Virologie Médicale: Virus Pathogènes Humains

Syllabus de Cours de Virologie

Ce cours devirologie est destiné aux étudiants en médecine (3ème année, 2022-2023) et en pharmacie, visant à leur apporter les compétences essentielles concernant les infections virales humaines fréquentes.

Objectifs Clés

• Connaissances Fondamentales: Biologie, structure, cycle de multiplication des virus.

• Diagnostic: Maîtriser les méthodes virologiques.

• Prévention & Traitement: Proposer des stratégies adéquates.

Virologie Générale

I. Introduction aux Virus

1. Définition des Viruses

Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires. Ce sont des microorganismes acellulaires (acaryotes) avec un génome ADN ou ARN, utilisant lamachinerie cellulaire hôte pour se reproduire.

• Absence d'organisation cellulaire.

• Un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN), jamais les deux.

• Protection par une capside(structure protéique).

• Absence de système producteur d'énergie.

NB: Plus rudimentaires que les virus existent les viroïdes et les prions.

2. Unité Structurale du Virus:le Virion

• Le virion est l'unité structurale d'un virus.

• Génome viral: petit nombre de gènes, codant pour la réplication et quelques protéines virales.

• Structure simple: capside, formée de capsomères (sous-unités protéiques), protégeant l'acide nucléique.

3. Morphologie Virale

Observation uniquement par microscopie électronique.

a. Formes

• Cylindrique (ex: virus de la vaccine).

• Sphérique (ex: virus de la grippe, herpès).

• Allongée et rigide (ex: virus de la mosaïque du tabac).

NB: Virus animaux généralement sphériques ou cylindriques; virus végétaux souvent en bâtonnet.

b. Taille

• Très petits: 15 nm (Picornavirus) à 300 nm (grands virus).

• Comparaison: Eucaryotes ( nm), Procaryotes ( nm).

4. Les Acides Nucléiques

Les viruses contiennent soit ADN, soit ARN, jamais lesdeux simultanément. L'acide nucléique porte l'information génétique.

a. ADN (acide désoxyribonucléique)

• Le plus souvent bicaténaire.

• Fonctions:

  • Duplication (réplication): semi-conservative, synthétise des milliers de copies.

  • Expression génomique: transcription (ADN en ARNm via ADN polymérase ADN-dépendante) et traduction (ARNm en protéines virales via machinerie cellulaire).

b. ARN (acide ribonucléique)

• Généralement monocaténaire linéaire (sauf Reoviridae: bicaténaire).

• Génome segmenté (ex: virus grippaux, Reoviridae) favorise recombinaisons génétiques et variabilité antigénique.

5. La Capside

Rôle principal: Protection du génome viral.

• Structure protéique, polymérisée à base de capsomères.

• Peu de polypeptides différents car nombre limité de gènes.

Types selon la symétrie:

a. Capsides hélicoïdales ou tubulaires

• Sous-unités protéiques s'assemblent en manchon autour de l'acide nucléique, formant un tube rigide ou flexible.

• Exemples: Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae.

b. Capsides icosaédriques ou polyédriques (20 faces)

• Unités protéiques se groupent en capsomères, formant un icosaèdre (20 faces triangulaires, 12 sommets).

• Exemple: Poliovirus.

c. Capsidesà symétrie complexe

• Combinaison des deux (ex: bactériophages comme le phage T4).

d. Fonction de la capside

• Protège le virion à l'extérieur de la cellule.

• Pour les virus nus (sans enveloppe), elle porte les déterminants viraux se liant aux récepteurs cellulaires.

6. L'Enveloppe (Péplos)

• Structure glucido-lipido-protidique.

• Provient d'une membrane cellulaire hôte, mais contient des protéines d'information virale (péplomères).

• Tous les virus animaux ont une enveloppe sauf sixfamilles (virus nus).

• Péplomères s'insèrent dans les membranes cellulaires (ex: hémagglutinine, neuraminidase, facteur de fusion).

• Souvent visible en microscopie électronique sous forme de spicules.

II. Action des Agents Physiques et Chimiques sur les Virus

A. Agents Physiques

1. Chaleur

• Adaptés à 37°C intracellulaire pour la réplication enzymatique.

• Très sensibles à la chaleur extracellulaire (ex: virus de la rubéole inactivé en 45 min à 37°C).

• Conservation: à 4°C pour transport, à -80°C pendant des années.

2. Dessiccation

• Très sensibles (sauf virus de la variole dans les croûtes).

3. Ultraviolets (UV)

• Provoquent des altérations des acides nucléiques viraux, induisant des mutations et perte du pouvoir infectieux.

B. Agents Chimiques

1. Oxydants (ex: eau de Javel)

• VIH très sensible.

• Entérovirus (poliovirus, hépatite A) sont résistants à la chloration usuelle.

• La majorité des virus sont sensibles.

2. -propiolactone

• Utilisée pour vaccins inactivés (par altération de l'acide nucléique, sans modifier les antigènes de surface).

• NB: Vaccins vivants atténués (perte de virulence) vs. vaccins tués/inactivés.

3. Solvants des lipides (éther, désoxycholate de sodium)

• Inactivent les viruses à enveloppe.

Remarque: Les antibiotiques sont inactifs sur les virus. La chimiothérapie antivirale est complexe car de nombreuses molécules efficaces sont aussi cytotoxiques pour les cellules hôtes.

III. Classification des Virus

Adoptée par le Comité international de nomenclature des virus (depuis 1975).

• Basée sur:

  • Génomiques: nature de l'acide nucléique (ADN ou ARN).

  • Morphologiques: type desymétrie (cubique, hélicoïdale, complexe).

  • Antigéniques: présence/absence d'enveloppe.

• Hiérarchie: Familles (...viridae) > Sous-familles (...virinae) >Genres (...virus) > Espèces.

Familles de virus à ADN: Adenoviridae, Hepadnaviridae, Herpesviridae, Parvoviridae, Papovaviridae, Poxviridae.

Familles de virus à ARN: Arenaviridae, Bunyaviridae, Coronaviridae, Filoviridae, Flaviviridae, Orthomyxoviridae,Paramyxoviridae, Picornaviridae, Reoviridae, Retroviridae, Togaviridae.

IV. Les Viroïdes et Prions

• Viroïdes: Particules infectieuses plus petites que les virus, composées uniquement d'un acide nucléique (ARN chez les plantes), sans coque protéique.

• Prions: Agents infectieux uniquement protéiques, causent les encéphalopathies spongiformes subaiguës transmissibles (ESST). Anomalie de conformation d'une protéine cellulaire ( en ).

  • Exemples humains: maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), Kuru.

  • Exemples animaux: tremblante du mouton, ESB.

  • Caractérisés par longue incubation silencieuse et fatalité inexorable.

V. Multiplication des Virus Animaux (CycleViral ou Réplication)

Ensemble des étapes de reproduction virale. Les virus sont incapables d'activités métaboliques autonomes, ils parasitent des cellules hôtes.

1. Types d'Interactions Virus-Cellule

• Lytique: Destruction de lacellule hôte, libération de virions (ex: infections aiguës).

• Persistance: Cellule infectée continue de vivre en hébergeant le virus (latence ou infection chronique productive).

• Transformation: Intégration du génome viral dans le génome cellulaire, conduisant à de nouvelles caractéristiques (augmentation de vitesse de croissance, oncogenèse virale).

• Le comportement viral n'est pas univoque (ex: virus herpétique alterne lyse et latence).

2. Phases du Cycle Viral

a. Phase Extracellulaire

• Virus libre, mais totalement inactif (pas d'activité propre).

• Potentiellement infectieux: peut se fixer sur une cellule et lancer la phase intracellulaire.

b. Phase Intracellulaire

• Phase de multiplication virale.

• Étapes clés:

  1. Fixation du virus à la cellule hôte (via récepteurs membranaires).

  2. Pénétration du virus dans la cellule (fusion de l'enveloppe ou endocytose).

  3. Décapsidation (désintégration de la capside), libérant l'acide nucléique viral près ou dans le noyau.

  4. Réplication des constituants viraux.

  5. Assemblage du virus.

  6. Sortie du virus de la cellule hôte.

A. Réplication des Virus à ARN

a. Virus à ARN positif (ARN (+))

• Génome agitdirectement comme ARNm, synthétisant un grand polypeptide clivé en plusieurs protéines.

• Exemple: Poliovirus (Picornavirus).

• Étapes (simplifiées):

  1. Fixation, pénétration, décapsidation →libération de l'ARN viral (+).

  2. ARN (+) sert d'ARNm → synthèse d'un grand polypeptide clivé.

  3. Synthèse d'un brin d'ARN (-) via ARN polymérase ARN-dépendante (réplicase).

  4. ARN(-) sert de matrice pour synthétiser ARN (+) génomiques.

  5. Assemblage des particules virales.

b. Virus à ARN négatif (ARN (-))

• Génome non directement messager.

• Nécessite une transcription en ARN (+) via une ARN polymérase ARN-dépendante (transcriptase) virale pré-existante.

• ARN (+) sert d'ARNm pour la traduction protéique.

• Exemple: virus Sendai, virus de la grippe.

Cas du Virus Sendai

• ARN monocaténaire négatif, nucléocapside hélicoïdale, enveloppe avec spicules (hémagglutinine, neuraminidase).

• Processus:

  1. Fixation (hémagglutinine), fusion de l'enveloppe, décapsidation (libération nucléocapside avec transcriptase).

  2. Transcriptase synthétise ARN (+) à partir de l'ARN (-).

  3. ARN (+) traduit en protéines virales (structurales et enzymatiques).

  4. ARN (+) sert de matrice pour synthétiser de nombreux ARN (-) génomiques.

  5. Encapsidation de l'ARN (-) avec transcriptase et protéines capsidiales.

  6. Bourgeonnement à travers la membrane cytoplasmique, acquisition de l'enveloppe etdes spicules.

Cas du Virus de la Grippe

• ARN génomique monocaténaire négatif en fragments.

• Processus clé:

  • Migration de l'AN viral + transcriptase dans lenoyau.

  • Transcription de l'ARN (-) en ARN (+) par transcriptase virale, nécessitant une amorce 5' d'un ARNm cellulaire provenant du noyau.

  • ARN (+) agit comme ARNm et matrice pour ARN (-) génomiques.

  • Encapsidation, migration vers la périphérie, et bourgeonnement sous contrôle de la protéine M et neuraminidase.

• Réplication caractérisée par la participation du noyau cellulaire et la nécessité d'une fonction cellulaire pour l'amorce.

B. Réplication des Rétrovirus

• Cycle en 9 phases, dont 4 spécifiques aux rétrovirus.

• Caractéristique: transcription de l'ARN viral en ADN par la transcriptase inverse.

• Sous-groupes: Oncovirus, Lentivirus, Spumavirus.

• Processus:

  • Fusion de l'enveloppe, libération du contenu.

  • Transcriptase inverse produit un brin d'ADN complémentaire.

  • ADN viral migre vers le noyau, forme une structure circulaire.

  • Intégration au hasard dans le génome cellulaire ( **Provirus**).

  • Activation du provirus:transcription en ARN, traduction en protéines.

  • Assemblage et bourgeonnement des nouveaux virions.

C. Réplication des Virus à ADN

• La plupart du temps dans le noyau cellulaire, impliquant des enzymes cellulaires.

• Phases:

  • Précoce: Transcription d'ARNm viraux précoces ( protéines régulatrices et enzymatiques non structurales).

