect translucide (hyalins) ou pigmenté.

B. Identification des mycètes à filaments hyalins

• Critères d'identification :

  • Colonies : Croissance rapide (2-4 jours), aérienne, bordure délimitée, granulation/pigmentation liée auxconidies.

  • Mycélium : Hyphe cloisonnée.

  • Multiplication : Asexuée (conidies sur conidiophores).

  • Pouvoir pathogène : Très nombreux opportunistes.

• Caractéristiques microscopiques :

  • Aspergillus : Conidiophore avec vésicule renflée, conidies en chaînette (phialides recouvrent +- vésicule).

  • Penicillium : Conidiophore ramifié (non renflé), conidies en chaînette (phialides sur métules) structure "pinceaux". Conidies vertes.

  • Acremonium : Conidiophore unique, conidies en amas muqueux (humides).

  • Scedosporium : Conidiophore unique, une seule conidie.

• Diagnostic sérologique :

  • Immunodéprimés : recherche d'anticorps inefficace recherche d'antigènes.

  • Ac (chronicité) : aspergillomes, ABPA. Non pour API (Ig trop tardives).

  • Techniques Ac précipitants (diffusion gélose, immunoélectrophorèse) : recherche 2 arcs pour A. fumigatus (Chymotrypsine rose,Catalase).

  • IFI, HAI, ELISA.

  • Recherche Ag solubles : galactomannanes (polysaccharide de la paroi). Pour API chez immunodéprimés. Suivi du titre pour l'efficacité traitement.

C. Traitements des aspergilloses

• Aspergillose allergique : Éviction allergène, corticoïdes (Prednisolone) si exacerbation, Itraconazole en cas d'évolution défavorable (6 mois).

• Aspergillose pulmonaire semi-invasive :

  • Amphotéricine B (max 15j, néphrotoxique) puis Itraconazole (3-6 mois).

  • Ou Itraconazole seul (3-6 mois).

• Aspergillose invasive (extrêmement grave) :

  • Amphotéricine B (IV, formulation liposomale) jusqu'à amélioration radiologique (max 10j car toxique).

  • Ou Voriconazole (IV) en 1ère intention (moins toxique, plus utilisé).

  • Relais par Itraconazole (long terme).

  • Atteintes cérébrales : Amphotéricine B + 5-fluorocytosine (car Amphotéricine B ne passe pas BHE). Ou Voriconazole/Itraconazole fortes doses.

• Aspergillome ou sinusien : Exérèse chirurgicale + Voriconazole/Itraconazole (6 mois).

• Onychomycose : Traitement local (vernis amorolfine, ciclopirox), long (3-6 mois minimum).

• Prophylaxie :

  • Mesures d'hygiène strictes (chambres à flux,masques, repas stériles, contrôle aération/surfaces).

  • Immunodéprimés : chimioprophylaxie (Posaconazole, Voriconazole).

PAECILOMYCOSES

I. Agent pathogène : Paecylomyces Bainier

A. Généralités

• Champignon filamenteux (Ascomycotina).

• Ressemble aux Penicillium, différenciation par phialide et col.

• Parasite d'insectes. Certaines espèces causent des infections chez l'homme.

• Espèces pathogènes : P. variotti, P. lilacinus, P. javanicus.

• Thermophiles.

B. Les téléomorphes de Paeclomyces

• 5 espèces distinctes : P. spectabilis (forme sexuée de P. variotii), P. brunneolus, P. formosus, P. divaricatus, P. dactylethromorphus

C. Morphologie

• Phialides à col allongé, produisant conidies oblongues/fusiformes, en longues chaînettes divergentes.

• Pinceaux de couleur vive (blanc, noir, rose pour P. lilacinus).

• Chlamydospores parfois présentes.

D. Atteintes fongiques

• Prophylaxie : Port de lunettes, limiter contact eau en voyage.

• Contamination : Blessures traumatiques par plantes contaminées.

  

• Clinique:

  • Oculaire (kératite, endophtalmies) suite à mauvais nettoyage lentilles.

  • Cutanées, sinusite, pneumopathie disséminée (immunodéprimés, rare).

  • Endocardite, abcès cérébraux, péritonites.

• Sensibilité aux traitements :

  • P. variotii : sensible à Amphotéricine B.