  • Duplication du matériel génétique (ADN polymérase).

  • Tardive: Transcription d'ARNm tardifs ( protéines structurales).

Cas des Adenovirus

• ADN bicaténaire linéaire, capside icosaédrique (pentons avec hémagglutinine).

• Processus:

  1. Fixation (hémagglutinine), pénétration par pinocytose.

  2. Décapsidation, ADN viral migre vers le noyau.

  3. Transcription précoce (ARNm précoces) par ARN polymérase ADN-dépendante.

  4. ARNm précoces traduits en protéines précoces (ex: ADN polymérase virale).

  5. ADN polymérase duplique l'AN viral dans le noyau.

  6. ARNm tardifs traduits en protéines de structure.

  7. Assemblage des nucléocapsides dans lenoyau.

Particularités des Herpesviridae et Poxviridae

• Herpesviridae: Assemblage de la nucléocapside dans le noyau, *s'enveloppe en traversant la membrane nucléaire*. Gagne l'extérieur via le RE.

• Poxviridae: Décapsidation spécifique (codée par le virus). Cycle de multiplication et assemblage *strictement intracytoplasmiques*.

Conséquences: L'infection virale bloque les synthèses cellulaires, entraînant un effet cytopathique (ECP) caractéristique pour le diagnostic. La chimiothérapie virale est difficile sans cytotoxicité pour les cellules hôtes.

Diagnostic Virologique

I. Introduction

Le diagnostic idéal combine isolement viral (ou détection directe) et ascension des anticorps spécifiques.

• Diagnostic clinique possible (rougeole, varicelle).

• Souvent, les signes cliniques ne suffisent pas (ex: éruption rubéoliforme, syndrome grippal).

• Les examens virologiques justifiés pour prophylaxie collective/individuelle (ex: rubéole chez femme enceinte) ou pour orienter le traitement (ex: herpès, VHB/VHA).

II. Isolement Viral et Détection Directe des Composants Structuraux

1. Isolement Viral

Technique de base, souvent longue, nécessitant des cellules vivantes.

a. Prélèvements

• Choix, qualité, acheminement (4°C) sont cruciaux.

• Exemples: virus grippal (48h après début des signes), HSV/VZV (vésicules), CMV (salive, urines, leucocytes du sang sans héparine),entérovirus (gorge, selles, LCR).

b. Inoculation de l'animal

• Pratiquement abandonnée. Ex: HSV sur œil de lapin, virus rabique sur lapin.

c. Inoculation àl'œuf de poule embryonné

• Moyen d'isolement du virus grippal (moins utilisé, mais vaccins grippaux préparés ainsi).

d. Cultures cellulaires

• Très utilisées depuis les années 1950.

• Types:

  • Cultures de primo-explantation: peu de passages.

  • Cellules diploïdes: cellules normales, supportent passages (ex: MRC5 pour CMV).

  • Cellules en lignéescontinues: cellules cancéreuses, prolifération illimitée (ex: HeLa, Vero).

• Conditions de culture: 37°C, milieux synthétiques avec nutriments, tampon, antibiotiques, sérum.

2. Détection Directe desComposants Structuraux

Met en évidence antigènes et/ou structures virales, cultivables ou non.

a. Immunofluorescence

• Détection d'antigènes par anticorps spécifiques liés à une molécule fluorescente.

• Exemple: virusgrippaux, VRS dans frottis respiratoires.

b. Techniques immunoenzymatiques (ELISA)

• Anticorps fixés sur plaque, l'antigène se fixe, puis deuxième anticorps lié à enzyme génère réaction colorée.

• Exemple: rotavirus dans selles, Ag HBs/HBe pour VHB, Ag p24 pour VIH.

c. Techniques moléculaires

• Très développées, mais coûteuses en pays en développement (recherche >routine).

• Exemples:

  • Sondes nucléiques et hybridation: Acides nucléiques marqués (Dot blot, Southern blot pour ADN, Northern blot pour ARN, Hybridation in situ).

  • Amplification génique (PCR): Amplifie un fragment d'ADN bicaténaire (dénaturation, accrochage oligonucléotides, extension par polymérase).

  • Détection activité transcriptase: Cas des rétrovirus.

d. Techniques sérologiques

• Utilisées en microméthodes (microplaques).

• Exemples: Fixation du Complément (Fc), Inhibition de l'Hémagglutination (IHA), Neutralisation (Nt), techniques avec anticorps antiglobulines (immunofluorescence, RIA, ELISA).

• NB: Réactions d'agglutination et de précipitation moins utilisées pour les virus.

Agents Chimiothérapeutiques Antiviraux (Chimiothérapie Antivirale)

• Peu d'agents antiviraux surle marché, mais recherches intenses.

• Ils n'éliminent pas les virus, mais les inactivent en bloquant leur cycle de multiplication.

• Interférons humains: stimulent défenses immunitaires antivirales.

• Recherches: Bloquer fusion lysosomale/virale, bloquer enzymes virales.

• Exemple: Acyclovir bloque la réplication de l'ADN herpétique (peu toxique pour cellules hôtes).

• Autres cibles: désintégration de l'enveloppe protéine virale (arildone), inhibiteurs sélectifs de la réplication (amantadine pour grippe A, ribavirine pour VRS, grippe A/B).

• Rétrovirus: inhibiteurs du cycle de reproduction (ex: azidothymidine (AZT) bloque transcriptase inverse du VIH).

• Bloqueurs de récepteurs cellulaires.

Les Antiviraux

• Antiviraux: Substances artificielles luttant contre les virus dans l'organisme.

• Antivirucides: Substances capables de détruire les particules virales (usage externe uniquement, car in vivo, virus synthétisés par cellule infectée).

• Virostatique: Inhibe la multiplication virale (ne libère pas totalement l'organisme des virus).

  • Réduit la production virale.

  • Mesure d'efficacité: CI₅₀ (concentration réduisant 50% la réplication).

  • Indice de Séléctivité (I.S.): (C.C. = Concentration Cytotoxique).

  • Exemple: Acyclovir pour Herpès simplex.

Différents Types d'Antiviraux (selon leurscibles)

• Inhibant l'attachement du virus à la membrane plasmique (ex: VIH, analogue CD4).

• Inhibant la décapsidation (ex: Rhinovirus, substance empêchant la décapsidation).

• Inhibant la réplication (ex: Acyclovir, AZT, Ribavirine).

• Inhibant la protéase virale.

• Inhibant la neuraminidase (ex: bloquent libération des virus bourgeonnants, ex: grippe).

• Inhibant l'intégrase (nouvelle génération pour VIH, empêche intégration de l'ADN proviral).

Virologie Spéciale

Famille des Orthomyxoviridae: Les Virus de la Grippe

1. Introduction

• Responsables des grippes humaines et animales. Affinité pour les mucoprotéines.

• Genre unique: Influenzavirus (types A, B, C).

• Type A est le plus virulent (grandes épidémies, pandémies). Types B (épidémies moins graves), C (cas sporadiques).

2. Morphologie et Composition Chimique

• Sphériques, 80-180 nm. Parfois filamenteuses (type A).

• Nucléocapside: ARN monocaténaire segmenté (8 segments) de polarité négative.

• Enveloppe glucido-lipido-protidique avec 2 types de spicules:

  • Hémagglutinine (HA): fixation du virus.

  • Neuraminidase (NA): libération du virus (bourgeonnement).

3. Réplication

• Transcription intranucléaire, amorce parARNm cellulaire (extrémité 5').

4. Action des Agents Physiques et Chimiques

• Sensibles à la chaleur (56°C), solvants des graisses (éther, désoxycholate de sodium), UV, formaldéhyde, pH acides.

• Détruits dans le tube digestif (pas dans les selles humaines).

• Propiolactone: inactive le virus sans modifier ses propriétés antigéniques.

5. Les Antigènes

• Antigènes internes (protéines NP et M, donnent anticorps déviant le complément).

• Antigènes d'enveloppe (HA et NA).

6. Physiopathologie

• Transmission interhumaine directe (gouttelettes aériennes).

• Multiplication dans les muqueuses respiratoires supérieures ( nécrose des cellules ciliées/muqueuses).

• Lésions virales favorisent les surinfections bactériennes.

• Protection contre souche infectante, mais peu contresouches avec dérive antigénique.

• Excellent inducteur d'infection.

7. Manifestations Cliniques

• Incubation: 1-3 jours.

• Début brutal: frissons, fièvre,courbatures, asthénie.

• Signes laryngotrachéaux ou bronchiques.

• Guérison rapide, asthénie persistante.

• Formes atténuées, inapparentes, ou graves (œdème pulmonaire, neurologiques) avec mortalité élevée, surtout chez sujets fragiles.

8. Diagnostic Virologique

a. Prélèvements

• Écouvillonnage rhinopharyngé, expectorations (2-3 premiers jours).

b. Détection directe par immunofluorescence (IF)

• Détection d'antigènes viraux intracellulaires sur frottis.

c. Isolement et identification du virus

• Culture: œufs de poule embryonnés, cellules de rein de singe, cellules de rein de chien.

• Détection: hémagglutination (HA), inhibition de l'hémagglutination (IHA).

d. Diagnostic indirect (sérologie)

• Deux sérums (début et 10 joursplus tard).

• Réaction de déviation du complément (anticorps spécifiques).

• Réaction d'inhibition de l'hémagglutination (spécifique sous-types/variants).

• Recherche anticorps anti-NA.

9. Traitement et Prophylaxie

• Approches: vaccination, chimiothérapie, traitement précoce.

• Traitement précoce: antiviraux (amantadine, rimantadine, inhibiteurs de la neuraminidase comme zanamivir, oseltamivir).

• Chimiothérapie: inhibiteurs de neuraminidase réduisent le risque de grippe (85%).

• Vaccination: vaccins inactivés ou vivants atténués.

Famille des Paramyxoviridae

I. Introduction

1. Caractères Généraux

• Virus à ARN monocaténaire non fragmenté, polarité négative (avec transcriptase), capside hélicoïdale, enveloppe avec spicules.

• Taille: 150-300 nm (plusgrands que Orthomyxoviridae).

• Différent des Orthomyxoviridae par: ARN non segmenté, nucléocapside, présence constante de protéine de fusion cellulaire.

• Activités hémagglutinantes et neuraminidase considérables.

• Stabilité des antigènes, fragilité du virus (sensible aux détergents).

2. Classification

• 3 genres: Paramyxovirus (virus parainfluenza, oreillons), Morbillivirus (rougeole), Pneumovirus (VRS).

3. Cycle de Multiplication des Paramyxovirus

• Fixation: aux récepteurs mucoprotéiques via spicules HN.

• Pénétration: protéine F induit fusion enveloppe-membrane.

• Éclipse: cycle se déroule entièrement dans le cytoplasme.

• Transcription: ARN transcrit en ARNm (+) par transcriptase virale ().

• Réplication: Brin ARN (+) sert de matrice pour synthétiser ARN génomiques viraux.

• Assemblage: Génomes et nucléocapsides s'assemblent dans le cytoplasme. Protéine M sous membrane, spicules HN etF s'y insèrent.

• Libération: Bourgeonnement, emportant une partie de la membrane et les spicules.

II. Paramyxovirus: Virus Parainfluenza

• Isolés chez enfants avec affections respiratoires.

1. Propriétés Antigéniques

• Nucléocapside (antigène S) anticoprs déviant le complément.

• Antigènes d'enveloppe (hémagglutinine, neuraminidase, protéine F) anticorps neutralisants.

• Pas de réactions croisées avec virus influenza. Pas de variabilité antigénique.

2. Pouvoir Pathogène

• Groupe le plus important devirus respiratoires chez enfants et nouveau-nés.

• Incubation jours. Transmission aérienne.

• Atteinte fébrile des voies respiratoires.

• Type 1 & 2: laryngée (faux croup). Type 3: bronches et bronchioles. Type 4: importance clinique moindre.

• Infection Type 3: très précoce. Réinfection possible (symptômes modérés).

• Immunité: anticorps neutralisants sériques (IgG) et IgA du tractus respiratoire.

3. Diagnostic Virologique

• Direct & isolement: sécrétions nasopharyngées. Microscopie + immunofluorescence. Isolement sur cellules RS ou HEK.

• Séro-diagnostic: déviation du complément sur deux sérums.

4. Traitement

• Actuellement, ni vaccin ni chimiothérapie efficace.

III. Myxovirus Parotidis: Le Virus des Oreillons (Virus Ourlien)

• Cause d'une maladie infectieuse contagieuse avec parotidite bilatérale.

1. Caractère du Virus

• Paramyxovirus, possède hémagglutinine-neuraminidase (antigène V), protéine de fusion F, nucléocapside (antigène S).

• Hémagglutinine détectable par hémadsorption. Un seul type d'antigène.

2. Pouvoir Pathogène et Épidémiologie

• 1/3 des cas: inapparent.

• Formes patentes:incubation 18-21 jours. Parotidite bilatérale ("en poire"), fièvre, céphalées, réaction méningée.

• Guérison spontanée. Complications possibles: orchite, ovarite, pancréatite, méningite lymphocytaire, méningo-encéphalite.

• Virus présent dans la salive 6 jours avant les signes cliniques. Transmission aérienne.

• Fond endémique, pics en période froide.

• Porteurs sains (infection inapparente) sont desréservoirs.

• Immunité solide et durable après infection (anticorps neutralisants).

3. Physiopathologie

• Virose généralisée. Pénètre voies respiratoires supérieures, se multiplie, virémie, localisation dans organes cibles (glandes salivaires, méninges, gonades).

• Excrétion par urines et salive.

4. Diagnostic Biologique

• Signes d'appoint non spécifiques: hyperlymphocytose, amylasémie/amylasurie élevée.

• Isolement: salive, urines, LCR. Sur cellules HEK ou RS ( syncytia). fragile, prélèvements précoces. Détection par immunofluorescence ou hémadsorption.

• Sérodiagnostic: sur deux sérums (IHA, Fc, ELISA). Recherche IgM par immunofluorescence.

5. Traitement et Prévention

• Pas de traitement curatif. Immunoglobulines hyperimmunes pour prévenir complications.

• Vaccin vivant atténué (Imovax oreillons): une seule injection. Recommandé en association ROR (rougeole, oreillons, rubéole) pour enfants à partir de 12 mois.

IV. Les Morbillivirus: Le Virus de la Rougeole

1. Introduction

• Affection infantile commune. Complications neurologiques ou pulmonaires graves (rares). Problème de santé publique en pays tropicaux (mortalité infantile).

• Virus très contagieux.

2. Principaux Caractères Antigéniques

• Genre Morbillivirus (avec maladie de Carré, peste bovine). Affinités (morphologie, cytopathogène, antigéniques).

• Un seul type de virus rougeoleux. Immunité définitive.

• Nucléocapside: antigène de fixation du complément (commun à Morbillivirus).

• Antigènes d'enveloppe: hémagglutinine, hémolysine.

• Particularités:

  • Inclusions cytoplasmiques et nucléaires.

  • Pasd'activité neuraminidase (glycoprotéine H et non HN).

  • Hémagglutination faible (hématies de singe à 37°C).

3. Pouvoir Pathogène

• Maladie généralement bénigne.

• Incubation silencieuse 10 jours (contagieux). Phase d'invasion 4 jours: catarrhe oculo-naso-bronchique, exanthème (muqueuses), toux, fièvre, conjonctivite, signe de Koplik.

• Éruption maculo-papuleuse: commence derrière les oreilles, s'étend Face, tronc, membres. Guérison en une semaine.

• Complications (fréquentes chez sujets fragiles): laryngites,otites, bronchopneumonies.

• Pneumonie à cellules géantes (rare mais grave, chez immunodéprimés).

• Encéphalomyélite rougeoleuse (très rare, post-éruption, mécanisme allergique).

• Panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS): encéphalopathie dégénérative, adolescence, mortelle. Plusieurs années après rougeole, infection virale persistante.

4. Physiopathologie

• Réservoir: Hommeuniquement.

• Infecte œil et muqueuses respiratoires supérieures, multiplication dans épithélium et tissus lymphoïdes.

• Virémie ( dissémination).

• Exanthème: action cellules immunitaires sur cellules infectées.

• Immunodépression transitoire.

5. Épidémiologie

• Très contagieuse. Petites épidémies hivernales, pics tous les 4-5 ans.

• Pays développés: virus circule moins (hygiène, vaccination), maladie tardive.

• Pays pauvres: plus répandue et grave, touche les nourrissons après perte des anticorps maternels.

6. Diagnostic Biologique

• Clinique suffisante pour formes typiques.

• Diagnostic rapide: antigènes viraux viaimmunofluorescence directe dans cellules respiratoires.

• Isolement du virus: cultures cellulaires de rein de singe (sécrétions naso-pharyngées, conjonctivales, sang, urine).

• Sérodiagnostic (deux sérums): Fc, ELISA, IHA sur hématies de singe.

7. Traitement

• Essentiellement préventif par vaccination.

• Vaccin vivant atténué (Rouvax): une seule injection. Associé au ROR (12 mois).

• Contrôle immunitaire des adultes par dosage d'anticorps.

V. Virus Respiratoire Syncytial (VRS)

1. Introduction

• Isolé en 1956 (CCA chez chimpanzé). Trouvé chez enfants avec pneumopathies/laryngites.

• Forme des syncytiums en culture.

2. Caractères Généraux du Virus

• Genre Pneumovirus.

• Particulespléomorphes, taille variable. Formes filamenteuses ou sphériques.

• ARN monocaténaire, polarité négative, symétrie hélicoïdale, enveloppé.

• Nucléocapside NP: diamètre 14nm (plus petit que autres Paramyxovirus).

• Enveloppe avec spicules: sans hémagglutinine, neuraminidase, hémolysine.

• Protéines d'enveloppe: M, F, G (glycoprotéine).

• Deux types antigéniques A et B (différences sur protéine G).

• Pas d'antigènes communs avec autres paramyxovirus.

• Virus fragile, mais infectieux plusieurs minutes dans milieu extérieur ( transmission par contact manuel).

3. PouvoirPathogène

• Adulte & grand enfant: rhinopharyngites.

• Nourrisson: rhinite, angine, pharyngite, laryngite, bronchite, bronchiolite (forme la plus grave, détresse respiratoire aiguë).

• Sujet âgé: grippe, complications sur insuffisance respiratoire chronique.

• Immunodéprimés: formes sévères.

4. Épidémiologie

• Épidémies hivernales (octobre-mars, pic en janvier).

• Nourrissons et jeunes enfants principales victimes. Diffusion large.

• Contagiosité importante, infections nosocomiales.

5. Pathogénie

• Propagation par inhalation de gouttelettes.

• Cible: cellules ciliées de l'épithélium respiratoire.

• Hyperplasie inflammatoire, hypersécrétion de mucus, médiateurs broncho-constrictifs obstruction des bronchioles ( bronchiolite).

6. Diagnostic Virologique

• Détection directe: Immunofluorescence directe ou ELISA dans sécrétions nasales (le plus rapide et utilisé).

• Culture virale: difficile, ECP tardif, décevant.

• Sérologie: peu d'intérêt chez nourrissons (peu d'anticorps, présence anticorps maternels).

7. Traitement

• Ribavirine (Virazole) en aérosol pour formes graves chez nourrisson.

• Assistance respiratoire, kinésithérapie, oxygène.

• Immunoglobulines spécifiques anti-VRS (prévention).

• Pas de vaccin disponible.

• NB: Rarement surinfections bactériennes.

VI. Virus de la Maladie de Newcastle (NDV)

• Pathogène respiratoire des oiseaux (poulets).

• Infections humaines occasionnelles chez professionnels exposés (éleveurs, labo).

• Infection humaine: conjonctivite bénigne sans séquelles.

• Paramyxoviridae. Propriétés et réactions immunologiques croisées avec virus parainfluenzae et ourlien.

Famille des Picornaviridae: Les Picornavirus

I. Classification

• Petits virus nus, ARN (Pico-RNA-virus). Capside icosaédrique (20-30 nm).

• Très résistants, persistent longtemps dans le milieu extérieur. Multiplient dans le cytoplasme.

• Deux genres:

  • Entérovirus: tropisme digestif (poliovirus, Coxsackie, Echovirus, Entérovirus).

  • Rhinovirus: agents du rhume (plus de 110 types), sensibles à l'acidité et ne se multipliant qu'à 33°C.

• Résistants à l'alcool, éther, désoxycholate de sodium, pH acides (Entérovirus).

• Echo = Enteric cytopathogen human orphan.

II. Les Entérovirus

1. Épidémiologie

• Réservoir: strictement humain. Transmission: interhumaine directe (aérienne, mains sales) ou indirecte (eau, aliments, objets souillés).

• Pas de réservoir animal.

• Infections mondiales, touchent les enfants. Plus précoce dans pays à bas niveau socio-économique.

• Pays tempérés: intense de juin à septembre (saison chaude).

2. Multiplication

• Cellules de primates. Effet cytopathologique: arrondissement cellules, inclusion éosinophile intracytoplasmique, noyau refoulé.

A. Poliovirus

• Responsables de la poliomyélite antérieure aiguë (atteinte neurones moteurs).

• Petits virus non enveloppés (27 nm), ARN monocaténaire positif. Capside cubique (32 capsomères).

• 3 sérotypes (1, 2, 3), pas d'antigène commun de genre.

1. Multiplication du Virus

• Cycle entier dans le cytoplasme.

• Fixation, adsorption, décapsidation.

• ARN viral agit comme ARNm, traduit en protéine précurseur géante (NCVP).

• Protéine géante clivée par protéases enprotéines de capside (VP 1,2,3,4), protéine du génome (VPg) et ARN polymérase virale (réplicase).

• Réplicase synthétise brins négatifs ( matrice pour brins positifs).

• ARN positifs sont ARNmou génomes nouveaux virus (avec VPg).

• Assemblage VP en procapside, insertion ARN viraux ( nouvelles particules).

• Libération par lyse cellulaire.

2. Pouvoir Pathogène

• Expérimental: singe seul sensible (paralysies, mort).

• Humain: poliomyélite (paralysie infantile) presque disparue en pays développés ( vaccination), mais persistante dans tiers-monde.

• Formes: spinales, respiratoires, bulbaires, méningées, pseudogrippales, inapparentes, séquelles.

3. Physiopathologie de la Poliomyélite

• Contraction par voie digestive. Résistance aux solvants des graisses (pas d'enveloppe).

• Multiplication amygdales, tissu lymphoïde digestif.

• Diffusion sanguine (virémie), gagne tissus nerveux (neurones moteurs moelle épinière).

• Inflammation locale, destruction neurones paralysie brutale.