  • P. lilacinus : résistant à Amphotéricine B.

E. Traitements

• Identification précise de l'espèce essentielle pour adapter le traitement.

• Amphotéricine B :

  • Efficace contre P. variotii.

  • Inactif contre P. lilacinus.

• Échinocandines (micafungine, anidulafungine) : actifsur P. variotii.

• Pour P. lilacinus : Voriconazole ou Ravuconazole.

PENICILLIOSES

I. Agent pathogène : Penicillium

A. Généralités

• Ascomycotina, Hyphomycète.

• 250 espèces. Habitat : sol des régions tempérées, contaminants atmosphériques/alimentaires.

• Non thermophile.

• Penicillium marneffei : le plus préoccupant, endémique en Asie du Sud-Est.

B. Caractéristiques morphologiques

• Phialides courtes, sans col, organisées en pinceaux.

• Produisent conidies sphériques/ellipsoïdes, vertes/bleues/grises, en chaînettes courtes et serrées.

C. Aspects macro et micro des différents Penicillium

• P. chrysogenum :

  • Macro : Filaments aériens poudreux, jaunâtreau revers.

  • Micro : Conidiophore 200-300 m, terticillés asymétriques. Croissance rapide à 37°C.

• P. roqueforti :

  • Macro : Filaments ras gris turquoise/vert terne, revers brun à vert foncé.

  • Micro : Conidiophore 100-200 m, terticillée, conidies sphériques.

• P. purpurogenum :

  • Macro : Filaments courts poudreux, pigment rouge diffusible au revers.

  • Micro : Stipe 70-300 m, pinceaux de 6-8 métules. Conidies finement échinulées. Croissance à 37°C.

• P. marneffei :

  • Dimorphique touchant le système réticulo-endothélial.

  • Dans l'organisme (37°C) : levure allongée "en cigare" cloisonnée.

  • Dans l'environnement (25°C) : forme en pinceau avec spores (travail sous hotte).

  • Macro : Conidiogenèse tardive vert terne, pigment rouge/corail diffusible au revers.

  • Micro : Conidiophores 70-100 m, 3-5 métules divergentes. Conidies ellipsoïdales, lisses, en chaînes.

C. Infections fongiques

• P. marneffei est le plus préoccupant.

• Formes sévères chez immunodéprimés (SIDA, néoplasie, neutropénie).

D. Épidémiologie

• Endémique en Asie du Sud-Est (sud Chine, Thaïlande, Vietnam, Indonésie).

• Fatal chez immunodéprimés (100% de mortalitésans traitement rapide).

E. Aspects cliniques

• Mode de contamination : Aérienne, transcutanée, digestive (non exclues).

• Symptômes :

  • Pulmonaires (fièvre, toux persistante, perte de poids+++, diarrhée).

  • Adénopathies, hépatosplénomégalie.

  • Lésions cutanées (70%) : papules, nodules centro-nécrotiques (face, palais, tronc, extrémités).

  • Lésions ostéo-articulaires (18%).

  • Signes viscéraux (similaires à histoplasmose généralisée chez sidéens).

• Évolution : Presque toujours mortelle chez ID et immunocompétents (mortalité >90%).

F. Traitements

• Rapidité du diagnostic et traitement fondamental.

• Amphotéricine B (0,6 mg/kg/j, 2 semaines) puis relais Itraconazole (400 mg/j, 10 semaines).

• Alternative : Voriconazole (12 semaines).

• Traitement d'entretien : Kétoconazole ou Itraconazole (2-6 mois).

• Immunodéprimés : Prophylaxie secondaire (Itraconazole) jusqu'à CD4 >100 cell/mm.

DERMATOPHYTOSES

I. Agents pathogènes

A. Généralités

• Champignon responsable d'atteintes très superficielles (peau, phanères, ongles).

• Ascomycète (Onygénales).

• Genres :

  • Arthroderma Trichophyton (asexuée).

  • Nannizzia Microsporum (asexuée).

  • Epidermophyton (asexuée, pas de forme sexuée connue, rare).

• Caractéristiques physiologiques : Grande affinité pour la kératine (kératinophile).

• Mode de vie :

  • Saprophytes du sol (T. ajelloi).