• Incubation 10-15 jours (silencieuse ou rhinopharyngite fébrile, diarrhée, douleurs).

• Syndrome paralytique (flasque, asymétrique, membres inférieurs). Ascendant muscles respiratoires (pronostic vital).

4. Épidémiologie

• Réservoir: homme infecté uniquement. Transmission oro-fécale (eaux usées, résistance du virus).

• Mauvaises conditions d'hygiène favorisent contaminations.

• Infections inapparentes immunité de population.

• Pays développés: virus sauvage circule peu (hygiène). Non vaccinés à risque.

5. Diagnostic Biologique

• Isolement du virus: selles, gorge. Sur cultures cellulaires humaines/simiennes.

• ECP en 24-48h. Confirmation Sérotype par neutralisation de l'ECP (sérums antipolio 1,2,3).

• Distinction souches vaccinales/sauvages:sérums monoclonaux, effet température, biologie moléculaire.

• Sérologie: anticorps neutralisants apparaissent (pas d'Ag commun 3 sérotypes). Difficile distinguer post-vaccination/infection.

• Anticorps déviant lecomplément: infection récente.

• PCR pour détection ARN viral dans LCR.

6. Traitement

• Pas de traitement spécifique. Assistance respiratoire, kinésithérapie.

• Prévention par vaccination essentielle (obligatoire dans certains pays).

• Vaccin inactivé et vaccin atténué.

B. Entérovirus Non Poliomyélitiques (Coxsackievirus, Echovirus, autres)

• Mêmes caractéristiques physico-chimiques que poliovirus ( grande résistance).

• Découverts lors études sur poliomyélite, car syndromes apparentés.

• Coxsackievirus: pathogènes pour souriceau nouveau-né. Echovirus: "orphelins", effet cytopathogène.

• Derniers entérovirus numérotés dans ordre découverte.

1. Coxsackievirus

• Non pathogènes singe, mais létaux pour souriceau nouveau-né.

• Groupes A et B.

  • Coxsackie A: 23 sérotypes. Provoquent: paralysies flasques (myosite), manifestations cutanéo-muqueuses (herpangine, syndrome main-pieds-bouche), SNC (méningite, paralysie, encéphalite), respiratoires, digestives.

  • Coxsackie B: 6 sérotypes. Provoquent: paralysies spasmodiques avec encéphalite, myosite épidémique, cardiovasculaires (myocardite, péricardite), éruptions.

2. Echoviruset Entérovirus 68 à 71

• Ne provoquent pas de maladie chez singe/souriceau. Multiplient dans cultures cellulaires de rein de singe/humaines.

• 32 sérotypes d'Echovirus.

• Atteintes neurologiques: méningites lymphocytaires, paralysies (évolution favorable), encéphalopathies.

III. Rhinovirus

1. Introduction

• Différences avec Entérovirus: très sensibles à l'acidité (pH < 6), ne se multiplient qu'à 33°C.

• Adaptés à température corps humain (37°C). Plus de 111 sérotypes.

2. Transmission

• Réservoir: enfants. Toujours présents.

• Transmission: aérienne, mains, objets contaminés.

3. Manifestations Cliniques

• Rhume: rhinorrhée, obstruction nasale, enrouement, toux.

• 1/3 des étiologies des rhinites.

• Chez adulte: 0,7% d'infection par an. Aggravation bronchiteux chroniques.

• Chez enfant: 16% des viroses respiratoires. Nourrisson: bronchites, bronchiolites, pneumonies.

4. Diagnostic Biologique

• Difficile. Isolement sur cultures de fibroblastes humains (MRC5).

• Identification par test à l'acidité.

5. Traitement

• Aucun antiviral spécifique nivaccination utilisables.

Famille des Herpesviridae

1. Classification

• Herpesvirus (animaux et humains). 8 sont strictement humains.

• En 3 sous-familles:

  • Alphaherpesvirinae: HSV-1, HSV-2, VZV (varicelle-zona).

  • Betaherpesvirinae: CMV, HHV-6, HHV-7.

  • Gammaherpesvirinae: EBV, HHV-8.

2. Caractères Généraux

• Virus à ADN bicaténaire, linéaire. Nucléoïde central, capside icosaédrique.

• Haut poids moléculaire ( kpb), codent beaucoup de protéines ().

• Péplos (enveloppe): dérive de la membrane nucléaire.

• Encapsidation de l'ADN viral dans le noyau. Acquisition enveloppe par bourgeonnement membranenucléaire/appareil de Golgi.

• ECP (HSV, VZV, CMV): modifications du noyau, inclusion nucléaire.

3. Réplication du Virus

• 3 phases:

  1. Très précoce: synthèse protéines activatrices.

  2. Précoce: synthèse protéines enzymatiques (dont ADN polymérase virale).

  3. Tardive: synthèse protéines de capside et glycoprotéines d'enveloppe.

• Réplication de l'ADN viral: nécessite ADN polymérase virale (cible antiviraux).

• HSV/VZV: thymidine kinase virale. CMV/HHV-6: phosphotransférase. (Enzymes phosphorylant nucléosides antiviraux).

• Péplos très fragile transmission directe par contacts étroits.

• ECP productif destruction cellulaire (lyse/apoptose).

4. Transmission

• Virus enveloppés fragiles.Transmission par contacts interhumains étroits, placenta, sang, greffes.

• Cancer: certains (EBV, HHV-8) oncogènes sous conditions.

• Primo-infection ( infection latente dans l'organisme, "dormante", soustraite au SI et antiviraux).

• Réactivation ( réinfection endogène, récurrence). Excrétion virale (souvent asymptomatique).

5. Réponse Immunitaire

• Réponse cellulaire (lymphocytes T): rôle capital dans le contrôle. Baisse immunité cellulaire réactivation.

• Réponse humorale (anticorps): intense, mais pas suffisante pour empêcher les réactivations.

II. Différents Herpesvirus

• Structure ADN très différente pour chaque virus. Pas d'antigène spécifique de groupe.

Les Herpes Simplex Virus (HSV)

1. Caractères Généraux

• HSV ou Herpesvirus hominis. Cycle de réplication classique d'un virus à ADN.

• Adsorption, pénétration, décapsidation (fusion enveloppe-membrane nucléocapside dans cytoplasme).

• Réplication (protéines très précoces/précoces/tardives).

• Assemblage virions (ADN viral + protéines de structure) dans noyau.

• Enveloppement et libération par bourgeonnement à travers réticulum endoplasmique.

2. Épidémiologie et Transmission

• Strictement humains. Réservoir: sujets infectés (virus latent dans ganglions sensitifs).

• Excrétion intermittente orale/génitale transmission par contacts rapprochés.

• Séroprévalence HSV1: 70-80%(enfant).

• HSV2: transmission sexuelle (séroprévalence élevée chez partenaires multiples).

3. Pouvoir Pathogène

a. Herpès oral

• Primo-infection: souvent asymptomatique. Gingivostomatite herpétique (ulcères douloureux, fièvre).

• Latence: ganglion de Gasser. Réactivations possibles (herpès labial récidivant).

b. Herpès génital

• Asymptomatique dans 60%. Symptomatique: vésicules douloureuses, fièvre, adénopathies.

• Latence: ganglions sensitifs sacrés. Réactivations endogènes.

c. Formes graves

• Herpès oculaire (kératite). Eczéma herpétique(nourrisson). Méningo-encéphalite herpétique.

• Immunodéprimés: formes cutanéomuqueuses extensives, atteinte viscérale.

d. Formes néonatales

• Transmission maternofoetale àl'accouchement.

• Conséquences: embryopathies, formes disséminées (polyviscérale), neurologiques, superficielles.

4. Diagnostic Virologique

• Diagnostic direct par culture cellulaire.

• Détection génome viral par PCR.

• Diagnostic indirect: sérologie.

5. Traitement

• Aciclovir (ACV), valaciclovir (Val ACV), famciclovir (analogues nucléosidiques), phosphonoformate (foscarnet).

B. Virus de la Varicelle et Zona (VZV)

• Même virus: zona adulte peut induire varicelle enfant; varicelle peut entraîner zona chez adulte faiblement immunisé.

1. Pouvoir Pathogène

a. Primo-infection: la varicelle

• Transmission aérienne, maladie infantile. Incubation 14 jours.

• Réplication ganglions régionaux sang éruption vésiculeuse (tronc, centrifuge, par poussées). Muqueuses et peau.

• Complications classiques: pneumopathie varicelleuse, SNC (méningite lymphocytaire, ataxie cérébelleuse).

• Enfant immunodéprimé: forme maligne (bulleuse, hémorragique) avec dissémination.

• Femme enceinte: embryofoetopathie (si avant 20 sem). Varicelle généralisée chez nouveau-né si mère juste avant accouchement.

b. Latence et Réactivation (Résurgence): le zona

• VZV latentdans ganglions nerveux sensitifs crâniens et rachidiens.

• Réactivation douleur et éruption (zona). Généralement une fois dans la vie.

• Manifestation: éruption vésiculeuse unilatérale, localisée (nerf sensitif), sensation de brûlure. Atteinte cornéenne possible.

4. Diagnostic Virologique

• Isolement et diagnostic direct par culture (liquide de vésicule, sur cellules MRC5).

• Sérodiagnostic: Fc, immunofluorescence, ELISA.

5. Traitement et Prévention

• Molécules: aciclovir, valaciclovir, famciclovir, foscarnet.

• Prévention femmeenceinte: immunoglobulines.

• Vaccin atténué (souche Oka) disponible.

Le Cytomégalovirus Humain (CMV)

1. Introduction

• Herpesviridae ubiquitaire.Infections souvent asymptomatiques, parfois graves/mortelles.

• Réplication: 3 phases ("très précoce", "précoce" avec ADN polymérase virale, "tardive").

• Pas de thymidine kinase virale. ADN polymérase virale sensible à PFA/foscarnet, DHPG/ganciclovir.

• Phosphorylation de DHPG par gène U97 du CMV.

• Virus enveloppé fragile, mais peut persister sur objets inertes.

• CMV expert en sabotage immunitaire (leurs gènes piratés comme leurres).

2. Épidémiologie

• Strictement humain. Ubiquitaire: 1/2 population dans pays développés,100% dans Tiers Monde.

• 1% nouveau-nés infectés congénitalement (virurie).

• Latent à vie dans monocytes, cellules endothéliales vasculaires.

• Réinfections endogènes. Présent dans sécrétions cervicales (1/10 à 1/4 femmes enceintes).

• Transmission: contacts intimes, grossesse, accouchement, allaitement, jeux d'enfants, rapports sexuels.

• Transmissible par transfusion sanguine (risques réduits par déleucocytation).

• Transmissible par greffe d'organes/moelle.

3. Pouvoir Pathogène

• Histologie: grandes cellules avec inclusion intranucléaire géante.

• Maladie des inclusions cytomégaliques néonatales: souvent fatale.

a. Infection du nouveau-né

• Maladie des inclusions cytomégaliques (MIC) du nouveau-né.

• Symptômes graves:

  • Signes généraux: hépatosplénomégalie, ictère, thrombopénie, pneumonie, retard de croissance.

  • Signes céphaliques: microcéphalie, calcifications intracérébrales, choriorétinite.

• Mortalité élevée ou lourdes séquelles (surdité, cécité, infirmité motrice cérébrale).

b. Adulte immunocompétent

• Généralement asymptomatique. Rarement: fièvre prolongée, syndrome mononucléosique (leucopénie, hépatiteaiguë), Guillain-Barré, pneumonie, encéphalite.

c. Personnes immunodéprimées

• Virus opportuniste. Primo-infection exogène (greffe), réinfection endogène (immunodépression,rejet de greffe).

• Gravité dépend de l'immunodépression.

• Immunodépression profonde (greffes moelle, SIDA): infections graves (encéphalite, choriorétinite, uclérations digestives, pancytopénie, pneumonie).

• Pneumonie interstitielle des greffés de moelle: de mortalité.

4. Diagnostic Virologique

• Isolement du virus difficile (fibroblastes humains).

• Techniques utilisées: recherche génome viral (hybridation, PCR), immunofluorescence indirecte, ELISA, cytologie.

• Diagnostic cytologique: recherche cellules géantes ( "œil de chouette") dans sédiments urinaires, sécrétions, LBA, biopsies. Visualisation antigènes viraux par immunofluorescence directe.

5. Prévention et Traitement

• Transfusion: sang CMV séronégatif ou déleucocyté pour sujets à risques.

• Traitement infections systémiques: Ganciclovir (DHPG), analogue nucléosidique de la guanine.

Famille des Adenoviridae: Les Adenovirus

1. Introduction

• Anciennement: ACP (adéno-pharyngo-conjonctival). Découverts en 1953.

• Hôtes fréquents des tissus lymphoïdes ( adénopathies).

• Souches aviaires et humaines (mastadénovirus). sérotypes.

2. Caractères Structuraux et Antigéniques

• Virus à ADN bicaténaire, capside icosaédrique.

• 80 nm, non enveloppés, ADN et capside.

• Pas d'enveloppe résistance aux solvants lipidiques, pH, température.

• 3 systèmes antigéniques:

  • Antigène de genre/groupe (Fc).

  • Antigènes de sous-groupes (4 sous-groupes) (hémagglutinantes).

  • Antigènes de type (42 sérotypes).

• Anticorps neutralisants et inhibant l'hémagglutination.

3. Culture

• Multiplicationuniquement sur cultures de cellules humaines.

• ECP: rétraction cellules ("dentelle"), inclusion intranucléaire avec cristaux de protéines ("fleur de marguerite").

4. Multiplication

• Fixation (hémagglutinine), pénétrationpar traversée membrane ( cytosquelette noyau).

• Décapsidation, ADN libéré dans le noyau.

• Première transcription ( ARNm précoces) traduit en protéines précoces (synthèse ADN viral).

• Réplication ADN viral(ADN polymérase cellulaire + protéines "E"). Semi-conservative.

• ARNm tardifs protéines de structure.

• Assemblage dans le noyau.

• Libération par lyse cellulaire.

5. Pouvoir Pathogène

• Tropisme: appareil respiratoire, œil, tube digestif.

• Virus résistants, infections épidémiques. Transmission aérienne.

• Multiplication gorge, excrétion selles (longtemps).

• Induisent: pharyngites,bronchopneumopathies (graves chez jeune enfant), conjonctivites (piscines), kératoconjonctivites épidémiques, exanthèmes, cystites hémorragiques, adénites mésentériques, gastro-entérites.

• Surtout infections inapparentes.

• Évoluent en mode endémique ou épidémique (kératoconjonctivites).

6. Diagnostic Biologique

• Méthodes directes: isolement sur cultures cellulaires, typage par séroneutralisation.

• Méthodes rapides: microscopie électronique, immunofluorescence (cellules infectées), agglutination latex (infections dig.), immunoenzymologie.

• Recherche anticorps spécifiques: Fc (Ag de groupe), ELISA. Deux sérums à 15 jours d'intervalle pour ascension significative. Recherche IgM.

7. Traitement et Prévention

• Pas de traitement antiviral spécifique. Nouvelle molécule in vitro.

• Vaccin vivant oralanti-adénovirus (USA).

Le Virus de la Rubéole

1. Introduction

• Famille Flaviviridae, genre Rubivirus.

• Homme est seul réservoir naturel. Virusà ARN (+) monocaténaire.

• Non un Arbovirus.

a. Structure

• ARN, diamètre 60-70 nm. Noyau central, enveloppe avec spicules d'hémagglutinine.

b. Résistance

• Virus fragile: inactivé par éther, chloroforme, alcool 70°, chaleur (70°C), UV.

• Conservation par congélation ou lyophilisation.

c. Antigènes

• Un seul type antigénique.

• Antigènes fixant complément, précipitants, agrégeant plaquettes, et hémagglutinant.

2. Clinique et Épidémiologie

• Réservoir:exclusivement humain. Contagion: rubéoleux (1 sem avant/après éruption), nouveau-nés infectés (6 mois).

• Transmission: directe (aérienne pour rubéole acquise), transplacentaire (rubéole congénitale).

• Maladie éruptive, contagieuse, immunisante. Souvent bénigne/inapparente (forme acquise).

• Gravité due à la tératogénicité chez femme enceinte (1er trimestre) syndromepolymalformatif fœtal.

a. Rubéole de l'Enfant et de l'Adulte

• Habituellement infantile. Bénigne (sauf enceinte).

• Incubation 16-18 jours. Catarrhe, adénopathies occipitales/retromastoïdiennes. Éruption généralisée.

• Complications rares: purpura, arthralgie, encéphalite.

• Beaucoup de primo-infections asymptomatiques.

b. Rubéole Congénitale

• Atteinte fœtus <20ème sem grossesse. Sévérité proportionnelle à précocité.

• Virémie ( embryon avortement spontané ou polymalformatif, infection chronique).

• Malformations: cœur (canal artériel), oreille (surdité), œil (cataracte). Foetopathie: hépatite, encéphalite, os.

3. Transmission

• Voie aérienne interhumaine. Contagiosité: 5-8 jours avant/après exanthème.

• Contamination fœtale transplacentaire (si primo-infection maternelle sans anticorps).

• Un seul type antigénique. Immunité après primo-infection est solide.

4. Caractères Culturaux

• Multiplication lente en culture. Présence révélée indirectement par interférence.

5. Cycle de Multiplication

• Mal connu. Site de multiplication: exclusivement cytoplasmique.

6. Pouvoir Pathogène Expérimental

• Seul l'homme est réceptif.

7. Diagnostic Virologique

• Essentiel.

• Diagnosticsérologique: ELISA principale méthode. Ignorer Fc (anticorps tardifs).

• Isolement viral: confirmation infection rubéolique chez nouveau-né/produit interruption grossesse.

8. Prévention et Traitement

• Prévention: vaccin vivant atténué (ROR).

• Efficacité gammaglobulines après contage douteuse.

Papovavirus

I. Généralités

• Nom: Pa (papillome), Po (polyome), Va (vacuolisant).

• Famille avec deux genres: Papillomavirus et Polyomavirus.

• ADN bicaténaire, circulaire, super-hélicoïdal. Capside icosaédrique, non enveloppée (50 nm).

• Multiplication dans noyau des cellules cibles, stimulent synthèse ADN cellulaire.

II. Papillomavirus

1. Introduction

• Infections fréquentes, contagieuses. Lésions cliniques spécifiques au type.

• Génotypes génitaux: types 6 et 11 (condylomes/papillomes acuminés), types 16, 18, 33 (condylomes plans).

• Tumeurs bénignes peau/muqueuses malpighiennes (papillomes).

• Potentiellement oncogènes: types 16 et 18 cancers du col utérin.

2. Hôtes Naturels

• Infectent diverses espèces animales et l'homme. Ubiquitaires.

• Plus de 60 types humains (HPV: Human Papillomavirus).

3. Transmission et Pouvoir Pathogène

• Mode de transmission variable.

• Naturelle: minimes excoriations (directe).Indirecte: objets contaminés probable.

• Végétations vénériennes, affections col utérin: maladies sexuellement transmissibles.

• Verrues cutanées: transmission directe/indirecte (piscines).

• Condylomes ano-génitaux: sexuelle.

• Papillomatose laryngée juvénile: à l'accouchement.

• Papillomes: spécificité hôte/tissus. Hyperplasies persistent (mois/années). Récidives possibles (déficit immunitaire).

• Condylomes: plans (papules blanchâtres), acuminés (tumeurs molles, "crêtes de coq", florides chez immunodéprimés).

• Chez la femme: condylomes acuminés/plans (col utérin). Planssouvent inapparents.

• Chez l'homme: lésions discrètes (gland, méat).

4. Diagnostic Biologique

• Asymptomatique, découvert par frottis (femme).

• Analyse histologique: koïlocytes (kératinocytes infectés), dysplasie, carcinome in situ.

• Colposcopie. Prélèvements biopsiques.

• Microscopie électronique, histochimie.

• Typage papillomavirus: pas de pratique courante. Détection par techniques d'hybridation moléculaire.

5. Traitement - Prophylaxie

• Traitement: podophylotoxines (lésions externes). Laser CO₂ (lésions cervico-vaginales/externes). Cryothérapie, chirurgie.

• Surveillance génitale accrue (prévenir cancer col utérin), surtout VIH+ (critère SIDA avéré).

• Vaccin tétravalent (Gardasil): depuis 2006, protège contrePV 6, 11, 16, 18. Durée protection inconnue. Ne dispense pas dépistage.

• Injection IM: 0, 2 et 6 mois. Cible: jeunes filles prépubères. Vaccination de rattrapagejeunes femmes.

• Contre-indiqué pendant la grossesse.

III. Polyomavirus

1. Introduction

• Ubiquitaires, transmission précoce (primo-infection inapparente). Homologie ADN génomique.

2. Pouvoir Pathogène

• Animaux: polyome souris, SV40 singe.

• Homme:

  • Virus JC: Leucoencéphalopathie multifocale progressive.

  • Virus BK: Appareil urinaire chez immunodéprimés (cystites hémorragiques greffés moelle, sténoses urétérales transplantés rein).

• Génome détectable dans certaines tumeurs humaines.

3. Diagnostic Biologique

• Techniques de biologie moléculaire (détection génome) les plus adaptées.

4. Prévention et Traitement

• Pas de traitement antiviral spécifique.

Famille des Parvoviridae: Les Parvovirus: Parvovirus B19

1. Introduction

• Petits virus à ADN monocaténaire linéaire, capside icosaédrique (18-26 nm).

• Certains sont défectifs ("Adenovirus Associated Viruses"), nécessitentun virus "helper".

• B19 ( totalement autonome) le plus souvent impliqué en pathologie humaine.

2. Clinique et Pathogenèse

• Enfant: érythème infectieux ou "5èmemaladie" (visage tronc/membres), adénopathies, douleurs articulaires.

• Adulte: arthropathie isolée, anémie (immunodéprimé), atteinte fœtale (primo-infection femme enceinte).

• Virus pénètre par voie aérienne sang (virémie intense) moelle osseuse (détruit précurseurs érythroïdes) anémie arégénérative.

• Érythème et arthralgies: 3ème semaine.

• Grossesse ( passe le placenta) fœtus (détruit cellules souches hématopoïétiques).

3. Diagnostic Biologique

• Isolement: cellules précurseurs érythroïdes ou foie fœtal (difficile).

• Diagnostic direct: premiers jours de l'infection (virémie forte) par immuno-électromicroscopie, ELISA, hybridation moléculaire, PCR.

• Diagnostic sérologique: séroconversion, ascension significative anticorps, présence IgM spécifiques anti-B19 (ELISA).

Les Virus des Gastroentérites

• Groupe de virus responsables de gastroentérites (diarrhées, vomissements, déshydratation).