  • Parasitesobligatoires de l'homme (T. rubrum).

  • Zoophiles (M. canis).

  • Telluriques (M. gypseum).

• Provoquent :

  • Épidermophyties (peau).

  • Teignes (cuir chevelu, chute cheveux).

  • Onychomycoses/Onyxis (ongles).

  • Dermatophytides/Trichophytides (allergie).

• Pas d'envahissement des tissus profonds (sauf sujets prédisposés).

B. Habitat

• Espèces anthropophiles (humaines strictes) : M. audoninii, T. rubrum (le plus fréquent), T. mentagrophytes var. interdigitale, E. floccosum.

• Espèces zoophiles : M. canis (chat), T. mentagrophytes (chevaux, rongeurs), T. verrucosum (bovidés).

• Espèces telluriques : M. gypseum (le plus fréquent), T. mentagrophytes.

C. Épidémiologie

• Contagiosité +++.

• Modes de contamination :

  • Humaine : contact interhumain étroit ou indirect (linges, solsnon nettoyés, piscines).

    • T. rubrum (65% des lésions), T. mentagrophytes var. interdigitale.

    • Lésions discrètes, bien tolérées (adapté à l'homme).

    • Infection débute entre les orteils ongle ("pied d'athlète").

  • Animale : contact avec animaux contaminés ou poils.

    • Lésions bruyantes, inflammatoires chez l'homme (champignon inadapté).

    • Teignes tondantes, folliculites, sycosis (barbe).

    • M. canis (chat), T. mentagrophytes (chevaux, rongeurs), T. verrucosum (bovidés).

  • Sol : sols enrichis en kératine (plumes, poils, ongles).

    • Lésions très inflammatoires chez homme et animal.

    • M. gypseum, M. fulvum.

• Répartition géographique : cosmopolite, mais certaines espèces limitées à des régions (ex: M. ferrugineum - Asie/Afrique).

• Facteurs favorisants :

  • Chaleur, humidité, macération (plis, espaces inter-orteils, chaussures).

  • Mode de vie, sport, profession.

  • Microtraumatismes (onyxis sportifs, pachydermie).

  • Hormonaux (guérison teignes à la puberté).

  • Immunologiques (corticothérapie, chimio, SIDA) attention résistance corticothérapie.

D. Aspects macroscopiques et microscopiques

• Croissance lente (10-15 jours généralement, versus 2-4j pour Aspergillus).

• Epidermophyton floccosum :

  • Macro : Filaments courts, colonies plates, poudreuses, jaune kaki/vert olive.

  • Micro : Nombreuses macroconidies en forme de raquette, paroi mince et lisse, 2-4 logettes en bouquets.

• Microsporum canis :

  • Macro : Colonies "étoiles d'amiante" puis duvet blanc. Pigment jaune-orangé au revers ("œuf au plat").

  • Micro : Macroconidies en forme de fuseau, paroi épaisse/rugueuse, 6 à 12 logettes. Microconidies piriformes.

• Microsporum gypseum :

  • Macro : Filaments aériens ras, poudreux, blanchâtres, colonies "éclaboussures de plâtre".

  • Micro : Macroconidies losangiques ("cocon"), paroi peu épaisse/rugueuse, 4 à 6 logettes. Microconidies piriformes.

• Trichophyton mentagrophytes var. mentagrophytes :

  • Macro : Filaments aériens blanchâtres ras, colonie finement duveteuse.

  • Micro : Nombreuses microconidies rondes en grappe ou acladium (quinconce). Macroconidiesen massue (paroi lisse/mince, 3-6 logettes). Vrilles souvent présentes.

• Trichophyton rubrum :

  • Macro : Filaments aériens courts, blancs, poudreux. Pigment rouge vineux au verso.

  • Micro : Microconidies piriformes, trapues, en grappe ou acladium. Macroconidies à paroi mince/lisse (5-10 cloisons).

II. Aspects cliniques des infections fongiques

A. Physiopathologie

• Pénétration épiderme :

  • Multiplication à partir spores ou fragments. Croissance centrifuge.

  • Lésion arrondie (épidermophytiecircinée), érythémato-squameuse, mycète actif sur le pourtour.

• Atteinte poils/cheveux :

  • Propagation descendante vers bulbe (sans le détruire), casse le cheveu.