• Plusgênantes que graves, sauf chez nourrissons (sensibles à déshydratation).

I. Les Rotavirus

1. Caractères Généraux

• Famille Reoviridae (R=Respiratory, E=Enteric, O=Orphan).

• Virus à ARN génomique bicaténaire segmenté (11 segments).

• 70 nm, non enveloppés, capside icosaédrique double couche.

• Activité ARN polymérase. Forme de roue (microscopie électronique).

• Persistants (semaines) dans milieu extérieur. Résistent chauffage, variations pH.

• Conservation prélèvements: 0-4°C (éviter proliférations bactériennes).

• Difficilementcultivables in vitro.

• Ubiquitaires, hétérogènes. Cractéristiques antigéniques peu utilisées ( difficulté culture).

• Typage par mobilité électrophorétique des segments du génome dans les selles.

2. Transmission etÉpidémiologie

• Transmission: oro-fécale ou manuportée. Infections nosocomiales.

• Épidémies difficiles à éviter: contagieux avant symptômes, persistance environnement.

• 60-90% enfantsont anticorps anti-rotavirus avant 6 ans. Immunité naturelle ne prévient pas réinfections, mais protège formes sévères.

• Cause la plus fréquente de gastro-entérites chez enfants de 3 mois à 3 ans.

• 1/2 des hospitalisations pour diarrhée dans pays développés, 1/3 dans pays en développement (mortalité élevée < 5 ans).

• Adultes rarement associés à diarrhées (souvent inapparentes).

3. Pouvoir Pathogène

• Gastroentérites: caractère explosif (simulant toxi-infection alimentaire).

• Incubation: 2-6 jours. Début brutal: diarrhée liquide (sans mucus/sang), douleurs abdominales, vomissements, fièvre.

• Peut entraîner déshydratation, hospitalisation nourrissons. Durée: 4-8 jours.

• Formes les plus sévères: 2 premières années de vie.

• Plusieurs épisodes infectieux avant 5 ans pour la plupart des enfants ( immunité).

4. Diagnostic Biologique

• Prélèvement de selles. Multiplication difficile.

• ELISA en première intention (détection virus par anticorps monoclonal contre antigène de groupe).

• Agglutination particules latex, immunoenzymatiques/immunochromatographiques.

• Microscopie électronique (selles): méthode de référence (mais chère, non routine), montre aussi autres virus non cultivables.

• Sérodiagnostic: possible, mais pas d'intérêt pratique.

5. Prévention et Traitement

• Pas de traitement spécifique. Traitement symptomatique (correction déshydratation orale/veineuse).

• Vaccin oral à virus vivant:

  • Rotateq (2005): pentavalent (G1, G2, G3, G4, P1). 3 doses (dès 6 sem, puis 4-10 sem intervalle).

  • Rotarix (2006): monovalent (G1), protège aussi autres types. 2 doses (dès 6 sem).

II. Autres Virus des Gastroentérites

• Virus Norwalk: petit virus nu, ARN, Calicivirus. Épargne nourrissons.

• Coronavirus: ARN, symétrie hélicoïdale, 80 nm. Spicules ("couronne").

• Calicivirus: nus, ARN, 35 nm. Épidémies chez nourrissons/enfants scolaires.

• Astrovirus: images en forme d'étoile.

• Adénovirus non cultivables, virus Breda, certains entérovirus (ex: Echovirus).

Infection Humaine

• Enfant scolaire & adultes: épidémique.

• Diarrhée 24-48h. Associée à vomissements, douleurs, fièvre, anorexie.

• Exceptionnellement grave, pas d'hospitalisation.

Diagnostic Biologique

• Détection dans selles par microscopie électronique.

• Routine: agglutination latex (anticorps spécifiques)pour certains sérotypes d'adénovirus.

Prévention et Traitement

• Pas de traitement spécifique. Traitement symptomatique.

Les Hépatites Virales

I. Généralités

• Plusieurs virusentraînent inflammation aiguë foie, nécrose hépatocytes ( hépatite virale).

• Symptômes: ictère, troubles gastro-intestinaux, asthénie, fièvre.

• Atteintes hépatiques: Herpesviridae (CMV, EBV), Arbovirus (fièvre jaune), Arenavirus (Lassa), Filovirus (Marburg, Ebola).

• Concentration sur virus des hépatites primitives (cible principale: hépatocyte).

• Types: VHA, VHB, VHC, VHD (delta), VHE, VHF, VHG. Différents par structure, transmission, pouvoir pathogène.

1. Manifestations Clinico-Biologiques des Hépatites

a. Manifestations hépatiques

• Tableau clinique comparable. Incubation variable (VHA: 3 mois, VHB: 3 mois). Évolution différente (VHB, VHC chronicité).

• Phases:

  1. Pré-ictérique (4-7 jours): troubles digestifs, asthénie, rash, arthralgies.

  2. Ictérique (8-30 jours): ictère, oligurie, décoloration selles.

  3. Convalescence: crise urinaire, fatigabilité durable.

• Formes: majeures (fulminantes VHB), mineures, abortives, anictériques, inapparentes.

• Anatomopathologie: lésions nécrotiques hépatocytes, infiltration lymphomonocytaire, prolifération cellules de Kuppfer/endothéliales.

• Biochimie: augmentation transaminases sériques.

b. Manifestations extrahépatiques (associées à VHB)

• Liées aux complexes immuns circulants: périartérite noueuse, polyarthrite, glomérulonéphrite, polyradiculonévrite.

II. Le Virus de l'Hépatite A (VHA)

• Virus à ARN monocaténaire, capside icosaédrique (27 nm). Sans enveloppe.

• Responsable hépatite endémique/infectieuse.

• Famille Picornaviridae, genre Entérovirus (également appelé Entérovirus 72).

• Possède un seul type.

1. Épidémiologie

• Épidémiologie d'un entérovirus. Réservoir humain. Virus dans les selles.

• Réplication cytoplasmique hépatocytes. Libérés dans circulation sanguine élimination par voies biliaires etfécès.

• Zones tempérées: plus fréquent fin automne. Tropicaux/subtropicaux: toute l'année.

• Anticorps anti-VHA chez majorité des enfants.

• Hépatite A bénigne, n'évolue jamais vers chronicité.

2. Marqueurs Viraux au Cours de la Maladie

• Virus dans selles: jours après ictère.

• IgM anti-HAV: début phaseictérique, persistent semaines.

• IgG: détectés après 8 semaines, persistent pour l'immunité antérieure.

3. Diagnostic Virologique

• Isolement en culture: non réalisable enpratique.

• Diagnostic par détection directe (virus/antigène dans selles) et/ou anticorps spécifiques.

• Diagnostic direct: immuno-électromicroscopie, RIA, immunoenzymatique.

4. Prévention

• Règles d'hygiène primordiales.

• Immunoglobulines (injection IM) protection passive de 3 mois.

III. Virus de l'Hépatite B (VHB)

• Famille Hepadnaviridae. Génome ADN double brin, rétro-transcription. Infections du foie.

• Organisation génétique et cycle réplicatif communs. Cause hépatites chez humains/animaux.

• Hôte spécifique, mais peut infecter primatesproches.

• Transmission: percutanée (sang, salive, sperme, sécrétions vaginales). Multiplication cellules hépatiques.

1. Classification du VHB

• Groupe taxonomique VII. Genre Orthohepadnavirus.

• Provoque hépatite virale B.

2. Morphologie

• Particule virale (particule de Dane) sphérique, 42-47 nm.

• Génomedans nucléocapside icosaédrique (22-25 nm), enveloppée par bicouche lipidique (protéines de surface, AgHBs).

3. Génome

• ADN circulaire (3200 nucléotides), partiellement double brin (2/3).

• Brin long (L-), brin court (S+).

• 4 régions ouvertes (phases de lecture) sur brin L-:

  • Région S: protéines d'enveloppe (protéine S / AgHBs).

  • Région C: protéine core (p22c) et non structurale (p17e / AgHBe).

  • Région P: ADN polymérase virale (activité transcriptase inverse, ADN polymérase ADN-dépendante, Rnase H).

  • Région X: polypeptide transactivateur (potentiel oncogénique).

4. Variabilité

• Différents sous-types (8 souches A-H) définis par variabilité épitopes AgHBs.

• Répartition géographique: A (Europe Ouest), B & C (Asie), D & E (Méditerranée), H (Amérique C.).

5. Tropisme

• Tropisme pour cellules hépatiques (hépatocytes) et certaines cellules extra-hépatiques (mononuclées du sang).

6. Cycle de Réplication

Processus complexe impliquant: attachement, fusion, translocation nucléocapside au noyau, formation d'ADNCCG (covalently closed circular DNA)par recyclage des nucléocapsides, transcription d'ARN pré-génomique, traduction des protéines virales, synthèse du brin long d'ADN par transcriptase inverse et du brin court S+, puis bourgeonnement et sécrétion des particules virales.

7. Dynamique de la Production Virale

• particules/jour (élevée). Demi-vie 1-3 jours.

• Pas de système de correction ADN polymérase production de variants (échappement au diagnostic/traitements).

Virus Apparentés auVHB

• Virus de l'hépatite de la marmotte (WHV), de l'écureuil (GSHV), du canard de Pékin (DHBV), du héron (HHBV).

IV. Le Virus de l'Hépatite C(VHC)

1. Introduction

• Auparavant "non A non B" (transmission entérique, épidémique semblable à VHB).

• Identifié grâce biologie moléculaire.

2. Structure du Virus

• Virusà ARN monocaténaire, polarité positive ( nt). Gènes structuraux (C: protéine core, E: glycoprotéine enveloppe).

• Famille Flaviviridae. Virus enveloppé (50-60 nm).

• Plusieurs génotypes mondiaux.

3. Transmission

• Par le sang (transfusion, toxicomanie).

• Voie sexuelle, materno-foetale.

4. Physiopathologie

• Multiplication dans le foie, libéré dans le sang. Clinique proche autres hépatites. Transaminases élevées.

• Caractéristique majeure: passage à la chronicité.

• Associé à la cirrhose et au cancer primitif du foie.

5. Diagnostic Virologique

• Routine: ELISA de 3ème génération.

• PCR: plus de précision génomique.

6. Traitement

• Interféron + Ribavirine (6 mois).

• Interféron pégylé (INF. PEG) (plus efficace) en bithérapie avec Ribavirine.

V. Le Virus de l'Hépatite D (VHD) ou Agent Delta

• Très petit virus à ARN ( nt, plus petit génome mammifère).

• Virus défectif, incapable de se répliquer sans le VHB (lui emprunte son enveloppe et AgHBs).

• Infection par VHD uniquement avec VHB. Aggrave le pronostic VHB ( hépatite fulminante, chronique).

• Répandu: bassin méditerranéen, toxicomanes (voie veineuse).

• Protection contre VHD par vaccination contre VHB.

Famille des Retroviridae: Les Rétrovirus

1. Introduction

• Unique famille de virus à ARN avec virus oncogènes (transformant).

• Oncornavirus (Onco-RNA-virus).

• Possèdent transcriptase inverse (rétrotranscriptase): transcrit ARN viral en ADN bicaténaire.

• L'ADN bicaténaire s'intègre dans chromosome modifie définitivement information génétique cellule hôte.

• Génome: ARN (+) monocaténaire diploïde.

• L'ADN bicaténaire viral intégré: provirus (assimilé gène cellulaire).