  • Repousse possible sauf pour Trichophyton schoenleinii.

• Au niveau des ongles :

  • Infection par le bord libre de l'ongle (partie distale) car affinité kératine.

  • Progression vers la matrice (sans la détruire). Prolifération partie ventrale de l'ongle.

  • Ongles des pieds +++ (intertrigo négligé). Ongles des mains (suite à pied d'athlètepar grattage).

B. Les teignes

• Terme réservé à l'atteinte des cheveux ou poils.

• Teignes tondantes sèches :

  • Plaques d'alopécie par cassure des cheveux (bulbe non atteint repousse possible).

  • Microsporiques (Microsporum) :

    • Plaques de grande taille, peu nombreuses, aspect "sale" (squames).

    • Cheveux cassés courts.

    • Lumière de Wood : fluorescence verte intense (poil endo-ectothrix microsporique).

    • Ex: M. canis, M. langeronii.

  • Trichophytiques (Trichophyton) :

    • Plaques très nombreuses, petites (<5mm), blanchâtres, cheveux cassés très courts (ras du cuir chevelu).

    • Lumière de Wood : négative (poil endothrix).

    • Ex: T. violaceum, T. soudanense.

• Teignes suppurées ou inflammatoires (kérion) :

  • Plaque érythémato-squameuse circulaire avec tuméfaction, suppuration, perte de cheveux.

  • Repousse du cheveu (sans cicatrice si pas surinfection bactérienne).

  • Très inflammatoire. Concerne aussi les sycosis (barbe).

• Teignes faviques (favus) :

  • Dermatophyte unique : Trichophyton schoenleinii.

  • Alopécie définitive.

  • Accumulation mycélium forme croûte jaunâtre, friable (godet favique).

  • Pas de guérison spontanée à la puberté.

  • Lumière de Wood : fluorescence verte foncée sur toute la longueur ducheveu.

CORRECTION D'ANNALES (exemples)

ÉNONCÉ II : Madame L.B. (Lupus, traitement immunosuppresseur)

• Atteinte : Lésion circulaire, érythémateuse, enflammée, bord surélevé, centre en desquamation = épidermophytie circinée.

  • Processus : Le mycète réagit à la peau, croissance centrifuge, prolifération en périphérie (zone active).

• Prélèvement :

  • Au niveau périphérique (champignon vivant).

  • Récupérer squames par grattage (objet stérile).

  • Examen direct : agentéclaircissant (potasse ou chloral-lactophénol) pour ramollir kératine filaments hyalins cloisonnés.

  • Culture : Arrêt traitement si possible. Milieu Sabouraud + antibiotiques +/- cycloheximide (développement dermatophytes). 25°C, 10-15 jours (négatif après 6 semaines).

  • Identification : Milieux spécifiques (Baxter, Takashio, Lactrimel) pour favoriser sporulation (macro/microconidies). Test uréase (+).

  • Interrogatoire : environnement familial, animaux, activités.

• Hypothèses mycologiques : Dermatophyte d'origine zoophile (ex: M. canis, T. mentagrophytes) ou tellurique (ex: M. gypseum) car réaction inflammatoire marquée (mal adapté à l'homme).

• Traitement : Local (seule, superficielle) : antifongique topique (kétoconazole, dintermine).

• Conseils : Nettoyage maison, traiter animalsi en cause.

ÉNONCÉ IX : Travaux hôpital, contrôle aspergillaire (A. fumigatus, A. nidulans, A. niger)

• Milieu de culture :

  • Sabouraud sans cycloheximide + gentamicine.

  • 25°C (température pièce), 2-4 jours.

  • Colonies filamenteuses, aériennes courtes, poudreuses / veloutées, vertes.

• Différencesmorphologiques (tableau) :

  	Aspergillus	Penicillium	Levure
  Macroscopique	Filaments aériens courts,aspect velours.	Similaire Aspergillus, couleur vert glauque/foncé, aspect poudreux/duveteux.	Colonies glabres, bords réguliers, blanches.
  Microscopique	Tête aspergillaire (vésicule supportant phialides).	Structure en pinceaux (phialides sur métules), conidies vertes.	Bourgeon, blastospore (blanc) ou basidiospore (ocre).