2. Classification desRetroviridae

• 3 sous-familles (basé sur pathogénicité):

a. Les Oncovirinae (Oncovirus)

• Virus transformant. Chez insectes, sangsues, reptiles, oiseaux, mammifères.

• Induisent tumeurs variées: sarcomes, carcinomes, lymphomes, leucémies (le plus fréquent).

• Exemple humain: HTLV-1 (Robert Gallo, 1980) leucémieà lymphocytes T. HTLV-2.

b. Les Spumavirinae (Spumavirus)

• Virus "non pathogènes". Découverts chez animaux, puis homme (1970).

• Infections inapparentes in vivo. Lésions cellulaires in vitro (écume).

c. Les Lentivirinae (Lentivirus)

• Virus cytopathogènes, maladies à évolution lente.

• Appartiennent à cette sous-famille: VIH-1 et VIH-2.

• VIH: infection chronique, longue phase de latence clinique (<10 ans). Virus présent en permanence.

3. Structure des Virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH)

Morphologie

• Sphériques. Capside en tronc de cône.

• Enveloppe: spicules d'association de 2 glycoprotéines:

  • gp120 (SU): fixation au récepteur cellulaire.

  • gp41 (TM): fusion enveloppe-membrane cellulaire.

• Protéine MA (matrice): tapisse face interne enveloppe.

• Capside: formée par protéine CA p24. Contient génome viral et enzymes.

Génome

• Diploïde: 2 ARN monocaténaire identique ( KB), polarité positive.

• ARN non utilisés directement comme ARNm.

• ARN-t cellulaire fixéen 5'. ARN associés à protéines NC (nucléocapside) protection et assemblage.

Enzymes

• Rétrotranscriptase, intégrase, protéase. molécules de chaque par virion.

4. Cycle de Multiplication

a. Du virus (ARN) au provirus (ADN)

• Fixation (gp120), Pénétration (fusion), Décapsidation.

• Réplication (rétrotranscription ARN ADN doublebrin).

• Circularisation, Intégration (dans génome cellulaire provirus).

b. Du provirus aux nouveaux virions

• 6 petits gènes de régulation (tat, rev, nef, vif, vpr, vpu/vpx).

• Transcription (en ARNm) et réplication (en ARN complets):

  • Transcrite primaire non épissée ( protéines capside, enzymes, Gag Pr p55, Pol Pr p180).

  • Protéines migrent vers membrane, clivées par protéase virale (maturation).

  • Transcrite primaire épissée ( glycoprotéines enveloppe, Pr gp160 clivée en gp120 et gp41).

c. Encapsulation, Morphogenèse et Libération

• Protéines de structure s'accumulent sous membrane (avec glycoprotéines virales).

• 2 molécules d'ARN se recouvrent, ARN-t cellulaire fixé.

• Bourgeonnement des nouveaux virions (immatures).

• Maturation des précurseurs par protéase virale.

d. Application thérapeutique

• Inhibiteur spécifique de la protéase virale empêche formation virions infectieux.

e. Les Cellules Cibles du Virus

• Celles qui expriment la protéine CD4 (récepteur du virus).

• Cellules du système immunitaire: lymphocytes T-auxiliaires (TCD4+) et macrophages.

• Concentrées dans organes lymphoïdes (ganglions) virus se multiplie là.

• Sang périphérique ne contient que 2% des lymphocytes totaux.

• Importance des Lymphocytes T-auxiliaires(Th): sans eux, réponse immunitaire déficiente (immunodéficience).

• Lymphocytes T-cytotoxiques (Tc): CD8+. Détruisent cellules infectées.

5. Réponse Immunitaire de l'Organisme au VIH

a. Humorale

• Anticorps anti-VIH (anti-gp120 empêchent fixation).

b. Cellulaire

• Lymphocytes T-cytotoxiques reconnaissent et détruisent cellules infectées.

• Destruction des Th affaiblit efficacité réponse immunitaire (Th indispensables à activation Tc).

6. La Transmission du Virus

• Virus enveloppé fragile. Transmission par contacts interhumains "rapprochés".

• Isolé dans la plupart des liquides biologiques (sang, sperme, salive...).

• Voies de transmission:

  • Sexuelle (le plus fréquent): homosexuels/hétérosexuels. Facteur de risque: "vagabondage" sexuel. Porte d'entrée: muqueuse génitale/rectale. Sécrétions génitales infectantes (virus libres, cellules infectées).

  • Veineuse: toxicomanie IV, transfusions, accidents pro.

  • Materno-fœtale: de transmission. Dépend du nombre de virus sang maternel. In utero (2 derniers mois), accouchement (65%), allaitement maternel.

7. Casde Résistance à l'Infection par le VIH

• Certains sujets à haut risque ne sont pas atteints cliniquement.

• Homozygotes pour une mutation sur le gène codant le co-récepteur CCR5.

• Protéine mutée absente de la membrane ne peut jouer rôle co-récepteur pour entrée VIH.

• Anomalie: population blanche.

8. Diagnostic Biologique

• Infection par VIH réponse immunitaire ( anticorps dirigés contre protéines virales).

• Présence anticorps anti-VIH séropositif.

• Deux étapes:

  • Test de dépistage (présence anticorps).

  • Confirmation du test (est-ce bien anti-VIH?).

• Fenêtre sérologique: période entre contamination et apparition anticorps (moy. 22 jours). Sujet infectieux, sérologie négative problème don de sang.

• Test de dépistage: ELISA sensible.

Autres tests pour le diagnostic biologique

• Recherche de l'antigène p24: protéine majeure capside VIH. Utile phase sérologiquement muette (syndrome primo-infection). Négative après séroconversion. Réapparaît SIDA avéré (mais inutile).

• Isolement du virus en culture: technique longue, difficile, non routine. Réservée diagnostic nouveau-né de mère infectée (anticorps maternelsfranchissent placenta).

• Détection du matériel génétique viral: ARN viral plasmatique ou ADN proviral cellulaire. Remplace culture pour diagnostic nouveau-né.

Arbovirus et Arboviroses

1. Définition

• Termeanglais: "Arthropode Born Virus".

• Virus des arthropodes hématophages (moustiques, tiques, phlébotomes) chez qui ils se multiplient.

• Cycle: vertébré et arthropode. Appellation Arbovirus est écologique.

• arbovirus, 50 pathogènes homme. Plupart infection fébrile bénigne. Quelques-uns graves.

• Transmission: piqûre d'arthropode hématophage. Multiplication obligatoire chez le vecteur.

2. Répartition

• Quasi ubiquitaires, concentrés dans zones tropicales. Présence en région tempérée pas rare.

3. Classification

• Hétérogènes structurellement, classification par bases écologiques.

• 4 grandes familles et 2 annexes:

• a. Togavirus: ARN, symétrie cubique, enveloppés.

  • Alphavirus: encéphalite européenne, West Nile ().

  • Flavivirus: fièvre jaune, dengue, encéphalite japonaise ().

  • Pestivirus (peste porcine) et Rubivirus (rubéole)*ne sont pas des arbovirus*.

• b. Bunyaviridae: ARN, symétrie hélicoïdale, enveloppés, 100 nm.

  • Bunyavirus: encéphalite Californie, fièvres phlébotomes, fièvre vallée du Rift ().

  • Nairovirus, Uukuvirus, Phlebovirus.

  • Hantavirus sont responsables de fièvres hémorragiques mais *pas d'arboviroses*.

• c. Reoviridae: ARN, symétrie cubique, non enveloppés, 75 nm.

  • Orbivirus: infectent animaux (cerf, mouton, cheval) ethomme (fièvre tique Colorado).

  • Reovirus et Rotavirus *ne sont pas des arbovirus*.

• d. Rhabdoviridae: similaires rage (enveloppés, ARN, obus).

  • Lyssavirus (rage).

  • Vesiculovirus.

• e. Nodaviridae: (1 genre, 1 espèce: nodavirus, nodamura).

• f. Iridoviridae: (1 genre: Iridovirus, peste porcine).

4. Épidémiologie

• Bouffées épidémiques, limitées géographiquement ou suivant migrations.

• Réservoir viral: très important. Animaux réceptifs (rongeurs, singes, oiseaux).

• Transmission aux arthropodes hématophages (moustiques, tiques, phlébotomes) lors repas sanguin. Virus se multiplie chez vecteur sans l'affecter.

• Homme: hôte accidentel. Contamination: pénétration homme dans cycle animal-arthropode, déplacement vecteur/réservoir.

• Recrudescence estivale. Hiver: virus conservé chez animaux à sang chaud, rongeurs, ou transmission trans-ovarienne.

• 3 formes épidémiques:

  • Purement animale.

  • Mixte (anthropozoonose): pathologies animales transmises accidentellement à l'homme (quasi-totalité des arboviroses).

  • Purement humaine: dengue, fièvre phlébotomes.

5. Pathologie Générale chez l'Homme: La Symptomatologie

• Des arboviroses différentes: signes cliniques identiques. Une arbovirose: tableaux cliniques différents.

• 3 grands types:

  • Infections inapparentes.

  • États fébriles indifférenciés ou pseudogrippaux: début brutal, fièvre, céphalées, myalgies, arthralgies, photophobies, parfois éruption, leucothrombopénie. Ex: Dengue (Flavivirus). Souvent étiqueté "grippe d'été", guérison spontanée.

  • Fièvres hémorragiques: Ex: fièvre jaune, Dengue.

  • Atteinte SNC (encéphaloméningées): encéphalitejaponaise, St-Louis, tiques, Californie, West Nile.

• Diagnostic différentiel: autres infections virales cérébrales, bactériennes, parasitaires (paludisme).

6. Diagnostic Biologique des Arboviroses

a. Par l'isolement du virus

• Recherche dans le sang (3 premiers jours), LCR (formes méningées/encéphaliques).

• Isolement par: inoculation souriceau nouveau-né (peu spécifique, long), culture cellulaire (HELA, fibroblastes, KB),inoculation moustique (immunofluorescence).

• Techniques dangereuses, réservées laboratoires spécialisés.

b. Sérodiagnostic

• Recherche anticorps (Fc, IHA, neutralisants). ELISA.

• Titrage: comparer sérum précoce et tardif (15 jours) titre 4 fois supérieur est significatif.

• Non spécifique d'un virus, mais d'un groupe antigénique.

A. La Fièvre Jaune

1. Définition

• Maladie endémo-épidémique, Flavivirus.

• Hépatonéphrite avec tendance hémorragique. Présente en Amérique du Sud et Afrique. Absent en Asie, Océanie.

• En recrudescence en Afrique.

• Cycle: foyer forestier, singes, moustiques (spèces).

2. Le Virus de la Fièvre Jaune

• Agent: Togavirus du genre Flavivirus. Transmis par moustique Aedes.

• ARN (+), 35-40 nm, symétrie cubique, enveloppé.

3. Épidémiologie

• 200 000 personnes, 30 000 décès/an.

• 3 formes:

  • Animale/jungle: singes moustique Aedes. Peu d'humains, gravité faible.

  • Brousse: épidémies rurales, mortalité > 25%.

  • Urbaine: épidémies explosives, mortalité .

4. Les Aspects Cliniques

• 3 phases après incubation silencieuse (3-10 jours). Début brutal.

• a. Phase rouge virémique (3-4 jours): polyalgique fébrile, anxiété, congestion face ("masque amarrille"), dissociation pouls/température, troubles digestifs.

• Dès 3ejour: signes hémorragiques (épistaxis, gingivorragies), atteinte rénale (oligurie, albuminurie).

• b. Phase de rémission (max 24h): trompeuse.

• c. Phase jaune: reprise température, douleurs, troubles digestifs.

• Hémorragies importantes (hématémèse, "vomito negro").

• Atteinte rénale s'aggrave (oligurie, anurie, albuminurie majeure, élévation azotémie).

• Installation atteinte hépatique:ictère cutanéo-muqueux.

5. L'Évolution

• Brève: décès en 10 jours (choc hémorragique, néphrite, encéphalite, coma hépatique).

• Lente: guérison (immunisation définitive).

6. Formes Cliniques

• Foudroyantes (décès 3-4 jours), frustres, liées à âge/sexe.

7. Diagnostic Différentiel

• Hépatite, leptospirose, paludisme, autres arboviroses, fièvres hémorragiques.

a. Arguments biologiques de présomption

• Sang: granulopénie, VS élevée, allongement TP/TCA, élévation transaminases, bilirubine, urée.

• Urines: albuminurie, cylindrurie, hématurie.

b. Arguments biologiques de certitude

• Résultats inoculation, culture, sérologie.

c. L'histopathologie (confirme rapidement post-mortem)

• Foie: nécrose, distorsion trabéculaire, stéatose, corps de Councilman.

d. Diagnostic positif

• Association: fièvre, ictère(inconstant), hémorragie, albuminurie.

• Sujet non vacciné/immunisé, revenant zone d'endémie.

8. Traitement

• Symptomatique: réhydratation, ATB, interféron, transfusions.

9. Dispositions Légales et Prophylaxie

• Maladie à déclaration obligatoire.

• Vaccination obligatoire pour pays africains (1 injection SC, immunité dès 10 jours, dure ans).

• Vaccination enfants après 6 mois. Contre-indication femme enceinte variable.

• Lutte contre moustiques (destruction gîtes larvaires), moustiquaires.

B. Le Virus West Nile

• Flavivirus (bassin méditerranéen: Camargue, Nice). Transmis par Culex.

• Réservoir animal: oiseau.

• Responsable: syndrome pseudogrippal, syndromes fébriles indifférenciés d'été, parfois signes encéphalitiques. Cas mortels.

C. Le Virus Tahyna

• Bunyavirus transmis par Aedes (Camargue, Languedoc, Alsace).

• Réservoir: lapin, lièvre.

• Responsable: syndromes pseudogrippaux.

D. Le Virus de la Fièvre à Phlébotomes

• Phlebovirus transmis par phlébotome. Réservoir: rongeurs sauvages.

• Responsable: étatsfébriles.

E. Le Virus de l'Encéphalite Européenne à Tiques

• Flavivirus. Méningo-encéphalite (Europe Est/Centre, Alsace).

• Réservoir: mulot, campagnol.

F. Les Autres Virus

• Pouvoir pathogène incertain chez l'homme.

La Rage

1. Définition

• Méningomyélite des animaux à sang chaud (sauvages:loup; domestiques: chien).

• Zoonose virale très répandue, tous mammifères sensibles.

• Homme infecté par accident (salive, morsure). Rarement griffure/léchage.

• Maladie déclarée est inéluctablement mortelle.

2. Écologie de la Rage

• Circulation du virus maintenue par mammifères (rong. sauvages) réservoir de virus.

• Mêmesanimaux vecteurs (virus dans salive transmission par morsure).

3. Épidémiologie

• Foyers de rage: Europe, Afrique, Asie, Amérique du Sud, USA. Indème: Australie, Japon.

• Deux formes: sauvage et domestique.

a. La rage sauvage

• Réservoir permanent. Animaux domestiques s'infectent homme.

• Cycles naturels:

  • Rage des carnassiers sauvages (selvatique): varie selon pays (renard, coyote, mangouste, raton-laveur, blaireau). Sur tous continents.

  • Rage des chiroptères (chauves-souris): virus dans salive (longues périodes) agents contaminationredoutables.

  • Ex: chauves-souris hématophages (Amérique latine) rage paralytique du bétail.

  • Présente dans la majeure partie du globe, même pays indemnes de rage carnivores terrestres (GB, Australie).

b. La rage domestique

• Rage canine ("rage des rues"): chien réservoir et vecteur principal.

• Chiens errants intermédiaires.

• Disparue N. Amérique, Europe Ouest, Japon(élimination chiens errants, vaccination animaux domestiques).

La rage humaine

• Méningo-encéphalo-myélite. Incubation: 40 jours (7 jours - 6 mois).

• Prodromes: fièvre, paresthésies au niveaumorsure, mélancolie.

• Phase d'état: spastique (contractures, convulsions, hydrophobie) ou paralytique.

• Responsable de décès/an (OMS).

• Rage des rues: > 99% cas humains.

• Sources de contamination occidentales (rares): faune sauvage/domestiques, chauves-souris. Voyages en zones d'enzootie canine.

• Contaminations exceptionnelles: laboratoire, interhumaines (soins, greffe cornée).

Les Virus de la Rage

1. Classification

• Famille Rhabdoviridae, genre Lyssavirus.

• Virus enveloppés, ARN monocaténaire, sens négatif, nonsegmenté.

• Avec Paramyxoviridae, Filoviridae ordre Mononegavirales.

• 6 groupes de virus rabiques (selon séquence génome):

  • Virus rage "classique": nombreuxmammifères, mondiaux (dont chauves-souris USA/Mexique).

  • Virus apparentés à la rage: spectre hôte limité, distribution géographique restreinte (Africains, européens).

2. Description du Virus

• Forme de bâtonnet (130-300 nm), ogivale à une extrémité, renflée autre ("balle de revolver"). Nucléocapside.

• Génome: ARN non segmenté (12 kb), polarité négative.

a.La capside

• Assemblage protéines N autour génome nucléocapside symétrie hélicoïdale (ressort condensé).

• Protées L et P.

b. L'enveloppe

• Recouvre nucléocapside. Double couche lipidique avec spicules glycoprotéine G (fixation récepteurs cellulaires).

• Anticorps anti-G protecteurs.

c. Lamatrice

• Protéine M tapisse face interne enveloppe.

3. Cycle de Multiplication (intracytoplasmique)

• a. Fixation: spicules se fixent aux récepteurs cellulaires (tissus musculaire, nerveux, cutané, pulmonaire, glandulaire).

• b. Pénétration: virion endocyté. Acidification endosome glycoprotéine G fusogénique. Enveloppe fusionne, nucléocapside libérée.

• c. Éclipse: synthèses virales (transcription, réplication, expression), assemblage, libération par bourgeonnement.

4. Physiopathologie de la Rage

• Multiplication locale, puis invasion centripète du SNC.

• Virus pénètre par endocytose dans terminaisons nerveuses transport rétrograde corps cellulaire ( multiplication).

• Nouveaux virions transportés aux synapses infectent neurones voisins.

• Atteint cerveau réplication active. Désorganisation système limbique modifications comportement, agressivité.

• Diffusion centrifuge à partir du cerveau: vers organes (glandes salivaires, œil, follicules pileux) multiplication.

• Lésions cellulaires très discrètes."Le virus semble tuer l'organisme sans tuer la cellule..."

• Stratégie: pas d'ECP au site morsure (échappe SI). Échappe surveillance immunitaire dans SNC. Agressivité transmission. Fusion neurones adjacents sans destruction. Excrétédans salive avant mort hôte.

5. Contamination Humaine

a. Par voie cutanée (99%)

• Ne traverse pas peau saine. Morsure par animal enragé/excréteur de virus.

• Léchage sur plaie fraîche, peau excoriée. Griffure (bave). Manipulation animal enragé.

• Franchissement muqueuses (léchage/projection salive virulente).

b. Par voie aérienne (exceptionnelle)

• Inhalation aérosol de particules virales (grotte chauves-souris, labo).

• Transmission interhumaine possible (soins à enragé), greffes de cornée (exceptionnel).

6. Traitement Antirabique

• Vaccination préventive. Particulièrement: vaccination "post-exposition" (profite longue incubation).

• Utilise vaccin et sérum antirabique (cas graves).

• Vaccin "traitement": inactivé (culture cellulaire Vero).

  • Protocole OMS: 5 injections IM (J0, J3, J7, J14, J30).

  • Protocole Institut Pasteur ("2-1-1"): 3 injections IM (J0 (2 doses), J7, J21).

• Séroprévention: immunoglobulines (équines/humaines) réduisent échec vaccination (sérothérapie générale/locale avant vaccination).

Poxvirus

I. Introduction

• Très répandus dans monde animal. (Pox = pustule).

• Pathogènes humains: virus variole, vaccine. Infection accidentelle: cow-pox, nodule trayeur, dermatite pustuleuse mouton.

• Molluscum contagiosum: humainuniquement.

• Grands virus (300/200/100 nm), quadrilatères, angles arrondis.

• Core central en haltère (nucléoïde) génome + corps latéraux.

• Enveloppe externe: d'origine virale (non membranaire cellulaire). Très résistants.

• Génome: ADN bicaténaire + ARN polymérase virale.

II. Virus de la Variole et de la Vaccine

• GenreOrthopoxvirus (Monkeypox, Cowpox).

1. Multiplication

• Se multiplient sur membrane chorio-allantoïdienne œuf embryonné ( vésicules), cultures cellulaires ( inclusions intracytoplasmiques: corps de Guarnier).

• Hémadsorption.

• Seuls virus à ADN à se multiplier dans le cytoplasme.

• Synthèse d'ADN polymérase virale.

• Processus complexe: endopinocytose, première décapsidation (lysosomes) nucléoïde. Transcription (ARN polymérase virale) ARNm protéines précoces (décapsidase virale). Deuxième décapsidation ADN libéré. Réplication ADN viral. ARNm tardifs protéines structurales, enzymes tardives. Maturation (ADN s'entoure membranes virales). Libération.

3. Antigènes

• Antigène nucléocapside (NP): commun, n'induit pasAc neutralisants.

• Antigène LS (thermolabile/stable): spécifique du genre, suscite Ac neutralisants.

• Hémagglutinine (HA): lipoprotéine présente dans cellules infectées, non associée au virus.

4. Pouvoir Pathogène

• Variole: strictement humaine. Transmission: contacts interhumains, indirectement (vêtements/objets), voie aérienne.

• Tableau infectieux sévère: éruption généralisée vésiculo-pustuleuse (une seule poussée).

• Forme habituelle: grave (25% mortalité). Forme bénigne ("alastrim"): risque de propager virus.

• Immunisante. Éradiquée grâce à la vaccination.

5. Vaccination

• Histoire exemplaire (Jenner): immunité croisée entre Cowpox et variole.

• Vaccine: très efficace, a permis l'éradication.

• Virus de la vaccine utilisé comme vecteur pour vaccins recombinants.

III. Autres Poxvirus Humains

• Cowpox, nodule des trayeurs (paravaccine), dermatite pustuleuse contagieuse, Monkeypox: donnent éruptions vésiculeuses bénignes.

• Molluscum contagiosum: humain uniquement. Petites tumeurs ano-génitales, face, cou. Non cultivable sur cellules.

Diagnostic Virologique

• Mise en évidence directe (liquide vésicules, croûtes)par microscopie électronique, immunofluorescence, électrosynérèse.

• Orthopoxvirus: isolement cultures cellulaires (rein de singe, fibroblastes humains) ou membrane chorio-allantoïdienne œuf embryonné.

• Sérodiagnostic: peu d'intérêt.